哈哈，這個問題有意思了，為啥《火影忍者》中團藏之拿走了止水的一隻寫輪眼？個人認為有兩方面的原因①止水實力不弱，團藏沒有機會一次拿走兩隻眼睛，②為後續劇情發展做出鋪墊，否則宇智波鼬被穢土轉生以後就無法擺脫兜的控制了，下面具體說明一下。
團藏在保留實力的情況下綜合能力並不比止水強多少，能夠偷襲成功已經算是不錯了。
團藏當時偷襲止水成功應該算是比較僥倖的，因為當時的止水是準備把別天神用在阻止宇智波富嶽的行動當中的，因此對團藏只使用了普通幻術。導致團藏能夠利用伊邪那岐消除幻術控制，這樣在止水出現空擋的情況下才能夠偷襲成功。
實際上止水的實力還是不錯的，因此團藏不可能面對已經反應過來的止水還有繼續出手的機會。另一方面來說團藏當時應該是才接受移植柱間細胞和寫輪眼的改造手術不久，因此在實力受限制的情況下也不可能再把止水另一隻眼睛拿走。時機轉瞬即逝，後續止水基本上沒有再給團藏能夠近身的機會了。
團藏使用了伊邪那岐才擺脫了止水普通幻術的控制，因此後續在壓制自身實力的情況下能夠拿到止水的一隻寫輪眼效率已經非常高了。
止水失去寫輪眼以後就沒有再給團藏繼續近身的機會了，而是一直利用自己在一旦速度方面的優勢在和團藏的手下周旋。
止水剩下的寫輪眼是留給宇智波鼬的，如果團藏拿了後面的劇情中宇智波鼬就沒有辦法擺脫穢土轉生的控制了。
團藏只能夠拿到止水的一隻眼睛除了實力受限制以外還和劇情安排有關係。因為止水把這隻剩下的寫輪眼留給宇智波鼬守護木葉，因此原本鼬的設計是這隻寫輪眼會對自己的萬花筒寫輪眼起反應，結果在第四次忍界大戰鼬和長門被兜穢土轉生以後，憑藉鼬保留在鳴人體內的烏鴉發動別天神才能夠讓宇智波有拜託穢土轉生的控制。
後續才能夠利用十拳劍解除了長門的穢土轉生以及面對兜的時候讓仙人兜接觸了穢土轉生，為忍者聯軍減少了不少損失，這樣一來面對最終決戰忍者聯軍才得以繼續保有足夠的戰鬥力。所以如果沒有止水留給宇智波鼬的寫輪眼（同樣被團藏拿走的話）在劇情設定上是不可能滿足岸本快速完結劇情的需要的。
如果團藏拿到了止水的另一隻眼睛後續忍者聯軍想要解除兜的穢土轉生花費的時間就比較多了，因此團藏無法奪取兩隻別天神的眼睛可以算是劇情安排。
最後總結一下，個人認為團藏沒有奪取止水兩隻寫輪眼的原因是一方面止水能力不弱團藏實力受限制，再發現團藏的企圖以後以及損失一隻寫輪眼以後已經沒有讓團藏有繼續偷襲的機會。另一方面就是劇情需要了，團藏如果拿到了兩隻止水的眼睛，後續火影劇情走向就會發生大幅度的變化，火影末期劇情能否快速解除穢土轉生也是未知數了。分析不到位地方請見諒，各位有其他想法歡迎留言討論。