水晶的清洗又稱水晶淨化，由於水晶有儲存信息的功能，會記憶所有和它接觸過的人事物，因此一塊水晶可能保留了其他人的記憶， 也許有些不好的負性能量，甚至會影響到水晶擁有者。所以剛買來的水晶，第一次佩戴時，務必要淨化，將內在訊息歸零，培養真正屬於自己的水晶（從我們這裡出去的水晶，發貨前都會進行淨化）。用完水晶後也要淨化。尤其是作為治病/排負/清理的水晶，因它吸收人體內的負性能量，所以一定要淨化。
1、白水晶碎石、晶洞、晶簇淨化
把水晶放於白水晶碎石、天然水晶簇上或水晶洞內之上，就可以達到到相當棒的淨化效果。水晶進行過療愈排負的使用之後，或者佩戴一整天之後，就可以將祂放在白水晶碎石上、晶洞內或晶簇上，祂們散發出來的振動能量（持續且穩定），可以有效的清除水晶內的負性能量，並且重新充電，效果很好。
2、溪水、流水淨化
把水晶帶到溪流清洗，水晶可受大自然的正能量淨化。但一定要在溪流中用流動的溪水淨化，不要把溪水帶回家中清洗水晶喔，那就不流動了，水晶會很喜歡大自然的能量，流動的溪流、一大片草地、大樹旁邊都是可以帶給水晶自然能量的，有助於水晶淨化充能。如果沒有自然界的溪流，打開自己家的水龍頭（過濾水、淨水器的效果更好），將水晶放在小盤子內，衝洗自己的水晶約十分鐘，這樣也有淨化效果。
3、日光、月光淨化
自然界中最強大的光能是水晶最喜歡的能量之一，把水晶放置於陽光（或月光）下曬數小時，讓大自然最強大的力量幫您的水晶淨化。白水晶可以在早晚太陽不烈的時候曬，有顏色的水晶不能直曬，更適合月光（因為這些水晶都內含Fe（鐵）、Cu（銅）等其他元素，長時間曝曬會導致氧化或因高溫也易改變水晶內之分子結構而退色）。
4、意念淨化
連接水晶能量，感受水晶能量，把你愛的能量傳遞給水晶，讓其在你的高頻意識中淨化。
5、鼠尾草、能量香燻淨化
點上鼠尾草或者高頻的能量香，用香薰淨化也是可以，不過一定要注意能量香的能量磁場，一般的商業香都沒什麼用。
6、大地掩埋淨化
大地掩埋法是力量強大的淨化方法之一，例如家裡有生病的人佩帶過的水晶，建議使用大地掩埋法，畢竟水晶是從從大地孕育而生的，讓水晶回到原來的地方其淨化效果是最好的，但是千萬記得要未受汙染的土地才行，時間有限，建議超過一個月的時間會比較好一點。此種方法有風險，就是可能自己忘記埋在哪裡而找不到，或者跟別人結緣去了，那就心疼了。所以一般只有能量用盡無法再恢復或者嚴重破損斷裂的水晶才使用此法。
淨化周期不限，因為每個人對能量的消耗情況不同，經常出入醫院墓地或者人多而雜的地方和每天固定進出寫字樓上班對能量的消耗肯定是不一樣的。而每件天然水晶所包含的能量不同，即便是同樣大小同樣品種所包含的能量也是不一樣的，無法量化、一概而論，通常：
1、進行過清理、療愈、排負、治療之後，請淨化後再使用；
2、白天佩戴，晚上除下的，可以晚上淨化次日再使用；
3、長期佩戴，不除下的，可以不定期淨化；
4、感覺到水晶失去光澤，呈現呆滯與晦暗的樣貌，或者感覺能量感低下，可以淨化後再使用。
不管是哪種淨化方法，在戴上水晶的那一刻，請信賴水晶，你的所想所念都會被存儲在你的水晶中，並被放大，反饋到你身上。
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