上海海洋大學和延邊大學兩所學校都是世界一流學科建設高校，都屬於全國重點大學。兩所學校從「品牌」上來看，差異主要在上海海洋大學並不是211工程院校；而延邊大學是第一批211工程院校之一，這使得兩所高校的知名度差異相對較大。
延邊大學，是一所綜合性大學，是由六所學校合併組建而成，而且這六所學校都是建國前後成立的學校，相對教研積澱都很深厚；上海海洋大學，是一所農林類的專類高校，他主要優勢集中在水產領域，所以他的教研領域相對較窄，配套學科也要少一些，所以學校整體規模較小，在校生15000人左右，類似普通地方性「學院派」，不過他在水產領域的實力非常強，國內一線院校。
延邊大學的優勢主要是地理優勢，他位於延邊自治州，而延邊自治州是國內唯一接壤朝鮮和俄羅斯的地級行政單位，境內的琿春市，更是一眼望三國，國內唯一地處三國交界的邊境城市，並且延邊自州區還是多民族自治州，具有語言優勢，所以延邊大學的優勢幾乎都是以地理位置建立起來的，如朝鮮語專業，東亞史，東北亞關係等等，都屬於國內一線高校。相對來講，他的醫學實力也比較強，在吉林省內僅次於吉林大學的白求恩醫學院。
上海海洋大學，只是在水產、海洋等領域比較強，其他方面確實要弱一些，如經濟、管理、外語、法學等方面要弱一些。不過，水產，海洋雖然目前比較受重視，但是歷來發展的並不是很好，中國海洋大學就是一個例子，這些領域都是國內「頭牌」，但是知名度並不高，而且就業質量也不是很好。總體來看，延邊大學的綜合實力勝過上海海洋大學，這主要是因為延邊大學規模更大，涉獵的學科和專業設置更多所致。