自從麻原彰晃於1995年5月被捕以來,審判長達16年半。在這場馬拉松式的審判過程中,共有188人罪名成立,13人判處死刑,5人判處無期徒刑,成為日本戰後被判處死刑人數最多的組織。
東京地方法院對麻原彰晃的公開審判始於1996年4月,共進行了257回。麻原最初一直在否認自身的罪行,他辯解道:「我曾經在地鐵沙林事件發生前命令教徒停手,但是最終沒能阻止他們。」
麻原多次叫囂於法庭,比如「這個審判不正常」「這裡是一個劇場吧,要判處我死刑就判吧,何必大費周章地演戲」。律師也強調事故的原因是教徒的失控。等到證人一個接一個出現,眾多前教徒指證受到「教主的指示」,此後麻原逐漸保持沉默。
對於審判時間過長,日本社會進行了猛烈的批判。1999年政府成立了司法制度改革審議會,討論後決定今後在公開審判前需要提前整理出爭議點。此外還確立一項新的規定:一審原則上在兩年之內結束。奧姆真理教事件成為日本重新審視刑事審判制度的契機。
法官山室惠表示,未能在奧姆真理教審判中維持秩序讓司法機構名譽掃地。麻原彰晃及其信徒們經常在庭上作出瘋狂的舉動將法庭變成了馬戲團。「政府、警察、傳媒對恐怖襲擊都負有責任,司法機構也沒有作出積極的應對措施。」山室惠表示,「我們需要反思面對危機為什麼我們處理不當,並且要避免重蹈覆轍。」