綜合疫情防控、競賽組織等各方面因素考慮，燕京啤酒2020中國足協杯將於9月18日開賽，僅中超球隊和中甲球隊參加，進行5輪共25場比賽。
9月2日，中國足協在蘇州舉行了燕京啤酒2020中國足協杯首輪抽籤儀式。首輪比賽僅16支中超球隊參加，2019年中國足協杯冠軍、2019年中超聯賽1至7名為種子隊，8支種子隊按上述順序排序為：大連賽區上海綠地申花、廣州恆大淘寶、江蘇蘇寧易購、山東魯能泰山；蘇州賽區北京中赫國安、上海上港、武漢卓爾、天津泰達。另外8支中超球隊按照所屬賽區成為非種子隊。
通過抽籤，燕京啤酒2020中國足協杯首輪對陣如下：
根據競賽規程，燕京啤酒2020中國足協杯首輪比賽將於9月18日率先在大連舉行4場比賽，19日進行蘇州賽區比賽。8支獲勝球隊將於11月26日參加第2輪比賽，與中甲聯賽前8名球隊對陣，勝者進入下一輪八強比賽。除第4輪半決賽為兩·比賽外，其他各輪比賽均為單場淘汰制。決賽計劃將於12月19日舉行。