口袋妖怪的進化並不是單一的，在某些情況下下，會因為環境、性別、種族值、人為影響等因素進化成不同的模樣，這就是分支進化。
其中最著名的一個自然就可以進化為多種不同屬性寶可夢的伊布家族了，雖然進化成阿羅拉樣子也算，但這裡我就略過，包括蛋蛋、皮卡丘和卡拉卡拉。
伊布家族
第一個當然是伊布家族，伊布因為基因很不穩定所以容易受到環境的影響進化成其他的寶可夢。
截止第七世代，伊布可以進化為8種。
水伊布-使用水之石雷伊布-使用雷之石火伊布-使用火之石太陽伊布-親密度達到一定數值白天升級月亮伊布-親密度達到一定數值夜晚升級葉伊布-青苔巖石附近升級冰伊布-覆冰巖石附近升級仙子伊布-友好度達到一定且學會妖精屬性招式
臭臭花
臭臭花是由走路草進化而來的，在相當長一段時間我都以為它只能進化為霸王花。
臭臭花使用葉之石會進化為霸王花（草毒屬性），使用日之石則會進化為美麗花（草屬性）。
蚊香君
蚊香君是蚊香蝌蚪進化而來，我曾經以為它會進化成蚊香泳士然後進化成蚊香蛙皇，但這樣就進化三次了啊……
蚊香泳士（水格鬥）是蚊香君使用水之石進化的，和臭臭花霸王花差不多，外形變化不大。
而蚊香蛙皇（水）則是蚊香君攜帶王者之證連接交換進化，和臭臭花美麗花一樣外形變化很大，這就是完全變態進化吧。
呆呆獸
呆呆獸正常的37級會進化為呆殼獸（水超能力）（不用大舌貝咬尾巴），而攜帶王者之證連接交換則進化成圖上這樣的呆呆王（水超能力）。
呆殼獸的防禦種族值跟高，呆呆王的特防種族值更高。
刺尾蟲
刺尾蟲和它的兩個進化形態在橙華森林白色森林等林地裡面都很常見。
刺尾蟲性格值個位小於5就會進化成甲殼繭最後是狩獵鳳蝶（蟲飛行），性格值個位大於等於5則是盾甲繭而後毒粉蝶（蟲毒）。
狩獵鳳蝶攻擊特攻種族值更高，毒粉蝶特防防禦更高。
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