（1）對初期啟動UASB目標要明確，對UASB（第一階段：約30天）啟動初期，不要追求反應器的處理效率和出水質量。初期的目標是使反應器逐漸進入「工作」狀態。是使菌種由休眠狀態恢復、活化的過程。在這一過程中，當菌種從休眠狀態中恢復到營養細胞的狀態後，它們還要經歷對廢水性質的適應。
（2）當廢水COD濃度低於2000 mg/時，一般不需要稀釋，可直接進液。當廢水COD濃度高於2000 mg/時，可採取出水回流方式，回流比一般在30%～50%之間。有效的回流可以降低進水濃度，增大進水量，促使處理設施水流分布均勻,使下部汙泥成懸浮狀，充分混合。低濃度的廢水有利於顆粒汙泥的形成，濃度能夠維持良好的細菌生長條件即可。
（3）負荷增加的操作方法：啟動最初負荷可從0.1～2.0 kgCOD/m3·d開始，當降解的COD去除率達到80%後，再逐步增大負荷。負荷不應增加太快，只要略高於容積負荷0.1 kgCOD/m3·d即可。檢查出水揮發性脂肪酸（VFA）和鹼度ALK，VFA過高，則表示反應器負荷相當於當時的菌種活力偏高，ALK過低，則表示反應器內緩衝能力差。出水VFA若高於200 mg/L，則停止進水，直到反應器內VFA低於200 mg/L，再繼續以原濃度、原負荷進水或者降低符合。出水ALK若低於2000 mg/L，則停止進水，投加鹼，提供鹼度，直到反應器內ALK高於2000 mg/L如果出水ALK高於2000 mg/L，說明反應器運行良好。
（4）增加負荷量：增加負荷量可以通過增大進水量，或者降低進水稀釋比的方法，負荷每次可提升10～15%，並有一定的觀察時間，可以重複進行。要根據監測數據判斷，直到達到設計負荷為止，在提高符合過程中，產氣量和上流速度的增加引起汙泥流失，大多為細小非分散的汙泥或部分絮狀汙泥。這種汙泥的帶出，有利於顆粒化汙泥的形成，對於UASB厭氧反應池啟動運行，一般需要60～90天。
（5）水力停留時間：水力停留時間對於厭氧工藝的影響是通過上升流速來表現的。上升流速的平均值一般不超過0.5m/h。這是為保證顆粒汙泥形成的重要條件之一。
（6）運行中始終保持VFA/ALK=0.3以下,否則揮發性脂肪酸積累運行失敗。