首先,普刊和水刊是有差別的。
通常我們說的水刊具備以下條件:
1)一年內發文量巨大(一年幾千上萬篇)
2)刊登文章存在大量不嚴謹甚至錯誤的內容
3)同行評審中風評較差
4)刊登文章創新性低、原創率低
5)交錢就能安排文章發表

實際上我國官方沒有對期刊進行「水刊」的定義,只是部分學校有頒發文件要求本校師生發表在某些刊物的論文不能用作評獎評職稱的材料,傳著傳著就導致某些刊物有了「水刊」的名號。
例如按華東某大學的文件通知,國內絕大多數期刊都是水刊、負面期刊。可實際上名單內的絕大多數刊物都適用於其他高校評獎評職稱。
因此在選擇刊物發表時只要選擇符合本校對期刊的要求,基本上是沒有什麼壞處的。

現在什麼是普刊?
首先正規期刊都在新聞出版總署備案並公開發行,具備合法的國內國際刊號(CN+ISSN號)的省級、國家級期刊,但是當通過某些權威機構對刊物進行認定後,一些刊物就脫離了普刊範疇成為了核心期刊,譬如每4年一次的北大核心期刊,南大核心期刊等。
簡單來說,我國把期刊分為普刊和核心期刊。核心期刊包括北大核心、南大核心(CSSCI)等;普刊包括剩下的省級、國家級期刊。
仍不清楚的同學只要明白北大核心或南大核心都是在知網上可以查到的,並且在知網內檢索期刊首頁時有以下任一一種標誌都是核心期刊:

而沒有這兩種標誌的期刊基本就是普刊(包含一些學報+CSCD期刊+SCD期刊)。
那麼,發表普刊會有什麼壞影響嗎?
1.如果你今後不準備從事科研的路,就只是因為大創結項、保研參營、研究生畢業、評優評獎、職稱論文等需要發表一篇論文,那麼有沒有影響因子,是不是知網都不重要,只需滿足是正規期刊、符合本單位的級別要求即可。
如果你是準備今後就投身於科研之路,或者爭取成為高校教授等學術專家,那應該將目標放在更高的頂級期刊上,那樣才會讓你的科研有質的進步。
2. 在職稱評審時,像工程師、經濟師、會計、基教教師、醫生護士通常會選擇滿足評審要求的刊物中性價比最高的普刊。本身他們並沒有太多精力投身於學術論文寫作方面,而發表頂尖期刊存在許多困難,僅僅只是為了滿足職稱晉升要求的情況下,他們通常寫出的文章也只能夠被普刊採用。
就算單位內部競爭激烈,也請不要走上找代寫的道路。(代寫是學術不端)
3. 不存在學術不端的影響。普刊也是正規期刊,發表論文看的不僅是期刊質量,還要看作者本人的論文水平,如果自己的論文沒有抄襲、作假等行為那就不是學術不端。

最後,發表什麼級別的普刊,其實取決於自身的學習、科研等綜合能力,在保證論文具有一定的創新性、原創性的情況下,就算發表普刊也不存在汙點問題。