跟《小黃人大眼萌》一樣《馬達加斯加的企鵝》也是由正片電影《馬達加斯加》延伸的獨立電影。
該片講述了「企鵝四賤客」——Skipper，Kowalski，Rico和Private加入一個秘密間諜組織，與邪惡的「章魚怪」戴夫博士展開鬥爭的故事。多年前，章魚戴夫曾經是動物園裡最受歡迎的明星，但自從企鵝們出現以後，再也沒有人看戴夫的表演。後來戴夫決定要對企鵝們進行報復。他製造了「美杜莎液體」想把企鵝們變成怪物。在Skipper的帶領下，4隻企鵝為了對抗這個自以為是的章魚博士，他們需要和神秘的「北風」特工局合作，通過聰明才智和團隊合作一起擊敗「章魚博士」，拯救所有企鵝。
相對於小黃人的蠢萌，馬達加斯加的企鵝更多的是賤萌，無惡不作，到處惹是生非，但是在影片中也體現著四隻企鵝之間如家庭一般的溫情時刻。他們是團隊夥伴，他們更是最親的家人。「我們有95%的可能會死」「那另外5%呢？」「我們會得到其他企鵝不曾見過的榮耀」「好，那我們就選擇這5%！」四隻企鵝在賤萌搞笑的同時也用自身的奮鬥與冒險帶給我們一種「燃」的感覺。