在前往下一個城市準備打到道館戰的小智一行人，卻在一個山洞裡迷路了。而在山洞中惴惴不安的他們，卻看到一個考古人員剛好挖掘出了一個化石的石頭。眾人欣喜地隨著他走出了山洞，並被邀請在他家中做客。而在此之前，火箭隊也終於出場，看得出這一話算是他們計劃裡的最後一環了。
來到藤雄先生家中，眾人也看清了這個化石的大致形狀，是一個龜殼。而在藤雄的表述中，他對這個龜殼的所有者，也就是遠古時期的寶可夢原蓋海龜，話裡話外有著深深的留戀。有意思的是火箭隊也盯上了這個寶可夢和它的進化型肋骨海龜，但具體什麼操作還尚且不了解。其實在這一季的開頭對於遠古時期的寶可夢就有一定的劇情表述，比如在蘭木博士被復活的古翼鳥，就是和原蓋海龜處於一個時代的。
不過古翼鳥都能存活，原蓋海龜也未嘗不可。藤雄在回憶中，也向小智等人述說了一個不得了的童年經歷。在和夥伴一同玩耍，前往山洞裡探險的藤雄，因為體力不支掉了隊，中途遇到了個發著光的洞口。小孩子畢竟都是有好奇心的，在打開洞口後，藤雄不慎跌進了洞中，沒想到就這麼來到了另一個世界。環境與景色一切與現代截然不同，還生活著許多不同的寶可夢，就在這個世界藤雄認識了一個寶可夢。
和寶可夢一起玩耍就這麼忘記了時間，而在藤雄與這隻寶可夢分別時，他都不知道這個寶可夢叫什麼名字。但在離開前，他把自己的勳章送給這隻寶可夢。重回現實世界的藤雄發現這個世界裡已經不再生存著他遇見的那隻寶可夢，他的那個朋友叫做原蓋海龜，它已經滅絕了上萬年。但藤雄卻不死心地在山洞中尋找他的夥伴，幾十年過去了，他成功找到了一個原蓋海龜的化石。
說起來每次有穿越時空的劇情都挺讓人傷感，而且世界上總是存在著巧合，藤雄挖出的那個化石裡，似乎夾著一個圓形物體。說到這應該也差不多明白了，不出意外就是藤雄當年送的那個勳章。沒想到就在這時火箭隊突然跳了出來，並把化石給搶走了。並且火箭隊也在這時非常心大的講出了他們的計劃。
這個進化環節可以說是一環扣一環非常縝密了，從當初的竊取博士資料到偷取電氣石，這一切都是為了這一次的復活計劃。小智自然要前去組阻止，但過程卻有些坎坷，最終只能眼睜睜地看著原蓋海龜被復活，並且目睹著害怕的原蓋海龜逃走……
說起來這一話的劇情還是很不錯的，在bw裡寶可夢與人類的羈絆與情感向來刻畫得不錯。