1949年，國民黨在內戰中遭敗。蔣介石無可奈何的被迫第三次宣布「下野」，桂系李宗仁當上了南京政府的代總統。
下野的蔣介石回到了自己家鄉奉化，住進了「豐鎬房」，但他卻仍悄然左右著整個形勢的發展。在這裡，蔣介石以國民黨總裁的身份每天接見一批又一批前來請示報告的各類大員，依然發布著他的指示。對於特務系統，則更是毫不放鬆，除了對外，他還要依靠他們對付黨內的對手。
作為國民黨內最大的地方勢力，長期以來，桂系一直是蔣介石打擊和排擠的對象。因此國民黨的軍統、中統在歷史上便與桂系讎隙頗深。在國民黨內歷次鬥爭中，桂系也一貫把蔣介石的特務系統當作攻擊的對象。
軍統改組為保密局後，毛人鳳出任局長後，曾一度有意與桂系巨頭李宗仁、白崇禧緩和關係，但桂系並不領情，雙方的關係仍一直處於緊張狀態。桂系掌握大權後，毛人鳳擔心保密局的日子以後不會好過，更擔心的前不久保密局策劃的暗殺李宗仁的陰謀被桂系知曉，那時連自己的性命也難保。
恰在此時，蔣介石指示毛人鳳辭去保密局局長一職，讓李宗仁接管保密局，讓保密局原副局長徐志道去同李宗仁、白崇禧打交道。但是保密局的實權，蔣介石仍要求毛人鳳牢牢抓在手上。
毛人鳳親自來到上海，秘密向保密局地方組織發布命令，要求在任何情況下，保密局 的特務們只能服從他的命令。然後他召來副局長徐志道和福建站站長林超，向他們通告自己準備辭職的消息，並決定由他們分別接任正副局長。
毛人鳳交給徐志道一份事先準備好的名單，說是保密局應李宗仁提出的局本部南遷廣州的要求赴廣州之人員名冊。 徐志道看了名單後便恍然大悟——原來名單上所列的92人，全是局內的一般文職人員，並無一個有經驗的特務。這份名單只是用來糊弄李宗仁的，保密局的實權仍在毛人鳳的控制之中。
在炮製了一份假名單後，毛人鳳又命令親信、局長辦公室主任潘其武將重要檔案和文件封存好，派專人送往臺灣。同時，將保密局本部大部分人員及機構分批由南京撤往上海，並在上海成立一個辦事處，繼續指揮各地保密局外勤組織的活動。此後上海辦事處實際上成為真正的保密局指揮中樞。
上海辦事處布置完成後，毛人鳳才正式向李宗仁辭職，並由徐志道接任局長。為防止李宗仁追查保密局檔案資料的下落，毛人鳳一手策劃了焚燒南京洪公祠1號局本部大樓的計劃，這座抗戰勝利後新建的保密局大樓便在一場烈火中化為灰燼，同時保密局所有的檔案就此「失蹤」。
雖然徐志道的保密局只是個空架子，不執行任何秘密任務，但由於它是名義上的正統，同國民黨國防部的日常交道和領取經費等工作都由其負責，故有財權和方便的活動餘地。開始徐志道還是聽命於毛人鳳，將領到的 經費匯到上海辦事處，供毛使用。 但後來徐氏保密局隨國防部南下廣州後，他便憑藉手中掌握的保密局印信，領取經費後不再交給毛人鳳，而是截留下來，用於成立自己的外勤組織，同毛氏保密局相抗衡。
毛氏保密局和徐氏保密局，一真一假，本來是蔣介石耍的一個手腕，孰料卻由此引發了一場真假保密局大戰。
徐志道也非安於聽令之人。當他得到局長的名銜後，認為既是名正言順，又有桂系依靠，不妨與毛人鳳鬥一鬥，或可真正取而代之。
徐志道計劃首先派人潛往廣西十萬大山一帶，收編那裡的地方土匪武裝，作為外勤人員分派到各地。同時，又以廣州為中心，向其他地方派出人員，組建情報小組，作為情報搜集來源。徐志道準備甩開毛人鳳，親自幹一番事業。
此時失去財源的毛人鳳，為了維持上海辦事處的運作，決定依靠自身力量籌措經費。他指示手下幹將鄧葆光、劉文雄組織套匯走私機關，從事黑市交易賺錢自用。同時又主動派人去徐志道處說合，試圖說服徐志道回頭。
1949年3月，毛人鳳的親信、重慶兵工署稽查處處長廖宗澤趕到廣州。廖宗澤同徐志道頗有私交，此行是奉毛人鳳之命前來做說客。徐志道對此產生了猶豫，覺得不可能一下子 達成目的，也想給自己留條後路。但他又不想向毛人鳳全面讓步，故最後勉強同意，將所領經費交給毛人鳳小半部分，自己截留大半。毛人鳳同徐志道的這場爭鬥， 最終以徐志道的妥協而告終。
不久，國民黨的國防部由廣州遷重慶，徐志道帶著「假」保密局亦隨同去了重慶，而那些初建和正在組建的外勤組織就只好丟棄不管了。到了1949年11月，當徐氏保密局逃到成都時，就只剩下徐志道和親信黃逸公等寥寥數人了。
在這種情況下，黃逸公也對徐志道產生了動搖，他不斷向毛人鳳示好，企圖隨保密局本部一同撤往臺灣。毛人鳳痛恨黃逸公背叛自己，命令其繼續留在大陸工作，而這無異於送死。後來，黃逸公被迫逃往西昌，後來被我軍抓獲。
徐志道在成都解放前夕逃往臺灣，後轉任「國防部參議」，不久被令退出現役。而此時，毛氏保密局早已在臺灣「復業」了。 內政部調查局（中統）的崩潰和毛人鳳保密局在臺灣「復業」，標誌著國民黨特務組織全面退出大陸。在中國現代史和國民黨歷史上的中統與軍統兩大特務組織，就此結束了他們在中國大陸的歷史。