龜缸潛水泵是過濾系統的重要組成部分，是決定水龜缸水質的關鍵因素之一。很多水龜病產生的根源就是缸的水泵功率太小而養殖的密度又較大，造成過濾系統無法及時分解缸中的有害物質，如氨氮、亞硝酸鹽等，惡劣的水質是細菌和寄生蟲滋生的溫床，其後果是水龜不斷生病。因此選擇合適的水泵非常重要。
選擇合適水泵的功率。選擇水泵時需要考慮的因素有：缸的大小、過濾的形式、濾材的豐富程度、養殖密度、水龜的個頭大小、水龜的種類等。通常來說，缸容量越大、濾材越少和簡單、養殖密度越大、水龜的個頭越大、 所養種類的水龜新陳代謝越快，則水泵的功率需要偏大些才適合。
根據缸的大小配置水泵。以常見的頂部水槽過濾的成品缸養殖中、大型水龜時， 每100升水的缸容量配置15瓦左右的直流循環水泵比較合適。 養殖密度。目前成品缸的配套水泵大多是功率效小的交流水泵且濾材簡單，而且一般水泵都達不到它所標示的的額定功率和流量。
新手養水龜時大多偏愛較大的養殖密度和餵食頻次，結果發現水龜沒養多久就開始生病死亡。很大原因是不明白養殖密度、種類、餵食頻次需要與缸的大小、過濾系統的強弱相匹配。改善過濾系統的一個重要方法就是給你的水龜缸重新匹配合適的水泵。
就拿一個70X40X40的缸，養4隻烏龜， 在缸底鋪小石子，過濾系統建造從入水開始，第一格普通棉，中間可全用陶瓷環多多益善，再加二格生化棉，最後一格可以用活性碳，也可以不用隨便你，主要是去味吸色。有了這些才是第一步，泵的24小時常開，暴氣增氧。然後加入關鍵東西—硝化細菌，什麼牌子的我個人覺得沒什麼區別，7塊錢一瓶的我一樣的用。一般一米的缸加兩蓋就行。
現在缸裡最好別放龜，還沒到時候。硝化細菌加完了，接下就丟金魚，最好是草金或者鯽，它們對水質要求不高不容易掛。現在就要耐心的等了，魚可以餵食，中途不換水，泵不能停，棉不能洗。一般情況下春秋時節，一星期就可以得到一缸清撤油亮的水，從上能見底，水面無泡沫。天冷時間要用得多點，15天—1個月左右，夏天比較快，但如果養的魚太多，排洩量太大，水質是很難好的，這就是為什麼夏天死魚多的原因。
低水量處理方法水量越少水的汙染和自淨能力就越長，所以建議你越少的水越要勤度換。如果過濾棉有問題 ，就把裡面的濾材重新調整一下位子，試試一層一層地放。情況應該會有所改善。還有就是即內使是低水位的過濾，你也要保證水沒過整個水泵，不然少量的空氣抽進去也會出現水質變差。
養水龜和養魚一樣，要水質，水質不好病也多，你可以天天換水，只要你不嫌累，另外這大熱天可能你剛換完馬上就又成了臭水，而且每天換，你的龜也要每天適應水質變化。
龜缸水泵過大有可能造成過濾溢水，還會造成魚缸一直處於衝浪狀態，過於費電。水泵流量標註的數字意思是zhidaoL/h，也就是每小時水的流量是多少升，比如你的龜缸的容量是100升水，那麼選擇10倍流量的水泵就應該是1000升每小時。
龜缸的水容積計算方法是用龜缸的長乘寬乘高，單位是用釐米來計算的，得出的數值再除以一千，最終結果就是龜缸裝水的升數了，這個算法比較簡單，再根據龜缸的升數去選擇相應的過濾器。象底濾龜缸也要把底濾龜缸裡的水算在內的。