西方有些學者認為，這座水下金字塔可能原本建造在陸地上，後來發生強烈的地震隨著陸地沉入海底，這樣就使「金字塔」落在海底了。
有些學者猜測，這座水下金字塔可能長期生活在海底的亞特蘭蒂斯人建造的。幾百萬年前，百慕達三角海域可能曾經是亞特蘭蒂斯人活動的基地之一，水下金字塔可能是他們的一個供應庫。
科探隊員在尋找歷史的遺蹟！
發現了大量人形石雕美國探險家拍攝到一張滿是旋渦狀白光影像的照片，有些人懷疑水下金字塔可能是亞特蘭蒂斯人專門保護具有：「宇宙能」奇特性質和力量的能量場，它能夠吸引和聚集宇宙射線、磁性振蕩或其他未知的能量波，其內部結構可能是一個微波諧振腔體，對放射性物質及其他某些能源有聚積作用。
水下金字塔真的具有這樣神奇的作用嗎？它真是遠古時亞特蘭蒂斯人建造的嗎？ 我們不得而知。
根據人類的不斷探索和猜測認為，在世界的某些神秘海底隱藏著神秘的水下金字塔，可能孕藏著大量的人類歷史信息。許多水下建築之所以堙沒於海底深處，是由於數千年前地震、海嘯或者其他自然災難形成的。 『 這些神秘的水中建築仍保留著許多秘密，它們的發現讓科學家產生了濃厚的興趣，對人類歷史文明形成了許多置疑和思考。面對於水下金字塔的發現和推測，引出的一連串遠古歷史之城湮沒之謎，以及其隱藏於海底的秘密和歷史發展的探索之路，對人類來說將是艱辛和漫長的。
其實，早在1963年，美國海軍就在發現水下金字塔的地方，發現了一個不明物體以非常高的速度在潛行。美國海軍立即派出一艘驅逐艦和一艘潛水艇前去追尋。他們追蹤了4天，卻一無所獲。這個不明物體，不僅行速快，而且又有奇異的潛水功能，可以下潛至8000米以下的深海，甚至連聲吶都無法搜尋。他們只看到它有個螺旋槳尾巴，但無法窺清其真實面目。
近距離拍攝水下的人形石雕
科探隊員發現人工建造遺址消息披露後，有人認為那個不明物體可能是蘇聯的潛艇。然而，美國方面稱，以現代的加工製造技術，不要說是蘇聯，就連美國都無法製造這種既可高速行駛，又可下潛深海的物體。
但這個不明物體究竟是什麼？美國海軍也無法做出合理的解釋。
有人認為，這個不明物體與水下金字塔有關，甚至有人說，這個水下不明物體正是從水下金字塔中出來的。它們之間究竟有沒有關係，沒有人知道，這也是水下金字塔中的謎中之謎了。