願我來世得菩提時，自身光明照無邊界，三十二相八十隨好莊嚴其身，令諸有情如我無異。
解讀：在其來生得無上正等正覺時，使身體充滿光明，莊嚴美好，而且使眾生也如同自己一樣。
第二大願：身光利他願。
願我來世得菩提時，身如琉璃內外清徹，光明廣大遍滿諸方，焰網莊嚴過於日月，鐵圍中間幽冥之處互得相見，或於此界闇夜遊行，斯等眾生見我光明悉蒙開曉隨作眾事。解讀：在其來生覺悟時，身體明淨，功德無量，使眾生得到開示，能夠隨心所欲。
第三大願：資生無盡願。
願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便令諸有情所受用物皆得無盡。
解讀：在其來生覺悟時，具有佛教無量的智慧和方便，使眾生得到無窮無盡的可使用的物品。
願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令遊履菩提正路，若行聲聞獨覺乘者，亦令安住大乘法中。
解讀：在其來生覺悟時，使眾生中有錯誤觀念的人都得到覺悟；使佛教中持小乘思想的人都趨入大乘。
願我來世得菩提時，若諸有情於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒善防三業無有毀犯墮惡趣者，設有毀犯聞我名已，專念受持至心發露還得清淨，乃至菩提。
解讀：在其來生覺悟時，如果眾多有情皈依佛教修梵行時，都能守戒。如果犯了戒，一旦聽到藥師如來之名，就能得到清淨，免於墮入惡道。
願我來世得菩提時，若諸有情諸根不具，醜陋頑痺聾盲瘖啞攣躄背僂白癩瘨狂，種種病苦之所纏逼，若聞我名至心稱念，皆得端嚴眾病除愈。
解讀：在其來生覺悟時，使那些身有殘疾，形態醜陋，有諸病苦的人，聞我名已，都能身體健康，形態端莊，消除種種疾苦。
願我來世得菩提時，若諸有情貧窮困苦無有歸趣，眾病所逼無藥無醫，暫聞我名眾病消散，眷屬增盛資財無乏，身心安樂，乃至菩提。
解讀：在其來生覺悟時，使那些貧病交迫，窮困潦倒，無家可歸者，能夠在聽了藥師如來的名號之後，可以病痛消除，有家有財，身心安樂，獲得無上的覺悟。
願我來世得菩提時，若有女人，為女眾苦之所逼切極生厭離願舍女身，若聞我名至心稱念，即於現身轉成男子具丈夫相，乃至菩提。
解讀：在其來生覺悟時，那些為女人百惡所逼迫煩惱而不想再作女人者，一聽到我的名號，轉變成男人，並獲得無上覺悟。
願我來世得菩提時，令諸有情出魔罥網，復有種種邪見之徒，皆當攝受令生正見，漸令修習諸菩薩行，乃至菩提。
解讀：在其來生覺悟時，使那些墮入魔鬼之網和外道邪見的眾生，都能獲得解脫，接受正見，修菩薩行，達到最高的覺悟。
願我來世得菩提時，若諸有情王法所拘，幽禁牢獄枷鎖鞭撻乃至極刑，復有眾多苦楚之事逼切憂惱無暫樂時，若聞我名以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦乃至菩提。
解讀：在其來世覺悟時，使那些在世俗社會中犯了王法而身陷牢獄，面臨刑罰的人，一聽到藥師如來的名號時，可以擺脫這些災難痛苦。
願我來世得菩提時，若諸有情飢火所惱，為求食故造諸惡業，若聞我名至心稱念，我當先以上妙飲食隨意飽滿後以法味令住勝樂，乃至菩提。
解讀：在其來生覺悟時，使那些為饑渴逼迫而造惡業者，聽聞藥師如來的名號，得以食飲飽餐，並賦予佛教妙法，使其獲得安樂。
願我來世得菩提時，若諸有情身無衣服，蚊虻寒熱之所逼惱，若聞我名至心稱念，隨其所好即得種種上妙衣服寶莊嚴具伎樂香華皆令滿足，離諸苦惱，乃至菩提。
解讀：在其來生覺悟時，使那些因貧困無衣而受苦者，聞聽藥師如來名號，獲得各種上好的衣服以及種種裝飾物和娛樂物品，滿足人的種種願望。
十二大願體現了藥師如來的慈悲和偉大。
藥師願力從有情現世利益出發，貧困的給予衣食，缺陷的令其完善，病患的加以救治，苦痛的施以安樂，邪道的引入正道，墮落的使其超升，從而令人類達到和樂生存的境地，難怪眾生有困難之時總要念消災延壽藥師如來。