《合金彈頭6》是可以選擇難度的，要是玩家選前兩個難度最多只能玩四關，見不到最終BOSS。但是如果玩家選擇HARD難度，那就可以玩到第五關，見到最終BOSS：侵略者皇后（金星女王、異星皇后）
對於很多玩家來說，這款遊戲似乎已經脫離了《合金彈頭》最初的爽快感，子彈數量非常有限，幾下就打光了，根本不適合新手。而且遊戲中的敵兵明顯厲害了很多，後期出現的敵兵很多都要打很久才能消滅。
加上《合金彈頭6》並沒有出現在街機廳時代，後期雖然很多玩家玩，但是沒有交流的地方，於是很多技巧就這樣被埋沒了。
《合金彈頭6》四關的BOSS，也就是那條蚯蚓並不足以對玩家造成威脅。但是如果不選最高難度，玩家是見不到最終BOSS的。而最高難度下，又有多少玩家能通關？這個設計真心不知道是哪個想出來的餿主意，將我們這些新手全部阻隔於門外。
不過PS2版的，玩家只要通關，就可以選無限子彈和炸彈的版本。
玩家費盡千辛萬苦見到的《合金彈頭6》最終BOSS到底有什麼來歷？在遊戲中地位這麼高？
其實，他的原型就是《風之谷》中的巨神兵，具有終極破壞力量和高度智能的人造生物。
本來巨神兵都長埋於地下，但是某一天被擁有野心的人類將胚胎挖了出來....
而遊戲中，最終BOSS出場之前也僅僅是一個胚胎。
玩家在各種阻擾之下成功將其殲滅。
打敗之後，侵略者皇后看似已經死亡
所有人都以為侵略者皇后被打敗了，在軍隊狂歡之時，正規軍隱隱感受有什麼不詳之事即將發生，於是做足了戰前準備。
果然，侵略者皇后復活了，巨大的身軀瞬間將大部分的人類吞噬。而一早做好防範的正規軍成員躲過一劫
最終的戰鬥終於開始了。
在火星神兵的火力掩護下，正規軍經過艱難的戰鬥，終於在侵略者皇后的主場將其殲滅。
金星人侵略計劃徹底告破。
在我們的主角掉落懸崖之時，火星神兵及時出手，將兩人救起。
這也就宣布了火星人和人類達成共識，之後再無戰爭
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