《魔法禁書目錄》第三季也宣告尾聲了，雖然第三季的製作水準不如前兩季，但是《魔禁》的故事不是由畫面來決定的，感謝一路陪伴。一方通行通過解析羊皮紙，唱出了魔法之歌，消除了最後之作體內的病毒，但是自己也付出了使用魔法的代價。雖然最後之作的病毒被清除了，但是面前的威脅正在臨近，右方之火召喚出的大天使之力正傾瀉而下，世界正面臨毀滅的危險。
一方通行進化為白翼，擋下大天使之力
一方通行在使用魔法的時候，看到了以前從未看過的光景，而最後之作也順利醒了過來，最後之作知道一方通行要去幫忙解決世界危機，央求著一方不要離開她，想要和一方永遠在一起，一方也終於說出也想要一直和她在一起，這時一方通行由憤怒而生出的黑翼，因為守護某人而產生了變化，進化成了白色的羽翼，甚至頭頂上也出現了光環，好一個盛世美顏。之後一方通行就飛向了伯利恆之星，擋住了傾瀉而下的大天使之力。
拒絕了炮姐的救援，上條當麻獨自留在伯利恆之星
大天使之力被一方通行擋下之後，右方之火的計劃也被打破了，人類並沒有因為災難而生出惡意，反而因為得救而散發出更強的善意，右方之火的力量急速減少，上條當麻也找到機會，一發人格修正拳揍在了右方之火臉上，這一拳效果超群，真的把右方之火打變了。伯利恆之星即將墜落，右方之火雖然是敵人，但是上條當麻也認可他想要讓世界變得更好的理想，救下右方之火併把他塞進了逃生艙，自己則留在即將墜落的伯利恆之星上面。而在這時，炮姐和御坂妹妹駕駛著戰鬥機飛來了，但是面對炮姐伸出的手，上條當麻拒絕了救援，他還有要做的事。
為了不讓伯利恆之星造成更大的災害，他要在上面破壞幾個魔法點，當然更重要的，是找到茵蒂克絲的控制靈裝，茵蒂克絲的意識還在伯利恆之星上面，上條當麻因為對她隱瞞失憶的事情，準備跟她道歉，茵蒂克絲說沒有關係，等著當麻回來，之後當麻就觸碰控制靈裝，讓茵蒂克絲的意識回到了身體中。接著當麻又利用伯利恆之星撞上想要吸收北冰洋的大天使，並一拳揍在大天使臉上，不過自己也隨著伯利恆之星一起墜落在北冰洋中。
瀧壺理後恐成能力者天敵，濱面仕上找到談判籌碼
雖然「道具」重新組建了，麥野沈利也不再追殺他們了，但是學園都市還是不會放過他的，所以他要找到和學園都市談判的籌碼，正在雪地裡翻找的時候，學園都市的部隊包圍了他們，但是他們的第一目標並不是濱面仕上而是瀧壺理後，原來通過「素養判定」認為瀧壺理後有成為LV5的素養，一旦瀧壺理後成為LV5，就能干涉其他能力者的AIM，能夠隨意剝奪或賦予他人超能力，能力者在她面前甚至連能力都用不出來，簡直就是能力者的天敵，所以派部隊前來回收。
但就是因為如此，濱面仕上得到了和學園都市談判的籌碼，「素養判定」是指能力者的上限在出生時就已經固定了，但是學園都市的能力者都相信著只要努力就能升級，一旦「素養判定」被公布於眾，會引發學園都市的大震蕩。在濱面仕上被圍困的時候，曾經得到濱面仕上幫助的村民趕過來救了他們，濱面仕上真的是拿走了上條當麻的幸運光環啊。
亞雷斯塔出手重傷右方之火，準魔神歐雷爾斯出現
雖然動畫並沒有表現出來，但是一方通行擋下攻擊之後就暈倒在雪地當中，自己也被學園都市抓住並關掉了開關，但一方通行嚇唬那些人然後自己扭頭撥開了開關，以絕勝之姿回到學園都市。從救生艙出來的右方之火，卻被突然出現的亞雷斯塔砍掉了右手，右方之火看到了上條當麻右手中出現的東西，他知道的太多了所以被亞雷斯塔滅口。而右方之火也想要保護住上條當麻拯救的世界，雖然知道打不過但還是衝了上去，被亞雷斯塔一招秒殺，亞雷斯塔的短暫出現也被英國清教主教蘿拉捕捉到了。
奄奄一息的右方之火被兩個人救下了，其中一個是差點成為魔神的歐雷爾斯，是把魔法研究到極致的人道巔峰，另外一個是英國的聖人西爾維婭，擔任「皇家女僕」這一英國式巫女的最高職位。而最後上條當麻漂在海面上，也被芭德薇撈起來了，但是炮姐只在海中找到了呱太吊墜，估計她以為上條當麻已經遇難了吧。
在結尾處出現了一些新面孔，也留下了不少的懸念，如果有第四季的話，肯定會打開更大的世界吧。