杜特爾特果然夠男人，鐵血強硬，在終止《美菲部隊訪問協議》，得罪美國之後，又立下了一個大功，迫使3萬名武裝分子終於投降了，這對於他本人和菲律賓來說是一件值得高興的大事。
據3月15日俄羅斯衛星通訊網消息稱，菲律賓摩洛解放陣線領導人，邦薩摩洛自治區政府官員易卜拉欣對外表示，已宣布讓該組織30000名叛軍分子放武器，向杜特爾特政府繳械投降，以便讓菲律賓儘快步入和平重建進程中來。易卜拉欣是杜特爾特親自任命的邦薩摩洛自治區首席部長，也是摩伊解組織的重要領導人，他下令讓3萬名「摩伊解」組織放下武器，既能讓菲律賓棉蘭老島地區快速進入了和平狀態，也給老杜贏得了巨大的政治威望。
一直以來，棉蘭老島是菲律賓政府最頭疼的問題，該地區存在著大量的穆斯林和天主教徒。但因為菲律賓親美的政治勢力支持天主教，導致宗教矛盾十分突出，到了70年代，棉蘭老島就陸續出現了多個反政府武裝，其中以摩伊解和摩洛民族解放陣線勢力最大，這兩大勢力跟菲律賓政府持續衝突了數十年，造成了10多萬人喪命。
面對日益加劇的武裝衝突，在多次圍剿不利的情況下，菲律賓政府分別跟摩解和摩伊解組織在1996年和2014年達成了和平協議，三方約定在棉蘭老島建立一個很大的穆斯林自治區，這個自治區擁有的行政，司法，立法，財政等比一般地方政府更大的權利，但不能擁有自己的軍隊。
然而和平協議迅速遭到了菲律賓親美勢力的阻攔，他們認為這個新自治區相當於一個國中之國，超過了一般國民待遇。此外，和平協議有利於摩解和摩伊解，將其他天主教，土著人等勢力排除在外了，所以在菲律賓國內引發了巨大的抗議和不滿，最終導致和平協議無法真正落實到位。
老杜上臺後，一改往屆政府的強硬姿態，轉而尋求跟摩伊解組織進行和解。他曾表示，如果叛軍能夠配合打擊恐怖分子，就給與跟政府軍一樣的待遇。為了體現誠意，他還參加摩伊解領袖大會，承諾會給穆斯林少數族裔自治權。
在老杜的不懈努力下，2019年1月21日，菲律賓棉蘭老島邦薩摩洛地區舉行了公投，批准了邦薩摩洛組織法。該法案賦予穆斯林為主的邦薩摩洛自治區擁有更多的自治權，正式結束了雙方長達50年的衝突。
值得注意點的是，這部法案還曾得到了聯合國和歐盟的點讚，他們認為這位菲律賓早日實現和平穩定提供了一個機會。要知道，老杜跟聯合國以及歐盟有很大的成見。聯合國人權組織多次指責老杜的反恐行動過於血腥粗暴，違反了人權，歐盟還動不動以西方的自由民主價值觀批評老杜，所以他們能夠認可老杜的和平努力還算是很罕見的。
可以說，邦薩摩洛自治區為摩伊解等組織提供了一個維護自身權益的平臺，滿足了他們的利益訴求，所以摩伊解自動解除武裝也是給菲律賓和平進程一個交代，這也成了老杜政治生涯中最濃墨重彩的一筆。