小作坊有些行業是不能做的，只能做食品生產許可證，不同省市有不同的規定。生產許可證辦理難度大一些，要有廠房生產及檢測設備，化驗員等，小作坊對出廠檢測設備沒有要求，但是證書入駐商超電商平臺等有不認可的情況。
一、小作坊食品加工許可證辦理主要有以下幾方面困難：
1、生產場地：取食品生產許可證對生產場地的選址，工藝流程，要求人流物流要分開防止交叉汙染，配備消毒設備，通風系統，採光等都有嚴格要求。
2、生產人員：食品生產許可證審核，要求必須要有實驗室，滿足產品出廠檢驗要求。化驗員執證上崗，所以需要企業自己去培訓化驗員.
3、設備設施：取證有明確的生產設備和檢測設備要求.而小作坊對這些設備的投入費用一般都很難承擔.
二、辦理食品生產許可證需要準備的材料：
1、有效期內名稱預先核准通知書（或營業執照）複印件；
2、組織機構代碼證複印件；
3、法定代表人、負責人或投資人的資格證明或身份證複印；
4、經備案的企業標準（無國家標準企業採用的企業標準）；
5、生產加工場所有關情況、平面圖（標尺寸、面積等主要參數）及其有權使用證明材料（房產證、土地使用證或租賃合同）；
6、周圍環境平面圖；
7、各功能間布局圖複印件（標尺寸、面積等主要參數）；
8、設備布局圖；
9、工藝流程圖（附關鍵參數說明）；
10、當地環保部門核發的符合要求的證明文件複印件(環境影響批覆及驗收報告或環保主管部門出具的證明文件)；
11、產品出廠檢驗報告、原始記錄、產品比對實驗報告、委託檢驗協議及報告；
12、產品使用說明書或產品標籤；
13、各項質量安全產管理制度文本及清單；
14、生產設備、檢驗設備清單及有權使用證明(購買憑據、合同或企業自我承諾書)；
15、現行有效的國家、地方、行業標準清單及文本；
16、生產過程中所需的各種規程、作業指導書等工藝文件；
17、原輔材料、包裝材料、食品添加劑等產品供應商的生產許可證、營業執照、合格檢驗證明或報告；
18、申請書格式文本；
19、各項企業質量安全記錄（與質量安全管理制度相對應）；
20、其它相關證明文件（如：員工健康證、檢驗員證等）。