從超空間大戰到絕地的第三次大分裂
經過近兩千年的韜光養晦，舊西斯帝國成為一個富裕的國家，獨霸一方，這段時間被稱為「西斯黃金年代」。但西斯帝國與銀河共和國的聯繫也中斷了。終於，到雅文戰役前5000年，誤打誤撞的年輕共和國探險家加夫·達拉貢和喬麗·達拉貢兄妹意外闖入西斯空間，這才重新打通共和國和西斯帝國的超空間航路。
西斯黑暗尊主馬卡·拉格諾斯逝世後，那伽·薩多在國內取得政治鬥爭的勝利，成為拉格諾斯的繼任者。復仇心切的那伽·薩多在獲得通往共和國的超空間航路坐標後，迅速揮師共和國，發動「超空間大戰」。
絕地與共和國立即回應。戰爭的結果是西斯慘敗，共和國艦隊反攻入西斯空間，科技落後於銀河系主流社會的舊西斯帝國滅亡。殘餘的西斯勢力一分為三：
1、那伽·薩多逃亡至雅文4號衛星，自我流放；
2、出生於行星納希馬的維希埃特利用強大的黑暗面吸乾納希馬的生命原力，獲得不朽之軀。然後他帶領西斯難民逃亡至行星德羅蒙德卡斯，在那裡重建西斯帝國。維希埃特是當之無愧的西斯皇帝。維希埃特指定十二名西斯尊主組成黑暗委員會作為帝國的最高權力機構。
3、以亞魯·科辛為艦長的西斯無畏艦「預兆號」在超空間大戰期間不慎與另一艘西斯飛船「先兆號」相撞，導致「預兆號」在行星凱什迫降。如同當年黑暗絕地以神的名義融合西斯人一樣，「預兆號」船員也以神的名義融合了凱什人。由於凱什缺乏必要的金屬元素，且行星磁場紊亂，因此「預兆號」船員無法製造或修復星際飛船，更無法與外界取得聯繫。他們從此成為「西斯的失落部落」，在凱什獨立發展。
這三股勢力將在日後相繼威脅銀河系的和平。
750年後，即雅文戰役前4250年，絕地第三次大分裂在科洛桑爆發。一部分絕地在西斯哲學的影響下墮入黑暗面，在科洛桑掀起一場內戰。他們被絕地武士團打敗後，撤退到武爾塔星系，結果意外觸發上古神器宇宙渦輪，導致整個武爾塔星系被炸成武爾塔星雲，史稱武爾塔大災難。這群黑暗絕地也灰飛煙滅。
西斯大戰
那伽·薩多在雅文4號衛星逝世後，他的陰魂把絕地弗裡登·納德引入黑暗面，變成西斯黑暗尊主。納德來到行星翁德倫，成為翁德倫王室的始祖。他死後被葬於翁德倫，但陰魂卻遺患百年。到雅文戰役前3997年左右，他的陰魂先後把泰塔女皇星的克拉思宗教團體和絕地學徒埃克薩·庫恩引入黑暗面。克拉思教徒又把絕地學徒烏利克·凱爾-德羅馬引入黑暗面。
凱爾-德羅馬和庫恩成為新一代西斯黑暗尊主。凱爾-德羅馬以一場角鬥贏得曼達洛人的忠誠，庫恩則進一步把其他無知的絕地學徒引入黑暗面。至此，庫恩以雅文4號衛星為基地，以泰塔女皇星為活動中心，建立了一個鬆散的、小規模的，但強大的西斯帝國。
這個所謂的西斯帝國沒有完整的政府組織和政權結構，因為它存在的時間很短，還沒來得及壯大就被鎮壓了。這場西斯與共和國的戰爭史稱「西斯大戰」。不過，在這個西斯帝國存在的有限時間裡，絕地遭受了深重的災難。許多絕地學徒追隨埃克薩·庫恩的腳步，殺死他們的師父，組成西斯兄弟會。最終，絕地與共和國的聯合艦隊駛入雅文4號衛星上空，逼迫庫恩毀滅一切，把自己的陰魂封禁在神廟裡。這場西斯大戰以埃克薩·庫恩的全面失敗而告終。
