進化，是神奇寶貝生命中的一個重要階段。有的神奇寶貝可以憑藉經驗的積累而達到進化，有的神奇寶貝則需要藉助道具的幫助才能進化，有的神奇寶貝有著多種進化。此外，還有部分特殊的神奇寶貝，它們只有在特定的條件下才能進化，有著自己獨特的進化方式。現在，我們來看看各種進化方式。
1、分支進化
分支進化則首推伊布，它應該是分支進化中最著名的了。憑藉各種道具以及同訓練家的關係，伊布可以進化為太陽精靈、水精靈等八種形態，也許以後會有更多的也說不定。
2、合體進化
合體進化是一種少見的進化方式，我們所熟知的一定是呆呆獸和大舌貝。當大舌貝咬住呆呆獸的尾巴時，它們就會在一起進化為呆河馬。如果有王者信物的話，則會進化為河馬王。此外，據說巨金怪也是通過合體進化而來的。
3、分裂進化
分裂進化，目前貌似只存在與土居忍者身上。土居忍者進化的時候，如果訓練家身上有空餘的寶貝球的話，它就會分裂進化為鐵面忍者與脫殼忍者。突然感覺這個好贊，一隻變兩隻，太划算了。
4、單一性別進化
單一性別進化，指的是只有雄性或者只有雌性才能進化來的神奇寶貝。例如，要想進化為蜂后，只有雌性的三蜜蜂可以，雄性的三蜜蜂是不能進化的。
此外，還有艾路雷朵也只能由雄性的奇魯莉安進化而來，雪妖女只有雌性的雪童子進化得到。
5、交換進化
南瓜精是通過交換進化的。武藏的南瓜精曾經與南瓜伯爵的大嘴娃交換過，結果一交換後就進化為了南瓜怪人。好在武藏與南瓜怪人之間的情感太深，最終將它換回來了。
6、對訓練家隊伍有要求的條件進化
有的神奇寶貝只有在訓練家的神奇寶貝隊伍達到一定條件才可以進化。小球飛魚若要進化為巨翅飛魚的話，一定要訓練家的隊伍中擁有一隻鐵炮魚。據說，頑皮熊貓只有在隊伍中存在其他惡系神奇寶貝的條件下，才會進化為流氓熊貓。
7、特定的環境條件進化
蓋蓋蟲與小嘴蝸特別有意思，只有當它們同時出現在一個地方，而且恰巧同時受到電流的刺激，它們便會一同進化。其中，蓋蓋蟲進化為騎士蝸牛，小嘴蝸進化為敏捷蟲，都讓人覺得是不是進化進錯位了。