很快，將運動包中衝鋒鎗組裝好的恐怖分子摸進了早已踩好點的31號公寓——這裡正是以色列、烏拉圭和香港代表團的運動員公寓。
攻入公寓的恐怖分子當場射殺了奮起反擊的摔跤教練溫伯格（Moshe Weinberg）及舉重運動員尤賽夫（Yossef Romano），並控制住了沒能及時逃脫的另外9名以色列運動員。
9月5日早上，他們通過團團圍住公寓的西德警方還有各路體育媒體宣布了自己的條件：他們要求以色列政府在中午12點前釋放關押在以色列監獄的234名巴勒斯坦囚犯，否則就槍殺所有人質。
在公寓陽臺張望的恐怖分子
時任以色列總理的梅厄夫人（Golda Meir）是出了名的鐵腕人物，在與西德總理勃蘭特（Willy Brandt）第一時間的通話中就明確表示了「絕對不向恐怖分子妥協」。
於是剩下的唯一一條路就是武力營救人質了。
這時候，西德警方第一個令人迷惑的操作出現了：他們當著無數現場直播的攝像機的面穿上防彈衣套上運動員的套裝，準備偽裝成運動員進入大樓伏擊恐怖分子。在公寓中挾持著人質的恐怖分子當然也在盯著電視的消息，馬上就憤怒地揭穿了西德警方的計劃，於是該計劃只能作罷。
史匹柏導演的電影《慕尼黑》中重現了當時瘋狂的記者圍觀報導現場
由於西德的法律不允許以色列政府派遣特別行動小組進入營救他們的人員，因此只能由其警方人員進入與恐怖分子展開進一步談判。
西德政府承諾以巨額贖金及對恐怖分子人身安全的承諾換取人質的安全，但馬上遭到拒絕。對方聲稱自己是為了以色列的巴勒斯坦囚犯及「讓全世界聽到巴勒斯坦的聲音」而來。
（這裡有必要提及一個背景，慕尼黑奧運會這一盛典以色列是參賽方，但作為其「對頭」的巴勒斯坦參賽的申請卻被國際奧委會故意忽視了。關於這一複雜時代的背景有興趣的讀者可以自行了解一下）
談判小組能做到的就是拖延恐怖分子提出要求的「最後期限」，並假意答應他們安排飛機將其送往埃及。西德警方同時制定下了在他們轉移到空軍基地機場時突襲並解救人質的行動。
慕尼黑警察局長施雷伯（戴黑色眼鏡者）與恐怖分子伊薩（右一）談判
然而，這一計劃中西德警方再次出現了十分致命的數個錯誤。
首先是不明確恐怖分子的人數，直到晚上10點鐘左右所有恐怖分子與人質一起登上警方提供去往機場的兩架直升飛機，他們才數清楚原來有8個恐怖分子——但警方在機場只安排了5個狙擊手。
另一個問題是各行動部門信息分享情況極差。首先是後來才確定的恐怖分子人數並沒有及時通知到機場的狙擊組，導致現場火力嚴重不足。另外警方的後手計劃是在他們即將乘坐的波音飛機上安排一組偽裝成飛行員與空乘人員的警察，但這組人員竟然由於完全不知道行動計劃是什麼，又覺得有很大危險而提前跑了……
於是到達機場的恐怖分子「訓練有素」地先派了兩個人去查看波音飛機的情況，結果發現根本沒有給他們準備飛行人員，馬上就意識到被耍了。在他們往直升飛機回跑的過程中更離譜的事情出現了：有人突然下令狙擊手開槍，然後狙擊手第一槍就打偏了……
這是西德警方在這步行動中的第三個致命問題，沒有安排專業的軍方狙擊手而是讓幾個十分業餘的警察來完成狙擊工作。
這一事件中甚至連恐怖分子都顯得比德國警方「專業」
就在這樣連環的錯誤之下，西德警方最終將營救事件推入了一個無法避免的悲劇深淵。
經過持續一個多小時的激戰，5名恐怖分子被擊斃，3人被活抓，而以色列11名運動員人質全部不幸遇難。
這一結果不僅引來全世界一片譁然，大家對德國的安保工作及反恐能力質疑不斷，更讓以色列舉國陷入悲痛與憤怒之中。
倖存的以色列代表團成員帶著遇難者的遺骸回國
慕尼黑恐怖襲擊發生三天後，「鐵娘子」梅厄夫人帶領下的以色列政府馬上做出回應：1972年9月8日以色列空軍發動三次大型轟炸行動，「巴勒斯坦解放組織」多達十個營地被毀，200多名巴勒斯坦人被炸死。
一個月後「黑九月」組織又劫持了一架德國航班飛機，迫使西德政府釋放了三名被捕的恐怖分子。更令以色列全國震怒的是，這三名恐怖分子回到利比亞後成了巴勒斯坦人眼中的英雄。
被釋放後召開「記者會」的三名恐怖分子「英雄」
從1972年末到約1979年裡，以色列「上帝之怒」行動小組以槍殺、定時炸彈襲擊、聯合軍方強攻巴勒斯坦解放組織基地等方式將慕尼黑恐怖襲擊的相關策劃者、行動者一一剷除，還順帶暗殺了幾個重要的「黑九月」恐怖組織領導者及巴解組織高級成員。
但與此同時，以色列特工們也經歷了被設套反殺、誤殺平民、炸死目標的同時炸死炸傷無辜路人的失敗行動。
同時長達數年的暗殺行動也引來黑九月的恐怖襲擊報復。以色列駐英國使館參事阿米·沙紹裡被郵件炸彈炸死，馬德裡摩薩德特工在街上被槍殺，雅典機場恐襲事件三名以色列旅客被槍殺同時現場多人受傷……甚至連梅厄夫人都曾差點命喪恐怖襲擊計劃之手。
在局勢複雜的巴以衝突中，向來是冤冤相報無窮盡的。
「以色列母親」梅厄夫人
史匹柏導演的電影《慕尼黑》試圖將從慕尼黑慘案到以色列復仇行動的一系列故事重現，但其中的「正反派」塑造及其「對恐怖分子的曖昧態度」也引起了很多聲討與爭議。
關於涉及歷史、政治、軍事、種族等等複雜因素糾纏在一起的巴以衝突幾乎沒有人能夠下定論孰是孰非，但我們都知道反恐是全人類必須團結一心合力完成的事情。
慕尼黑恐襲慘案可以說是全球反恐、安保工作開始被重視的開端。德國由於這一「恥辱」而特意成立的德國邊防軍第九反恐大隊（GSG-9）就是最好的證明。
以暴制暴或許不能終止暴力，但在維護和平的反恐道路上，我們從不敢鬆懈。
Tony Karon. Revisiting the Olympics' Darkest Day. CNN TIME. Tuesday, Sep. 12, 2000Alexander B. Calahan. Countering Terrorism: The Israeli Response to the 1972 Munich Olympic Massacre and the Development of Independent Covert Action Teams. April 1995Wikipedia: Munich massacre; Operation "Wrath of God"; Israeli–Palestinian conflict; Black September Organization胡明浩，1972年「慕尼黑慘案」回溯，檔案春秋，2013年02期