菲航已更新國內、國際航線執飛計劃，該計劃將於2020年8月1日生效。
但菲航提醒乘客，「因非可控因素，航班極易發生變更。因國際、省際的入境限制，以及特定機場就新冠病毒疫情測試、隔離限制等無法控制的情況，我們將不得不取消、增加或調整航班的飛行計劃。」
以下是菲航的定期國際航班信息：
馬尼拉-紐約：每周一次（周五）
紐約-馬尼拉：每周一次（周六）
馬尼拉-檀香山-馬尼拉：自8月6日起，每周一次（周四）
馬尼拉-多倫多：每周一次（周三）
多倫多-馬尼拉：每周一次（周四）
馬尼拉-溫哥華-馬尼拉：每周兩次（周四、周六）
溫哥華-馬尼拉：每周兩次（周四、周日）
馬尼拉-關島：每周一次（周六）
關島-馬尼拉：每周一次（周日）
馬尼拉-倫敦（希思羅機場）-馬尼拉：每周一次（周四）
馬尼拉-雪梨：8月14日及28日（待政府批准）
雪梨-馬尼拉：8月15日及29日（待政府批准）
馬尼拉-新加坡：由8月1-16日每周三次（周一、周三、周五）；8月17日起每周四次（周一、周三、周五、周六）
新加坡-馬尼拉：8月3日起每周三次（周一、三、五）；8月17日起一周4次（周一、三、五、六）
馬尼拉-吉隆坡-馬尼拉：每周一次（周六）
馬尼拉-雅加達：8月9日至23日
雅加達-馬尼拉：8月10日至24日
馬尼拉-曼谷-馬尼拉：8月5日，15日和29日
馬尼拉-東京（羽田）-馬尼拉：每周三次（周一、三、日）
馬尼拉-東京（成田）-馬尼拉：每周三次（周二、四、五）
宿霧-東京（成田）-宿霧：8月1日及8月15日
馬尼拉-福岡-馬尼拉：每周一次（周日）
馬尼拉-大阪（關西）-馬尼拉：每周3次（周二、五、日）
馬尼拉-名古屋-馬尼拉：每周兩次（周三和周六）
馬尼拉-香港-馬尼拉：每周一次（周五）：前往香港的乘客必須在出發前的72小時內取得新冠肺炎核酸測試陰性結果的證明原件。連同由菲當地政府承認的有資質實驗室的實驗報告，以及在香港當地至少14天的酒店預訂以用作隔離（禁止居家隔離）。
馬尼拉-臺北-馬尼拉：一周一次（周三）一切未持有臺灣居民身份證的外國人必須在出發前3天內獲得/提供新冠肺炎核酸（PCR）檢測報告，報告結果須呈陰性。抵達臺北後，須進行14天的隔離。除臺灣居民、持居留許可或居留籤證的外籍勞工、流動勞工、留學生及外交人員外，可在抵達臺北後進行必須的PCR檢測。根據臺北當地的要求限制，禁止乘客搭乘航班至臺北進行轉機。
馬尼拉-杜拜-馬尼拉：一周兩次（周四/周五），將於8月4日生效。依據杜拜當地政府的要求，前往杜拜的旅客必須取得出發前四天內的新冠肺炎病毒檢查呈陰性的檢測報告。
馬尼拉-達曼-馬尼拉：8月3日起，每周兩次，（周一、周五）
馬尼拉-利雅得-馬尼拉：每周兩次（周二、周六）
馬尼拉-多哈-馬尼拉：8月6日起，每周一次（周四）
馬尼拉-莫爾茲比港：8月27日
莫爾茲比港-馬尼拉：8月28日
馬尼拉-胡志明市（西貢）-馬尼拉：每周一次（周三）
馬尼拉-首爾（仁川）-馬尼拉：8月26日