2000年10月9日，案件於香港高等法院開審，翌日成為香港多份報章的頭條新聞。3名被告被控以謀殺罪﹑非法禁錮及阻止屍體合法殮葬共三項罪名。在調查初期，警方苦於沒有足夠證據，證明死者就是樊敏儀，但因被告已承認非法處理屍體等控罪，加上汙點證人阿芳的口供，於是落案控告三人謀殺罪名。
3名被告各自承認禁錮或阻止屍體合法殮葬，但全部否認謀殺罪，在自辯時亦互相推卸責任，如第二、三被告就聲稱一切都是受第一被告陳文樂所指使。後來的證人供詞指陳為黑社會和勝和的成員。
在開庭首日，死者男友吳志遠﹑家姑及兇案現場樓下二樓的情侶，及樓上一住客均曾出庭作供。吳志遠指1999年3月13日後，已再沒有見過死者，家姑指案發當日有二人上門找死者，另外樓上﹑樓下住客亦曾聽到單位傳出女子的叫喊聲。
審訊期間，警員經常要將案中的重要證物Hello Kitty洋娃娃仔搬入法庭，亦要將女死者的頭骨、藏屍冰箱及煮屍用的瓦煲呈堂，令法庭傳出屍臭。當其中一名被告供述如何從椅子上跳下，以膝蓋壓在受害人身上時，另一名被告竟在庭上發笑。
際，庭上的燈閃動大作，庭內所有人都非常愕然。梁勝祖在晚上押返羈留所，深夜他向著看守員稱：「我撞到鬼?（我碰見鬼）」，他指在庭上看到的女性，都是女死者樊敏儀的容貌。
踏入2000年11月，審訊進入尾聲。法官阮雲道指，控方證人均力指首被告陳文樂是「大耳窿（高利貸）」、黑社會大佬（頭目），參與販毒，但不管這些刑事案底是否真有其事，今次碎屍案跟上述背景全無關連，陪審團只應集中判斷三名被告陳文樂﹑梁勝祖和梁偉倫有沒有毆打虐待和肢解樊敏儀。
2000年12月6日，陪審團以6比1大多數作，裁定3被告謀殺罪名不成立，誤殺罪名成立。法官阮雲道決定以最嚴厲的判刑，判處3人終身監禁。
阮雲道指他們服刑最少20年才可申請覆核減刑， 並嚴斥被告嚴重危害社會，形容為「近年從沒有聽過這樣殘忍﹑變態﹑墮落﹑暴力﹑麻木不仁﹑手段兇殘的案件，以這樣的手法加諸別人身上，連禽獸亦不會這樣對待同類。」