最終判決表示，麻原在1989年殺害律師坂本堤全家的事件及殺害退教信徒事件中，以被害者反對和背叛自己為由，利用「Phowa」（原為密宗術語，是一種禪定的練習，後被奧姆真理教引為其教義，認為殺人是正當的）這一用語指示將其殺害。在1994年的松本沙林毒氣事件中，麻原為了確認沙林的殺傷力和噴射裝置的性能而下令噴射沙林，稱「試試是不是真的有效」。
作為一審的東京地方法院判決認定麻原彰晃是「為了以救濟之名支配日本、成為日本之王而不惜犯下各種罪行的首謀」，針對殺人、損壞屍體、違反《武器等製造法》等罪名，判決全部13個事件為有罪，並作出死刑判決。
在審判期間，麻原彰晃很少說話，當他在2004年被判有罪並被判處死刑時，他打了個哈欠，語無倫次地嘀咕。法官稱這起襲擊的目的是為了防止警察鎮壓這個邪教組織。
在1995年的襲擊事件發生之前，該組織就被指與二十多人的死亡有關。警方被批評沒有更快地阻止該組織，特別是1994年長野縣發生的小型瓦斯襲擊事件導致八人喪生之後。麻原彰晃也因策劃那次襲擊而被判有罪。
麻原2008年11月請求東京地方法院重審。2010年9月，最高法院駁回特別上訴，作出不同意重審的決定。之後麻原彰晃多次請求重審，目前也處於請求中的狀態。
對麻原彰晃和其他奧姆真理教成員的審判花費了數年時間，受害者的家屬表示，對他們的處決標誌著一個漫長過程的結束。
「我一直期待這會很快發生，」在地鐵襲擊中失去丈夫的高橋靜江告訴日本公共廣播公司NHK。「23年後，這個時刻終於來了。這就是我的感受。」
奧姆真理教後來改名為阿雷夫，日本公共安全委員會表示，它和其他分支組織仍有大約1650名成員。由於擔心麻原彰晃處決後被神格化，相關教團人士展開報復行動，日本公安部門將加強了對各地的監視工作。