在刺客信條系列遊戲中存在著兩個神秘的組織，刺客和聖殿騎士，刺客嚮往自由而聖殿騎士嚮往秩序，這樣的理念衝突，使得刺客和聖殿騎士之間一直在進行著一場貫穿整個人類歷史的秘密戰爭，而玩家正是扮演者一位位形形色色的刺客與聖殿騎士對抗。隨著系列的發展，主角漸漸的不再是單純的刺客了，育碧給了這些刺客們更多的身份，他們之中有的當起了海盜，有的當起了黑幫大佬，而最離譜的一位甚至當起了聖殿騎士，他就是刺客信條叛變中的主角謝伊。
謝伊作為遊戲的主角他背叛了刺客組織，加入了一直以來作為遊戲反方勢力的聖殿騎士，並且獵殺著自己的昔日同胞，被他幹掉的包括刺客信條自由吶喊的主角阿德瓦勒以及刺客信條大革命的主角亞諾的父親。他還和刺客信條三中的聖殿騎士，海爾森肯威有著不錯的關係，並見證了海爾森一槍打瘸了康納的老師阿基裡斯，謝伊的出現串聯起了刺客信條3到5代的劇情，同時他的出現也引起了一個思考，那就是刺客真的就是對的嗎？而聖殿騎士真的就是錯的嗎？關於這個問題，我們不妨先從兩者的理念說起，刺客追尋自由，聖殿騎士追尋秩序，兩者無疑是對立的，但他們的理念其實有著一個共同點，那就是想要建立一個美好的世界，聖殿騎士理想中的美好世界是一個有著絕對秩序的世界。人民的行為有法律來約束，人類的文明有秩序來守護，這樣的世界，不再有戰爭，不再有犯罪，不再有暴行，人民可以和平的生活在聖殿騎士為他們編織的金色牢籠之中，而刺客們理想中的美好世界則是一個自由的世界，人民能夠在自由思考中共建一個和平美好的世界，人類文明由人類自身來守護，這兩個極端理想化的世界，如果非要讓我選擇一個的話，我會選後者，不過這樣的世界實在太過於美好，太遙遠了，遙遠到根本不可能實現，非要強去打造這樣一個自由的世界的話，只會偏離軌道去催生出混亂與犯罪。
而聖殿騎士理想中的秩序世界，如果非要去打造的話，其實也會偏離軌道因為想要實現絕對的秩序，實在太困難了，困難到只能利用伊甸碎片來控制人民的心智去實現，這只會讓人民成為一具行屍走肉。而秩序的締造者品嘗到權力的滋味後，也很容易跌入欲望的深淵，無法自拔，因此不管是刺客還是聖殿騎士，他們只能將那份遙遠的理想當作一種信仰，這份信仰只能用來守護，而不能伸手去觸碰，否則只會偏離軌道讓世界變得更糟，在刺客之中最能理解信條的兩位刺客大師阿泰爾和艾吉奧肯定明白這個道理。所以他們並沒有偏離軌道，在當時偏離軌道的是聖殿騎士，而如今時過境遷，物是人非，昔日的信仰由後人接管，誰也無法保證，如今的思想依然還和當年一樣，尤其是在七年戰爭這個動蕩不安的時代，刺客信條叛變的故事就是發生於此，法軍和英軍圍繞著北美的各個殖民地展開了衝突，而刺客與聖殿騎士也都暗中參與了這場戰爭，謝伊一開始便是刺客組織中的一員，謝伊母親死於難產，父親死於海難，在他頹廢撩到時，身為刺客得好友裡恩幫助他，將他介紹給了刺客導師阿基裡斯，讓謝伊的生活回到了正軌，青年時期的謝伊跟其他同年人一樣，有著一個明顯的特點，那就是年少輕狂，他衝動魯莽，高傲，自大，不過從總感覺他的眉宇之間流露著一股淡淡的憂傷。也許是因為他更加善於思考，總是思考到自己行為的意義，思考著信條的正確性，在遊戲一開始時謝伊便與一位叫做受爵騎士的上級發生了爭吵，質疑導師加在他們身上的各種限制，而再後來為了完成任務殺死了一位連劍都拿不起來的聖殿騎士後，謝伊會思考他所做的事情是否正確，雖然對組織的一些理念與行為有著微妙的疑惑與排斥心理，但謝伊總的來說依然是一個忠於組織的刺客，能夠很好的完成任務。
不過後來導師阿基裡斯給他的一個重要任務，卻改變了他的一生，任務的內容是前往先行者遺址獲取伊甸碎片，伊甸碎片一直是刺客和聖殿騎士爭奪的焦點，這是由先行者遺留下來的先進科技部件，曾經出現過一種名為蘋果的伊甸碎片，可以使人民的思想屈服於碎片的使用者，而謝伊這次在裡斯本的先行者遺蹟裡見到的卻是另一種伊甸碎片，它的作用類似於樹根，緊緊凝聚著大地，守護著這片土地，當謝伊觸碰到它時，伊甸碎片卻隨即灰飛煙滅，與此同時周遭的地面和牆壁開始劇烈的搖晃，一場波及全城的大地震開始了，謝伊在大教堂崩塌之前逃了出來，向著港口的方向跑去，他周圍的建築不斷倒塌，無數市民隨即死亡而謝伊倖免於難。就算是上帝，也很難做出這麼瘋狂的事情，這次任務讓現已成為了一個手讓無數無辜鮮血的殺人兇手。