麗江素有「植物王國」「植物基因庫」「動物王國」「藥材之鄉」之稱，是高原生物多樣性的典型代表。境內有包括第四季冰川遺留下來的紅豆杉、油松（羅漢松），古生代遺留下來的水青樹、攀枝花蘇鐵等，計有20多種國家一、二級重點保護植物以及雲南八大名花在內的13000多種植物，佔雲南省植物種類的70%以上。以麗江及境內山河、地名命名的植物有167種，其中以麗江得名的有麗江冷杉等121種，以玉龍山等命名的有26種。玉龍縣境的新主天然高山植物園，在不足10平方公裡的地段內，幾乎匯集了橫斷山系所有的植物種類，其中有國家一類保護珍稀植物10餘種，稱之為「植物避難所」。新主植物園內不少樹齡已超過1500年，據專家考證，其中的一棵鐵杉樹齡已逾3000年，堪稱「鐵杉樹王」。華坪溫泉紅椿箐的千畝原始攀枝花蘇鐵園內，有株樹身高達5.2米，十分罕見。
永勝程海是國內唯一能天然生長螺旋藻的湖泊（也是全球僅有三個之一），現已建成年產1000多噸的世界最大的螺旋藻生產基地。境內野生藥用植物計有2000多種，佔我國所列品種的三分之一還多，其中冷涼區藥材特別豐富，不少山區稱之為「一巴掌下去能抓三棵藥」。
山深而藏異獸，林密而產珍禽。」麗江境內屬於獸類的野生動物有8目21科42屬83種，其中有國家一類保護野生動物滇金絲猴、野驢、金錢豹、雲豹；國家二類保護野生動物恆河猴、小熊貓、原麝、林麝、馬麝、黃麝、金貓、穿山甲、水獺、毛冠鹿等；國家三類保護野生動物石貂巖羊、青羊、大靈貓、小靈貓等。還發現有極其罕見的白猴，被動物界稱之為「永勝白猴」。屬於鳥類的有17目46科290多種，其中有國家一級保護鳥類黑鸛、中華秋沙鴨、雉鶉、黑頸長尾雉、紅腹角雉、黑頸鶴等；國家二級保護鳥類白雉（雪雞）、白腹錦雞、藏馬雞、灰鶴等；國家三級保護鳥類血雉、勺雞、大緋胸鸚鵡等。
屬於魚類的有5目15科，主要為金沙江、雅礱江、瀾滄江水系魚類。爬行類主要有水蛇、黑花麻蛇、黑眉錦蛇、菜花烙鐵頭、竹葉青、雪山蝮、雲南龍晰、山溪鯢、紅瘰疣螈、寬頭短腿蟾、龐剌齒蟾、華西蟾蜍、滇蛙、青蛙等。屬於昆蟲類的主要有中華蜜蜂、大熊蜂、蝗蟲、蜻蜓、螳螂、蟋蟀、蟬、麗蝙蝠蛾、九香蟲、蠶、瓢蟲、蚊、蠅蜘蛛、蜈蚣等等。
麗江生態環境資源優勢特別明顯，主要表現為：一是氣候宜人，夏無酷暑，冬無嚴寒，不論冬季夏季，室內基本不需要裝空調，特別是盛夏7月，麗江的月平均氣溫不足19℃，是名副其實的避暑勝地。二是空氣品質優良，空氣清新，藍天白雲，近年來檢測的結果，麗江空氣品質優良率均為100%。三是日照豐富且光質好，全年日照時數為2588小時，冬春季節麗日陽光，日照特別豐富，佔全年日照時數的30%。四是擁有得天獨厚的生物多樣性生存環境，麗江多種氣候並存多種地貌並列，極有利於多種生物的生存和發展，成為國內十分難得的生物多樣性區域。五是綠色植被覆蓋面大，生態環境優美.
麗江境內自古以來有十分豐富的森林植被，又有保護生態的文化傳統，20世紀80年代曾稱為「長江上遊最後的綠色堡壘」，現在全市森林覆蓋率已經達到70%，遠遠高於全省全國的森林覆蓋率水平。改革開放以來，麗江市立足豐富的生態、生物資源優勢，堅持生態優先、綠色發展，著力推進生態產業基地建設，爭當生態文明建設排頭兵。