Docker & Singularity

很早就了解過docker，但一直沒機會用（也不是沒機會，主要還是自己懶）。最近可能被工作需求了，才又撿起來了。真的是需求才是動力呀。

自從微軟更新了WSL2（雖然我一直在用WSL），但是發現docker只能在WSL2下使用，又是被需求更新。於是上網查了下window 家庭版的更新方法。打個補丁就好(可以參考該連結https://www.jianshu.com/p/a20c2d58eaac)。

sudo service docker start
假如想以非 root 用戶的身份使用 docker , 把用戶添加到 docker 用戶組即可。
#非 root 用戶使用 dockersudo usermod -aG docker your-user
直接在命令行下敲 docker就會有docker的各種命令以及幫助。
docker運行需要鏡像，可以自己做也可以在docker hub上拉一個。
一些簡單的命令網上很多就不囉嗦了。說下自己需要用的一個鏡像AnnotSV。這個軟體是用來做SV（Structural variation）注釋的，當然注釋SV的軟體還有其他的一些，比如VEP等。
首先從docker hub上把該鏡像pull下來（pull之前可用docker search也可在docker hub直接進行搜素）
docker pull mgibio/annotsv-cwl:2.3
docker run -it mgibio/annotsv-cwl:2.3 AnnotSV 
docker run -v /home/wjb/Desktop/sv_test/:/mnt:rw mgibio/annotsv-cwl:2.3 AnnotSV -SVinputFile /mnt/100601044.sv.vcf -SVinputInfo 1 -outputFile /mnt/test.annotated2.tsv -svtBEDcol 4 -annotationsDir /mnt/
-v 參數：掛載宿主機目錄到容器內目錄，冒號前為宿主機目錄，後為容器內目錄，最後是以讀寫方式掛載，掛載後宿主機和容器內該目錄下的文件會同步。然後說下Singularity，這個東東是第一次聽說，查了下這個是特意為HPC準備的，安裝也挺麻煩的。
##sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \    build-essential \    uuid-dev \    libgpgme-dev \    squashfs-tools \    libseccomp-dev \    wget \    pkg-config \    git \    cryptsetup-bin
export VERSION=1.15.1 OS=linux ARCH=amd64 && \    wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && \    sudo tar -C /usr/local -xzvf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && \    rm go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz
echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc && \    echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc && \    source ~/.bashrc
export VERSION=3.6.0 &&     wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-${VERSION}.tar.gz && \    tar -xzf singularity-${VERSION}.tar.gz && \    cd singularity./mconfig && \    make -C ./builddir && \    sudo make -C ./builddir install
singularity 可直接把docker的鏡像轉成自己的格式
singularity -d build annotsv.sif docker://mgibio/annotsv-cwl:2.3singularity run annotsv.sif AnnotSV 查看AnnotSV軟體幫助信息singularity run annotsv.sif 
singularity run annotsv.sif AnnotSV -SVinputFile /home/wjb/100601044.sv.vcf -SVinputInfo 1 -outputFile /home/wjb/annotsv_result/test.annotated2.tsv -svtBEDcol 4 -annotationsDir /home/wjb/
singularity的好處不止是支持HPC，無需掛載宿主機目錄，而且singularity的鏡像直接通過複製到其他地方就可以直接使用，這點更方便部署及遷移。