很多人都知道，近親繁殖會導致後代容易出現智力低下、畸形、疾病等症狀，但是很多人並不知道為什麼近親繁殖會引起這些症狀。在看待問題時，我們要知其然的基礎上，還要知其所以然。
近親的危害在達爾文同一時期，還有一個名垂千古的人物正在修道院中種植豌豆，他就是後來大名鼎鼎的遺傳學之父孟德爾。
孟德爾通過觀察豌豆發現，純種的豌豆雜交之後生出的第一代豌豆，只會表現出同一個性狀，比如：紫花豌豆和白花豌豆雜交後，得出的後代只會開紫花。
但讓雜交後的豌豆自交時，豌豆又會表現出不同的性狀，比如：雜合子紫花自交之後，會得出紫花和白花兩種花色，其中紫花與白花的比例是3:1。
為了驗證不是偶然得到的數據，孟德爾又選出了7組不同性狀，比如：高莖與矮莖；圓粒與皺粒；黃豆與綠豆等。結果都無一例外地表示出了3:1的規律。
由此，孟德爾揭開了生物的遺傳規律，在體細胞中，控制同一性狀的是一對等位基因，當兩個等位基因相同時則為純合子，生物會表現出該基因的形狀；當兩個等位基因不同時，生物會表現出顯性基因的形狀。
比如：相對於白花而言，紫花是顯性基因，所以紫花與白花雜交之後得到的第一代全都是紫花。
等位基因在形成配子時，等位基因能夠彼此互不幹擾，獨立進入到不同的配子之中，並通過基因重組的方式，在子代中繼續發揮各自的作用。
而這，也解釋了為什麼近親不能結婚的原因。
近親繁殖近親結婚的主要危害是後代容易出現遺傳疾病。遺傳病又分為單基因遺傳病，多基因遺傳病和染色體遺傳病。其中單基因遺傳病就是由一個基因控制的疾病，而多基因疾病就是多種基因相互配合導致的疾病，染色體疾病就是染色體異常出現的疾病，比如：唐氏兒就是21號染色體異常。
在人類中，有許多疾病是由隱形基因控制（顯性基因控制的疾病，容易被自然選擇淘汰），如果不是近親結婚，那麼兩人之間的基因差異性較大，即使有一人攜帶致病性基因，那另一人攜帶的可能性也不大，所以後代通常不會有問題，最多是該疾病的攜帶者。
但如果是近親繁殖，那麼兩人的基因相似度較高，夫妻兩人都有可能攜帶，導致後代患有遺傳疾病的概率提升。
最典型的就是皇室血友病，由於歐洲皇室大多是近親結婚，以至於它們後代中有很多人患有血友病。
還有白化病，白化病患者的整個家族可能都是正常的，但其實他們有的是攜帶者，當近親結婚時，夫妻雙方都有可能攜帶白化病的基因，導致後代發病。
而近親繁殖導致的後代患有畸形、或者遺傳病通過婚檢不能完全檢測出來，只能通過發病的後代來檢測出家族攜帶該基因。
除了單基因遺傳之外，多基因遺傳病也容易在後代身上體現出來，所以近親繁殖容易導致疾病的發生。科學家們曾經在小老鼠身上做過實驗，讓一批小老鼠同自己3代以內的近親繁殖，結果發現當繁殖到第三代時，幾乎所有的小老鼠都會出現不育，無法繼續繁殖後代。
這也是為什麼，很多國家通過法律禁止近親結婚的原因。
人類為什麼要讓動物近親交配？其實在自然界中，動物們也會和人類一樣，避免近親繁殖，比如：雄獅會趕走種群中亞成年的雄獅，而雄性斑鬣狗也會離開原來的家，加入別的家族。
然而在人工飼養環境下，人類為了獲得想要的性狀，會讓動物近親繁殖，純種交配就是其中一種。純種交配的好處是可以節約育種時間，大大加快育種速度。
比如：無毛貓的出現，就是貓主人將毛髮稀疏的小貓和貓媽媽進行回交，而回交也是近親繁殖的一種，最終得到了無毛貓。但是無毛貓面臨著許多遺傳疾病，一度不被貓協會承認。後來又有一批育種師將無毛貓與其他貓雜交，改良基因後又將它們培育成無毛貓，這就是斯德芬無毛貓，由於基因被改良，這種貓最終被貓協會所承認。
相比於近親育種的好處而言，近親繁殖會對動物後代造成嚴重的危害，比如：柯基脆弱的胃部，金毛容易患有癌症。由於動物具有感知疼痛的能力，所以這些遺傳疾病對它們生活造成了困擾，甚至導致它們生活質量下降，可謂是得不償失。
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