每個地區提供給新人神奇寶貝訓練家使用的神奇寶貝被稱為初始神奇寶貝，也因為三個一組的形式登場被稱為御三家神奇寶貝，小智對御三家的愛那是深入骨髓的，就算帶著皮卡丘也一定要收服一隻當地的御三家才能好好的去冒險，目前御三家一共登場了21種，而小智收服了其中15種，僅有幾隻未曾擁有過，接下來就一起盤點一下！
火稚雞
在芳緣地區小智僅收服了一隻初始神奇寶貝，那就是木守宮，而火稚雞則被同伴小遙得到，實際上小智來到芳緣地區的契機就是曾遇到了一隻實力強大的火稚雞的最終進化形態——火焰雞，因此來到這裡後沒有收服到這隻還是很可惜的。
水躍魚
芳緣地區的另外一隻初始神奇寶貝水躍魚則是由小剛收服，後來還進化成了沼躍魚，但小剛的王牌還是那隻大鋼蛇，因此後期回歸時沼躍魚並沒有再出現過了，不過在網絡上沼躍魚反而成了炙手可熱的紅人，有段時間表情包裡如果沒有沼躍魚都不好意思鬥圖。
波加曼
在神奧地區小智收服了小火猴和草苗龜，波加曼被小光得到了，小光在一開始得到波加曼的時候很難配合到一起去，直到一起戰鬥的次數多了才慢慢找到了搭檔的感覺，畢竟根據以前的傳統，小智是不可能獲得和同期女主角一樣的神奇寶貝的。
哈力慄
在卡洛斯地區小智只收服了一隻初始神奇寶貝呱呱泡蛙，但這一隻已經可以頂上十隻普通的御三家了，進化後的甲賀忍蛙實力非常出色，當上了小智壓箱底的王牌，而哈力慄這隻神奇寶貝則是由同伴希特隆收服。
火狐狸
卡洛斯地區的火系御三家火狐狸被莎莉娜收服到了，她將火狐狸培育成了表演技藝高超的神奇寶貝，後來在雙打對戰中它進化成了長尾火狐，和莎莉娜一起挑戰了三冠衛星賽，成為了獨當一面的夥伴。
球球海獅
在阿羅拉地區小智先後收服到了木木梟和巖狗狗，而最後一隻御三家球球海獅則是被水蓮所擁有，儘管這裡的故事還沒有結束，但小智是不會收服和水蓮相同的神奇寶貝的，劇情上面也不會這樣安排，所以這隻已經可以斷定小智不會得到了。