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隨著現在農業、綠植用肥量的增大，土地的營養基本上已經不會再像之前那麼貧瘠，不過怎麼有效的激活土地自身的肥效又變成了新的問題，近幾年綠色菌肥越來越被農戶重視，微生物菌肥不僅可以對土壤起到改善作用，更加是從根本上改善作物的品質，如果說一勞永逸有點誇張的話，一種肥料效勞三年倒是挺正常的。
微生物肥料修復土壤的基本原理是在適當的條件(水分、溫度、pH值等)下，一般菌肥中的生物菌在18-25℃時生命活動最為活躍，l5℃以下時生命活動開始降低，10℃以下時活動能力已很微弱，甚至處於休眠狀態。
肥料中的微生物菌群與土壤中原有的有益微生物共同形成優勢菌群，促進土壤生態系統中碳、氮、氧等元素的良性循環，從而修復土壤生態環境系統，使生態系統達到新的穩定的平衡。所以才說微生物菌劑肥效慢？好用卻不被知曉，從「土」上增產！
使用微生物菌劑的時候要想調控好地溫，首先要調控好翻內氣溫，一般棚內氣溫白天應保持在25-30℃，夜間棚內溫度低，為避免地溫散失，維持地溫恆定，除了採取地膜覆蓋外，在操作行內覆蓋作物秸稈也不失為一種好辦法。
不過農友們也要注意在使用微生物菌劑的時候不要一下子用菌肥完全代替了化肥，要循序漸進，不管是種地還是做事情都會有一個適應的過程，菌肥的最佳效果時期是作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7-10天左右，在此期間施菌肥效果最佳。