目前,資料庫circBase(http://www.circbase.org/)收集包括以下6個物種的circRNA信息:人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀麗線蟲(ce6)、黑腹果蠅 (dm3)、矛尾魚 (latCha1)、腔棘魚 (latCha1)。
該資料庫最新版本發布時間為2017年6月,可幫助大家對篩選驗證的circRNA有個具體的認識,還可直接下載到相關序列信息和注釋信息,其界面打開如下。
在主頁中間搜索框中輸入基因名稱,這裡以「FOXO3」基因為例進行操作演示,點擊「search」按鈕。
對照搜索結果,對circRNA信息進行核對,下圖可以看出人的FOXO3基因組序列上對應兩個circRNA,分別是hsa_circ_0130221和hsa_circ_0006404。
上述搜索結果表格中的藍色字體標記的文字都包含超連結,可以進一步點開查看詳細信息。在點擊hsa_circ_0130221後,可跳轉其詳細信息界面。
點擊hsa_circ_0130221下行的Position,則跳轉UCSC基因組瀏覽器界面。下圖即可形象地展示FOXO3相關circRNA hsa_circ_0130221的基因組信息了。
輸出circRNA的序列時,可在搜索界面中點擊export results中的Fasta,可跳轉以下界面:
在circRNA sequence中選擇「spliced」,下方選「search」後即可得到成環序列;選擇「genomic」,下方選擇「Extend upstream by 1000 bases」即可得到上遊延伸1000bp的包含成環以及內含子的序列。
可能有些做組學研究的小夥伴們需要整個物種的circRNAs序列信息,在這種情況下,大家只需要在工具欄「downloads」項進行選擇,找到對應的物種,點擊下載就可以了: