調查人員再次調整調查方向，開始順著雷達回波倒查。連續調查十幾個小時後，調查人員在距離事發水域約5海裡的廣州港30號錨地某過駁作業區追蹤到嫌疑船舶雷達軌跡。
調查發現嫌疑船舶的雷達軌跡是從「裕某發」輪附近發出的，時間是12月18日中午11:22時左右。也就是說，嫌疑船舶極有可能與「裕某發」輪有過靠泊接觸，或有過駁作業。
調查人員馬不停蹄趕赴舟山找到「裕某發」輪，然而該輪並未記錄當日過駁作業船舶名稱。
調查人員只能再次走訪船員、船員，挨個了解情況。第一輪排查後，調查人員發現H輪外觀高度相似，但是與視頻比對，樓梯、水箱有明顯差異。同時，調取H輪船上安裝的海關監管系統發現，H輪事發時確實不在事故地點。
隨後，調查人員再次回到該過駁作業區，擴大了時間範圍對所有雷達回波進行了逐一跟蹤比對，發現另一可疑回波自1022時從「裕某發」輪發出。在附近停留至11:12時後繼續往南向「裕某發」輪方向移動，在移動過程中回波點消失，隨後，另一回波在11:22時左右在「裕某發」輪附近發出。而該回波點就是剛剛消失的回波點，也就是之前調查人員第一次追蹤的回波點是同一雷達回波。
正是這一情況，幹擾了前期調查人員。也就是說，嫌疑船舶僅僅是從「裕某發」輪旁邊經過。
就在調查人員對事故當天錨地過駁作業所有船舶時，一名船員反映：
我們公司的某條船S輪碰了P輪的欄杆，之後S輪在那還停留了一段時間協商賠償。經調查證實，12月18日10點多，S輪撞壞了P輪欄杆，賠了500塊錢，當時停留了40-50分鐘。這一重要線索的發現，調查人員立即對S輪展開詢問，船長稱當天撞到了P輪欄杆，之後水泵故障不得不拋錨。事發時間13:19時，S輪迴波經過了漁船錨泊位置。事故時僅有三副馮某一人在駕駛臺值班，據其陳述，在航行過程沒有發現漁船，沒有發生碰撞。