11月4日7:00開始至比賽結束，下列時間、道路除持2018南京馬拉松賽專用證件的車輛和人員外，車輛和行人按以下規定分時、分段禁止通行。
7時起，江東中路（應天大街至夢都大街段）北向南方向道路、應天大街（江東中路至樂山路段）雙向地面道路、樂山路（應天大街至奧體大街段）雙向道路、夢都大街（江東中路至鳳臺南路段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
7時5分起，鳳臺南路（夢都大街至賽虹橋廣場段）南向北方向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
7時15分起，應天大街（賽虹橋廣場至雨花路段）西向東方向地面道路、雨花路（應天大街至中華門城堡段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
7時20分起，中華路（中華門城堡至白下路段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
7時25分起，白下路（中華路至中山南路段）雙向道路、中山南路（白下路至中山東路段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
7時30分起，中山路（中山南路至長江路段）雙向道路、長江路（中山路至漢府街段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
7時35分起，漢府街（長江路至龍蟠中路段）雙向道路、龍蟠中路（漢府街至中山東路段）北向南方向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
7時40分起，中山東路（龍蟠中路至明陵路段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
7時45分起，明陵路（中山東路至植物園路段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
7時50分起，植物園路（明陵路至太平門路段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
7時55分起，太平門路（植物園路至龍蟠路段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
8時起，龍蟠路（太平門路至太陽宮段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
8時5分起，神武路（玄武門至中央路段）雙向道路、中央路（神武路至新模範馬路段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
8時15分起，模範馬路一線（中央路至鄭淮路段）東向西方向地面道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
8時25分起，定淮門大街（鄭淮路至江東北路段）東向西雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
8時30分起，江東北路（定淮門大街至水西門大街段）北向南方向主道、江東中路（湘江路至江東門北街段）北向南方向地面輔道實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
8時35分起，江東中路（水西門大街至應天大街段）北向南方向主道實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
8時55分起，樂山路（奧體大街至金沙江西街段）北向南方向道路、金沙江西街（樂山路至江東中路段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。
9時起，江東中路（金沙江西街至奧體東門全程終點段）雙向道路實行臨時封閉，禁止機動車輛通行。