原子吸收光譜分析中影響測量條件的可變因素多，在測量同種樣品的各種測量條件不同時，對測定結果的準確度和靈敏度影響很大。選擇最適的工作條件，能有效地消除幹擾因素，可得到最好的測量結果和靈敏度。
1、吸收波長（分析線）的選擇：通常選用共振吸收線為分析線，測量高含量元素時，可選用靈敏度較低的非共振線為分析線。如測Zn時常選用最靈敏的213.9nm波長，但當Zn的含量高時，為保證工作曲線的線性範圍，可改用次靈敏線307.5nm波長進行測量。As，Se等共振吸收線位於200nm以下的遠紫外區，火焰組分對其明顯吸收，故用火焰原子吸收法測定這些元素時，不宜選用共振吸收線為分析線。測Hg時由於共振線184.9nm會被空氣強烈吸收，只能改用此靈敏線253.7nm測定。
2、光路準直在分析之前，必須調整空心陰極燈光的發射與檢測器的接受位置為最佳狀態，保證提供最大的測量能量。
3、狹縫寬度的選擇狹縫寬度影響光譜通帶寬度與檢測器接受的能量。調節不同的狹縫寬度，測定吸光度隨狹縫寬度而變化，當有其它譜線或非吸收光進入光譜通帶時，吸光度將立即減少。不引起吸光度減少的最大狹縫寬度，即為應選取得適合狹縫寬度。對於譜線簡單的元素，如鹼金屬、鹼土金屬可採用較寬的狹縫以減少燈電流和光電倍增管高壓來提高信噪比，增加穩定性。對譜線複雜的元素如鐵、鈷、鎳等，需選擇較小的狹縫，防止非吸收線進入檢測器，來提高靈敏度，改善標準曲線的線性關係。
4、燃燒器的高度及與光軸的角度銳線光源的光束通過火焰的不同部位時對測定的靈敏度和穩定性有一定影響，為保證測定的靈敏度高應使光源發出的銳線光通過火焰中基態原子密度最大的「中間薄層區」。這個區的火焰比較穩定，幹擾也少，約位於燃燒器狹縫口上方20mm-30mm附近。通過實驗來選擇適當的燃燒器高度，方法是用一固定濃度的溶液噴霧，再緩緩上下移動燃燒器直到吸光度達最大值，此時的位置即為最佳燃燒器高度。此外燃燒器也可以轉動，當其縫口與光軸一致時（0）由最高靈敏度。當欲測試樣濃度高時，可轉動燃燒器至適當角度以減少吸收的長度來降低靈敏度。
5、空心陰極燈工作條件的選擇a、預熱時間：燈點燃後，由於陰極受熱蒸發產生原子蒸汽，其輻射的銳線光經過燈內原子蒸汽再由石英窗射出。使用時為使發射的共振線穩定，必須對燈進行預熱，以使燈內原子蒸汽層的分布及蒸汽厚度恆定，這樣會使燈內原子蒸汽產生的自吸收和發射的共振線的強度穩定。通常對於單光束儀器，燈預熱時間應在30分鐘以上，才能達到輻射的銳性光穩定。對雙光束儀器，由於參比光束和測量光束的強度同時變化，其比值恆定，能使基線很快穩定。空心陰極燈使用前，若在施加1/3工作電流的情況下預熱0.5-1.0h，並定期活化，可增加使用壽命。
b、工作電流：元素燈本身質量好壞直接影響測量的靈敏度，及標準曲線的線性。有的燈背景過大而不能正常使用。燈在使用過程中會在燈管中釋放出微量氫氣，而氫氣發射的光是連續光譜，稱之為燈的背景發射。當關閉光閘調零，然後打開光閘，改變波長，使之離開發射的波長，在沒有發射線的地方，如仍有讀數這就是背景連續光譜。背景讀數不應大於5%，較好的燈，此值應小於1%。所以選擇燈電流前應檢查一下燈的質量。
燈工作電流的大小直接影響燈放電的穩定性和銳性光的輸出強度。燈電流小，使能輻射的銳性光譜線窄、使測量靈敏度高，但燈電流太小時使透過光太弱，需提高光電倍增管靈敏度的增益，此時會增加噪音、降低信噪比；若燈電流過大，會使輻射的光譜產生熱變寬和碰撞變寬，燈內自吸收增大，使輻射銳線光的強度下降，背景增大，使靈敏度下降，還會加快燈內惰性氣體的消耗，縮短燈的使用壽命。空心陰極燈上都標有最大使用電流（額定電流，約為5-10mA），對大多數元素，日常分析的工作電流應保持額定電流的40%-60%較為合適，可保證穩定、合適的銳線光強輸出。通常對於高熔點的鎳、鈷、鈦、鋯等的空心陰極燈使用電流可大些，對於低熔點易濺射的鉍、鉀、鈉、銣、鍺、鎵等的空心陰極燈，使用電流以小為宜。
6、測器光電倍增管工作條件的選擇：日常分析中光電倍增管的工作電壓一定選擇在最大工作電壓的1/3-2/3範圍內。增加付高壓能提高靈敏度，噪音增大，穩定性差；降低負高壓，會使靈敏度降低，提高信噪比，改善測定的穩定性，並能延長光電倍增管的使用壽命。
7、火焰燃燒器操作條件的選擇：1）進樣量：選擇可調進樣量霧化器，可根據樣品的黏度選擇進樣量，提高測量的靈敏度。進樣量小，吸收信號弱，不便於測量；進樣量過大，在火焰原子化法中，對火焰產生冷卻效應，在石墨爐原子化法中，會增加除殘的困難。在實際工作中，應測定吸光度隨進樣量的變化，達到最滿意的吸光度的進樣量，即為應選擇的進樣量。
2）原子化條件的選擇a、火焰原子化法在火焰原子化法中，火焰類型和性質是影響原子化效率的主要因素。
火焰類型的選擇原則：對低、中溫元素（易電離、易揮發），如鹼金屬和部分鹼土金屬及易於硫化合的元素（如Cu、Ag、Pb、Cd、Zn、Sn、Se等）可使用低溫火焰。如空氣-乙炔火焰對高溫元素（難揮發和易生成氧化物的元素）如Al、Si、V、Ti、W、B等，使用氧化二氮-乙炔高溫火焰。
對分析線位於短波區（200nm以下），使用空氣-氫火焰對其餘多數元素，多採用空氣-乙炔火焰（背景幹擾低）火焰性質的選擇調節燃氣和助燃氣的比例，可獲得所需性質的火焰。
對於確定類型的火焰，一般來說呈還原性火焰（燃氣量大於化學及量）是有利的。對氧化物不十分穩定的元素如Cu、Mg、Fe、Co、Ni等用化學計量火焰（燃氣與助燃氣比例與它們之間化學反應計量相近）或氧化性火焰（燃氣量小於化學計量）。
b、石墨爐原子化法：在石墨爐原子化法中，合理選擇乾燥、灰化、原子化及除殘溫度與時間是十分重要的。乾燥應在稍低於溶劑沸點的溫度下進行，以防止試劑飛濺。灰化的目的是除去基體和局外組分，在保證被測元素沒有損失的前提下儘可能使用較高的灰化溫度。原子化溫度的選擇原則是，選用達到最大吸收信號的最低溫度作為原子化溫度。原子化時間的選擇，應以保證完全原子化為準。在原子化階段停止通保護氣，以延長自由原子在石墨爐中的停留時間。除殘的目的是為了消除殘留物產生的記憶效應，除殘溫度應高於原子化溫度.惰性氣體原子化時常採用氬氣和氮氣作為保護氣，氬氣比氮氣更好。氬氣作為載氣通入石墨管中，一方面將已氣化的樣品帶走，另一方面可保護石墨管不致因高溫灼燒被氧化。通常儀器都採用石墨管內、外單獨供氣，管外供氣連續的且流量大，管內供氣小並可在原子化期間中斷。
最佳灰化溫度和最佳原子化時間乾燥時間常選擇100℃，時間為60S。灰化階段為除去基體組分，以減少共存元素的幹擾，通過繪製吸光度A與灰化溫度t的關係來確定最佳灰化溫度。在低溫下吸光度A保持不變，當吸光度A下降時對應的較高溫度即為最佳灰化溫度，灰化時間約為30s。原子化階段的最佳溫度也可通過繪製吸光度A與原子化溫度t的關係來確定，對多數元素來講，當曲線上升至平頂形時，與最大A值對應的溫度就是最佳原子化溫度。在每個樣品測定結束後，可在短時間內使石墨爐的溫度上升至最高，空燒一次石墨管，燃盡殘留樣品，以實現高溫淨化。