回到基地後謝伊衝進房間，憤怒的譴責阿基裡斯，但阿基裡斯卻並沒有表現出自責或者想耐心解釋的意思，只是一句冷冰冰的帶他出去。謝伊不希望這樣的災難再度發生，於是他決定偷走關鍵的道具密文，以避免阿基裡斯發現類似其他的伊甸碎片，謝伊趁夜潛入阿基裡斯的屋子，當他敲開書桌的那一瞬間，他就知道自己已經無法回頭了，謝伊逃離基地身後追捕他的是昔日的刺客同伴，跑到了懸崖邊，此時的他已經無路可逃了，但是謝伊寧願跳崖也不願意交還密文。當他準備跳入大海時一發子彈打中了他的肩膀，謝伊落入水中，刺客們相信它已經死了，然而就如同其他所有跳崖的主角一樣謝伊其實並沒有死。
一位名為喬治門羅的聖殿騎士救了他，並把他託付給了一對老人照顧，在之後與門羅的接觸中，謝伊窺視了一些聖殿騎士的理念，而在與門羅共事的這段時間，謝伊看到了在刺客的縱容下匪幫對人民的種種欺壓行為，刺客們所倡導的自由，導致了匪徒的任意妄為，由此催生了更多的暴亂。人民也在這個戰火連天的時代裡承受著更多的苦難，刺客們還為了達到目的不惜使用極易擴散的毒氣作為武器，完全不考慮平民的安危，可以說此時刺客的做法已經偏離了軌道，秩序才是此時的人們最需要的，而身為聖殿騎士的門羅正是在努力建立的秩序，一心想要打壓匪幫保護平民，謝伊此時看到了正義的光芒，這個時候謝伊的心漸漸偏向了聖殿騎士，而門羅對謝伊的尊重與信任也讓謝伊漸漸的融入了聖殿騎士組織，此時的謝伊已經漸漸走上了叛變之路，他的叛變並不是信仰上的叛變，他的叛變只是因為此時聖殿騎士的做法才是他所認同的，其實謝伊作為一個半路出家的刺客，他並沒有考慮太多信仰方面的事情，那些東西對於他來說太遙遠了，他是一個更注重當下更注重現實的人，他只是希望自己做的事情。對得起人民，對得起自己的良心，但此時的謝伊應該是帶有矛盾的，他似乎找到了新的更適合自己的歸宿，但他又不想徹底與昔日的同伴為敵，不過恩人門羅被昔日好友連恩刺殺的這件事情，讓謝伊徹底明白想要兩全其美是不可能的，自己已經踏上了一條無法回頭的路，就算前面是地獄，他也必須挺直腰杆走下去，隨後謝伊正式加入了聖殿騎士組織，駕駛著自己的莫林根號，穿梭於北大西洋周邊的各個戰場。獵殺者一位位刺客，他是刺客們最棘手的敵人，因為他曾經就是一名刺客，他依然保留了之前作為刺客時的武器裝備與潛行技能，不同的是，他脫下的兜帽穿上了華麗的聖殿騎士服裝，左手匕首，右手長刀，凌厲張狂的刀法用血腥詮釋著他自己的信條，被他幹掉的刺客有以前互相看不順眼的授爵騎士，也有曾經教導過自己的前輩，甚至還有以前親密無間的好友，下手的那一瞬間謝伊必然是很心痛的，如果可以選擇的話，他肯定希望自己的敵人不是這些昔日的同伴，但儘管有著萬般的不舍，寫謝伊的袖劍自然不會遲緩，因為他堅信他所做的是正義的事情，他只是遵循了自己的信條。
當袖劍刺向昔日親密無間的好友連恩時，那一刻就連玩家也能感到無比的心痛，也許往日的情誼還在但立場卻早已不同，再度聚首時已經恍若隔世，只剩下一生一死的局面。就連謝伊最好的朋友也始終無法理解謝伊的背叛行為，謝伊所拯救的世界或許確實是一個邪惡的世界，但作為這個世界的一員他們真正能做到的也只是去拯救他，而不是改造他，如果嘗試去改造他的話最終只會偏離軌道，讓世界變得更糟，以前偏離軌道的是聖殿騎士，如今是刺客偏離了軌道，其實到了最後導師阿基裡斯在面對著新找到一個伊甸碎片時，他也恍然大悟了，眼前的這個伊甸碎片其實就像是他們的終極理想一樣，只能去守護它，而決不能去觸碰它，否則只會帶來象裡斯本大地震那樣的無法挽回的後果。阿基裡斯明白了其實謝伊才是對的，或許謝伊才是那個真正繼承了刺客的信條的人，而儘管謝伊的身上有著刺客信條，有著刺客的裝備和技能，但這些東西卻並沒有妨礙他穿上聖殿騎士的服裝，成為一名出色的聖殿騎士，也許現謝伊是一個矛盾的人，因為在他的身上你能同時看到刺客和聖殿騎士的影子，而或許可以這樣來解釋，刺客和聖殿騎士就像是一條數軸，一邊是正數，一邊是負數，兩者可以無限的遠離也可以無限的接近，而謝伊就是存在於兩者無限接近的那個區域，刺客與聖殿騎士的概念在他身上已經模糊不清了，他最終站在了什麼立場已經不重要了，重要的是謝伊遵循了自己的信條，並且他才是那個時代真正需要的人