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做論文將佔據研究生生活的大部分時間，主要是去做研究，包括選題，這比實際的寫作耗時更多。碩士論文的目的是為做博士論文練兵。博士水平的研究如果沒有準備好的話，是很難進行的。碩士論文最本質的要求是展示自己的掌握程度：你已經完全理解了本領域最新進展，並具備相應的操作水平。並不需要你對本領域的最新知識有所拓展，也不要求發表你的論文。
論文所做研究要對領域有所貢獻，至少需要兩年，這使得研究生學習時間之長令人難以忍受。現在或許你感受不到匆忙，但當你已經在實驗室待了七年後，你肯定迫不及待地想逃出去。碩士從入學到畢業平均時間是兩年半，如果某個碩士生的題目過於龐大，可將之分解，一部分來做碩士論文，另一部分給博士生作博士論文。想要了解碩士論文研究是什麼樣的，讀幾本最新的碩士論文。記住比較好的論文是那些出版的或者成為技術報告的，因為這標誌著該論文被認為是擴展了領域的最新知識——換句話說，他們的論文遠遠超出了碩士論文的水平。還要讀一些通過的但是沒有出版的論文。博士論文必須對最新知識有所拓展，博士論文的研究必須具備可出版的質量。
選題是論文工作中最重要的部分：好的論文題目不僅能夠表達個人觀點，而且可與同行交流。選擇題目必須是自己願意傾注熱情的，其遠景是你願意作為一個研究者的理由，是你最為關注的目標。或許你想造一臺可與之交談的計算機，或許你想把人類從計算機的愚蠢使用中拯救出來，或許你想展示萬物都是統一的，或許你想在太空發現新生命。遠景觀點總是比較大的，你的論文並不能實現你的遠景，但是可以朝著那個方向努力。
做論文時，最困難的就是如何將問題縮減至可解決的水平，同時規模又足以做一篇論文。題目太大太虛了，你會發現需要不斷的縮小題目的範圍。選題是一個漸進的過程，會持續到你宣布論文已經完成那一刻為止。實際上，解決問題通常比精確地描述問題要容易得多。如果你的目標是一個五十年的工程，那麼合理的十年工程是什麼，一年的呢？如果目標的結構龐大，那麼最核心的部件是什麼？如何最大程度的了解核心部件？一個重要的因素是你可以忍受多大程度的風險。在最終的成功和風險之間需要權衡。
好的論文選題要有一個中心部分，你確信肯定可以完成，並且你和你的導師都同意這已經滿足畢業要求了。除此之外，論文中還有多種擴展，有失敗的可能，但如果成功了，會增加論文的精彩程度。雖然不是每一個論文選題都符合這個模式，但值得一試。有些人覺得同時在多個項目中工作可以在選題的時候選擇可以完成的那個，這確實降低了風險。另外一些人則願意在做任何工作之前，選一個單獨的題目。
可能你只對某個領域感興趣，這樣你的選題範圍就狹窄得多。有時候，你會發現系裡的老師沒有一個人能夠指導你選擇的領域，可能還會發現好像哪個領域沒什麼很自然的選題，反而對別的領域有好想法。碩士選題比博士選題更難，因為碩士論文必須在你所知不多沒有足夠自信時就完成。博士選題需要考慮的一個因素是是否繼續碩士階段所研究的領域，可能拓展或者作為基礎，或者乾脆轉到另外一個領域。待在同一個領域事情就簡單了，可能只需要一到兩年就畢業了，特別是如果在碩士階段的工作中已經發現了適合做博士論文的題目。不足之處在於容易定型，改換領域則能增加知識的寬度。
有的論文題目很新奇，有的則很普通。前者開創了新領域，探索了以前未曾研究過的現象，或者為很難描述的問題提供了有效的解決方法；後者則完美地解決了定義良好的問題。兩種論文都是有價值的，選擇哪一種論文，取決於個人風格。
無論選什麼樣的題目，必須是前人未曾做過的。即使是同時有人做的工作，也不好。有很多東西可作，根本無需競爭。還有一種常見的情況，讀了別人的論文後感覺很驚慌，好像它已經把你的問題解決了。這通常發生在確定論文題目過程中。實際上往往只是表面類似，因此將論文送給某個了解你的工作的高人看看，看他怎麼說。另外，每個論文的「將來的工作」部分，是很好的論文題目來源。
選好題後，你必須能夠回答下列問題：論文的論點是什麼？你想說明什麼？
你必須分別有一句、一段、五分鐘的答案。如果你不知道自己在幹什麼，別人也不會嚴肅對待你的選題，更糟糕的是，你會陷在選題——再選題的圈子裡而不能自拔。開始做論文研究後，一定要能夠用簡單的語言解釋每一部分的理論和實現是如何為目標服務的。記住，一旦選好了題目，你必須與導師就論文完成的標準達成清晰的一致。如果你和他對論文具有不同的期望，最後你肯定死得很慘。必須定義好「完成」的測試標準，像一系列的能夠證明你的理論和程序的例子，這是必須做的，即是你的導師並不這麼要求。如果環境發生了根本的變化，測試也要隨之改變。用實例檢驗是最簡單的測試方式。做論文的過程中，有很多浪費時間的方式，要避免下列活動（除非確實跟論文相關）：語言表達的設計；用戶接口或者圖形接口上過分講究；發明新的形式化方法；過分優化代碼；創建工具；官僚作風。任何與你的論文不是很相關的工作要儘量減少。一種眾所周知的「論文逃避」現象，就是你突然發現改正某個作業系統的BUG是非常吸引人也很重要的工作，此時你總是自覺不自覺地偏離了論文的工作。要記住自己應該做些什麼。