黑龍江科技大學和佳木斯大學兩所學校都是黑龍江省內知名高校，兩所學校相對黑龍江省內「雙非」高校而言，實力都比較強，相對規模也要更一些，所以兩所學校在黑龍江省內知名度都比較高，畢竟實力絕對口碑。
佳木斯大學是佳木斯多所學校合併組建而成，而且這些學校分數不同類型，所以佳木斯大學屬於綜合性大學；而黑龍江科技大學前身是黑龍江礦業學院，主要是以煤炭礦業為主的高校。從規模上來看，很顯然佳木斯大學更具規模，畢竟佳木斯大學是綜合性大學，涉及醫學、工學、文學、理學等多個學科，設置專業也要比較多，相對規模更大一些。
黑龍江科技大學和佳木斯大學兩所高校都屬於沒落院校，黑龍江科技大學原來一直在雞西辦學，但是隨著煤礦是在不景氣，定位轉變，搬遷到哈爾濱辦學，轉型向礦業方向發展，擴大了自身優勢範圍，但是煤炭產業下滑造成學校整體實力下滑也是不爭的事實。而佳木斯大學，主要是因為佳木斯經濟下滑，人口流失嚴重，使得學校生源質量下降，從而造成學校整體實力退步。
兩所高校，屬於難兄難弟，整體實力差距並不大，但是黑龍江科技大學是一所專類高校，而且搬家到哈爾濱之後，是針對全身煤炭產業培養人才，所以相對更容易獲得優勢資源，自然實力也要稍微更強一點。總體來看，黑龍江科技大學的實力略勝過佳木斯大學一點。