由於奧蘇斯在這場戰爭中損毀嚴重，戰後絕地武士團被迫把總部搬到科洛桑的絕地聖殿內。絕地與共和國的緊密關係由此開始。
從絕地內戰到西斯內戰
埃克薩·庫恩的敗退意味著以那伽·薩多為代表的那一支舊西斯帝國殘餘勢力徹底消亡。接著，以維希埃特為代表的勢力粉墨登場了。
當時，維希埃特的西斯帝國已在銀河系的未知空間發展為擁有數百個世界的大帝國。為了試探銀河共和國的實力，維希埃特讓自己的一位特使用黑暗面控制曼達洛人的領袖終極曼達洛，使終極曼達洛誤信曼達洛人將推翻共和國。於是，在西斯大戰中敗退的曼達洛人於雅文戰役前3964年捲土重來，發動了曼達洛人戰爭。
在這場戰爭中，共和國崛起了兩位絕地英雄，即瑞文和馬拉克。瑞文（Revan）是「復仇主義者」（Revanchist）的縮寫，他的原名已不可考；馬拉克原名阿列克。他們倆領導絕地聖戰者組織和共和國艦隊對抗曼達洛人的入侵。在他們的打擊下，曼達洛人節節敗退。雅文戰役前3960年，雙方在馬拉科五號行星上空展開決戰。瑞文把他的艦隊分成兩部分。一部分由他親自指揮，負責追擊曼達洛人的旗艦。另一部分由瑞文最得力的助手——絕地武士米特拉·蘇裡克——指揮，負責把曼達洛人的艦隊吸引到超級武器質量陰影發生器的作用範圍內。曼達洛人的艦隊落入圈套後，蘇裡克下令啟動質量陰影發生器，頓時馬拉科五號行星上空的飛船幾乎全滅。與此同時，瑞文本人也在決鬥中殺死終極曼達洛。但在臨終前，終極曼達洛幡然悔悟，意識到被西斯騙了，於是把西斯跟他合作的來龍去脈告訴了瑞文。瑞文和馬拉克這才知道，真正的西斯沒有滅亡。群龍無首、潰不成軍的曼達洛人分崩離析，戰敗投降。
接著，為了調查西斯的真相，瑞文和馬拉克進入未知空間，找到了維希埃特的西斯帝國。他們原想刺殺這位西斯皇帝，結果被騙進皇宮。維希埃特控制他們的思想，試圖讓他們作為先頭部隊反攻共和國，西斯帝國將捲土重來。但離開西斯帝國後，瑞文和馬拉克的強大意志扭曲了維希埃特灌輸給他們的指令。他們主動遺忘西斯皇帝和西斯帝國，僅僅自稱西斯尊主，成立了自己的西斯帝國，定都科裡班。
雅文戰役前3958年，瑞文的西斯帝國從未知空間進攻共和國，發動了絕地內戰。憑藉在曼達洛人戰爭中樹立的威信，瑞文和馬拉克吸引了大量共和國精英和絕地加入他們的行列。和埃克薩·庫恩的西斯帝國相比，瑞文的西斯帝國管理體制更完善。每個帝國轄區都有黑暗絕地擔任總督，每個中立地區都有西斯帝國的外交官。雅文戰役前3957年，絕地突擊隊奇襲瑞文的旗艦，馬拉克在關鍵時刻出賣瑞文，瑞文在內外夾攻下身負重傷，喪失記憶。絕地武士團給失憶的瑞文灌輸了光明的思想，讓他成為一名強大的絕地武士。最終，在雅文戰役前3956年，脫胎換骨的瑞文消滅了馬拉克，結束絕地內戰。
