木乃伊的確令人慨嘆，而木乃伊的製作過程也頗為複雜。當屍體被送到防腐師那兒時，第一項工作便是用融化的松脂塗在面部，以保護屍體的面部形象不致太快乾燥。然後用燧石刀在屍體的腹部左側開一個長約10釐米的切口， 把心臟以外的所有其他內臟，如胃、腸、肝和肺全部掏出來，逐一用酒和含有沒藥、桂皮的香料加以清洗。然後還用香柏油衝洗屍體腹腔，把其餘的柔軟組織分解。防腐師們費盡心思把心臟留在體內，這是因為埃及人將心臟看做智慧的所在。新王國時期，屍體的大腦也要被掏出。工人們用鑿子從左邊鼻孔塞進去，將篩骨弄碎，然後用工具把腦髓搗碎，隨後用一個細小的長柄勺從鼻孔裡伸進大腦，將腦漿舀出來，再灌入香柏油和香料，衝出腦殼中的殘餘組織。埃及人找不到理由保存這些取出的腦漿，就將它們丟掉了。
屍體全身每部分都徹底清洗後，防腐師把所有器官和屍身埋進泡鹼，即碳酸鈉和碳酸氫鈉混合的粉末堆中，抽乾水分。大概浸泡一個月左右，再將其取出用香液和香料洗滌。這些器官是不能扔掉的，因為死者在來世還需要用到這些器官。因此，要將洗滌完的內臟整齊地包在松脂團裡放進木乃伊的腹中，或者分別裝在有蓋的小罐子裡放在死者腹中。起初，這種小罐通常只有很簡單的蓋子，後來發展為罐蓋上有4個雕像——「荷魯斯的4個兒子」，他們都是內臟器官神聖的守衛者：人頭神依姆塞特保護肝，狗頭或豺頭的都阿姆特福保護胃，猿形的哈比保護肺，鷹頭的荷貝塞那神則保護腸。
接著，就要進行最重要的一道工序——脫水，工匠們用臨時的材料填入屍體中讓它保持原來的輪廓。在貴族們的體內放上成袋的蘇打，而平民百姓則只能用草、木屑粉或蘆葦之類的廉價品來填充。填好後，將屍體放置在桌子上，再在屍體上堆上吸溼蘇打。約40天後，工匠們將完全脫水的屍體移下，取出屍體內臨時填充的材料，再次清洗和乾燥屍體。最後在屍體上塗一層松脂防潮。
木乃伊在屍體被包裹之前，先要轉交到化妝師那裡去進行美容。化妝師先在屍體的面頰刷上一層胭脂紅，嘴裡塞以麻布使其雙頰飽滿。再給它戴上假髮，有時還給死者穿上他們最好的衣服，佩戴最好的珠寶。一切完畢後， 屍體即可包裹。
防腐師將屍體四肢分別以抹過松香的麻布一層一層地嚴密包裹，然後包裹頭部和軀幹，最後把全身都裹起來。這項包裹工作做起來緩慢費時，大約要用15天。同時這也是一個非常精細的儀式，包紮時每一個動作， 都要伴有一個莊嚴的禱告或神奇的符咒。祭司們把護身符、咒文之類的東西放在工匠和亞麻繃帶之間，其中最關鍵的是把符、咒放在心臟上。
防腐師包好屍體，做成一具木乃伊， 前後約花費70天的時間。接者，防腐師便把木乃伊送還喪主舉行葬禮。