戰後，逐漸恢復記憶的瑞文沒有回歸黑暗面，而是繼續為絕地和共和國服務。他決定再次遠涉未知空間調查「真正的西斯」。在瑞文離開共和國後的四年裡，他建立的西斯帝國分崩離析，陷入西斯內戰。在這過程中，達斯·特拉婭、達斯·塞昂和達斯·奈亞利斯組成「西斯三人團」，團結大部分西斯和黑暗絕地，屠殺了成千上萬名絕地。只有少數絕地倖存。
最後，米特拉·蘇裡克重出江湖，粉碎了這群西斯，救絕地於危難之地。銀河系恢復和平後，蘇裡克追隨瑞文，也遠赴未知空間尋找「真正的西斯」。當然，瑞文與米特拉·蘇裡克並沒有撼動維希埃特和他的西斯帝國。
西斯皇帝維希埃特問鼎銀河
從西斯大戰到西斯三人團覆滅的五十年戰亂被統稱為「舊西斯戰爭」。戰後，銀河共和國與絕地武士團享受了300年和平。正是在這一時期，絕地武士團逐漸發展出禁止結婚的規定。
另一方面，維希埃特曾獲悉未知空間隱藏著一支神秘而古老的自動化艦隊——永恆艦隊。這支艦隊由行星約卡思的智慧機器人製造。在尋找永恆艦隊的過程中，維希埃特發現了行星扎庫爾。 於是，他的一部分靈魂附身當地一名叫「瓦爾科賴恩」的戰士。瓦爾科賴恩統一當地各個人類部落，建立了秘密的永恆帝國，自任皇帝。瓦爾科賴恩還組建了一個原力敏感者組織——扎庫爾武士。扎庫爾武士認為原力應該超越光明與黑暗之爭，只為法律服務。正是在扎庫爾武士的幫助下，維希埃特找到了永恆艦隊。就這樣，維希埃特一人同時統治著兩個帝國。
雅文戰役前3681年，西斯皇帝維希埃特終於走出未知空間，率領復興的西斯帝國向共和國宣戰，史稱「銀河大戰」。
銀河大戰持續了28年，共和國損失慘重，科洛桑的絕地聖殿被毀。絕地武士團一度把總部搬到泰桑。不過，西斯帝國也無力徹底戰勝共和國，因此，兩國停戰，籤署《科洛桑條約》。
在接下來的十二年裡，共和國與西斯帝國處於冷戰狀態。冷戰期間，兩國邊境衝突不斷，代理人戰爭頻發，最終在雅文戰役前3642年導致一場新的「熱戰」爆發。這場戰爭史稱「銀河戰爭」。
在戰爭的第二年，維希埃特一度重傷失蹤，西斯帝國陷入混亂，黑暗委員會勉強統治著帝國。隨後，西斯尊主達斯·馬爾格斯脫離西斯帝國，與自己的追隨者建立了一個不屬於共和國也不屬於帝國的獨立政權。馬爾格斯自立為帝，稱自己的國家為「新帝國」。
新帝國是一個短命的政權，在共和國與西斯帝國的夾擊下，維持了不到一年即分崩離析。
雅文戰役前3637年左右，就在共和國、西斯帝國、恐懼衛隊、瑞文會等各派勢力打得難解難分時，維希埃特以瓦爾科賴恩的名義率領他的另一個帝國——永恆帝國——從未知空間殺出，同時與共和國和西斯帝國開戰 。
雖然瓦爾科賴恩在戰爭中遇刺，但永恆帝國徵服銀河的腳步沒有停下。永恆帝國只用了一年就把銀河共和國與西斯帝國當作自己的附庸，成為銀河系的新霸主。
雅文戰役前3632年左右，永恆帝國內部發生叛亂。兩年後，瓦爾科賴恩的女兒韋琳女皇被推翻，永恆帝國分崩離析，被改組為永恆同盟。很快，共和國與西斯帝國恢復獨立。這對宿敵又開始醞釀新的戰爭了。他們的首要目標就是那個神秘的機器人行星約卡思。