電影圍繞蟹黃堡的神秘配方，痞老闆和蟹老闆展開了新一輪的戰爭。雖然海綿寶寶成功挫敗痞老闆的猛烈攻勢，但是卻依然中了對方的詭計。關鍵時刻，配方憑空消失，直接後果便是導致沒人能再做出蟹黃堡。對於日常極度依賴蟹黃堡的比奇堡的居民來說，這一消息無異于晴天霹靂。
小鎮的寧靜蕩然無存，海底世界陷入末世般的混亂與動蕩之中。由於搭救了痞老闆，海綿寶寶被大家當作叛徒對待。危機時刻，海綿寶寶、派大星、痞老闆、蟹老闆、松鼠珊蒂、章魚哥得以穿越時空，並順著蟹黃堡的香味來到了人頭攢動的沙灘上。
在那裡他們遇見了利用詭計偷走秘方的鬍子海盜(安東尼奧·班德拉斯 Antonio Banderas 飾)，於是一場蟹黃堡的攻防戰由此展開…
《海綿寶寶》仍然有原版《海綿寶寶》的類似橋段，傳承了卡通劇集中那些「漏洞百出」式的黑色幽默，詼諧與嘲諷並重，重塑了「海綿寶寶」這個卡通形象。該片栩栩如生的畫面為該片增色不少，與昔日的2D版本《海綿寶寶》比較起來，有青雲直上般的進步，讓觀眾不再產生「視覺疲勞」。
《海綿寶寶》是一部適合家長陪伴孩子觀看的電影，不僅突破系列作品，將比奇堡的幽默發揚光大，而且除了有傳統的喜劇情節，更是通過惡搞、大量雙關語、對經典電影的致敬，創造出了不一樣的效果 。
《海綿寶寶》是一部動畫+真人的電影，畫面比原版《海綿寶寶》精緻許多，其情節天馬行空、富有童趣、看點十足。但是從另一方面看來，該片在隨心所欲的同時又顯得很混亂，既沒有中心主題，又傳達不了深刻的道理，與2004年的《海綿寶寶曆險記》在劇情上沒有聯繫 。
《海綿寶寶》貌似幼稚的劇情中蘊含著不少生活哲學，設計得非常巧妙，其細節值得觀眾細細品味。該片的主題涉及到團結互助，這一點在海綿寶寶和痞老闆、蟹老闆、章魚哥等人物插科打諢中才逐漸體現出來，有一種潤物細無聲的效果。
兒童對這個故事完全理解，且成年觀眾也不會排斥，並且通過團隊的主要角色來敘事，表現出了一種有擔當且相互陪伴，成長的真情內核，並讓我們「重新獲得源自過去的生命動力」，真正達到一種情感的共鳴，這樣單純的正能量宣洩同樣也是全年齡級受眾屢試不爽的元素。
並且海綿寶寶和小夥伴們最後順便也搭上了時下火熱的超級英雄潮流，一個個變身正義使者，肌肉爆炸的海綿寶寶，還有隻穿內褲化身筋肉人的派大星又萌又雷，不但狠狠的調侃了超級英雄，且令人腦洞大開的戰鬥過程也是非常有趣。
電影版的《海綿寶寶》由動畫與真人一主一輔的兩條線索展開，在前半段人物風格上沿襲了原本二維動畫圍繞蟹黃堡神秘配方你爭我奪的故事，而貫穿全劇由昔日的「佐羅」安東尼奧·班德拉斯化身為鬍子海盜與一群插科打諢的海鳥，撐起了電影在真人的另一條輔線，當主輔兩線在最後與之交織，此時的呈現由二維轉化為三維，變身復仇者聯盟的海綿寶寶軍團與鬍子海盜的終極一戰，英雄化的海綿寶寶人物形象便以令人忍俊不禁，好萊塢電影工業的特效更在最後呈現了一場中肯的英雄之戰，
在《海綿寶寶》大電影中，海綿寶寶將帶領小夥伴們變身「超級英雄」，擁有神奇的超能力，劇情精彩又歡樂，無論是成年人還是小朋友都被影片傳達的快樂深深感染，並給出了超高評價。管虎透露，自己的孩子非常喜歡《海綿寶寶》，他也毫不掩飾自己對於這部動畫電影的喜愛，「成年人更該看，不僅開拓想像力，生活中的煩在這裡都疏解出去了，我覺得成年人看可能比孩子看用處更大呢。」喜劇電影導演徐崢也對《海綿寶寶》的娛樂性給出了肯定，「很搞笑，美國式的無釐頭「。
《海綿寶寶》在製作時結合了3D動畫和實景拍攝，片中可以看到海綿寶寶和真人之間的互動，很多觀眾都稱這一點很有意思，並稱電影加入特效後比動畫片更有吸引力，不少小朋友也直言電影比動畫片更好看。主持人瑤淼對於畫面色調也給出了好評，稱電影中的鮮豔的色彩讓人看得十分過癮。
《海綿寶寶》在製作時結合了3D動畫和實景拍攝，片中可以看到海綿寶寶和真人之間的互動，很多觀眾都稱這一點很有意思，並稱電影加入特效後比動畫片更有吸引力，不少小朋友也直言電影比動畫片更好看。主持人瑤淼對於畫面色調也給出了好評，稱電影中的鮮豔的色彩讓人看得十分過癮。
電影的故事很簡單，但匯聚的元素不簡單，由安東尼奧飾演的海盜作為大反派為比奇堡帶來危機，海綿寶寶帶著夥伴們衝出海底，與海盜一決死戰，拿回秘方的故事。電影的故事內核有些類似《聖經》，很簡單的將耶穌拯救世界擊敗撒旦的故事變成了海綿寶寶的歡樂故事，角色和氛圍這麼一換，原本嚴肅的模板就被替換成為令人開懷大笑的故事。這就是成熟電影工業的優勢，一個在西方家喻戶曉的故事變幻了模板，成了海綿寶寶拯救比奇堡的故事。
這就是美式動畫無論面向哪個階層，其都帶有全年齡受眾的最基本屬性。尤其像是《海綿寶寶》這樣來自於經典劇集的動畫，感覺有點類似《哆啦A夢》那種感覺，諸如這樣的作品故事內容千篇一律，但內容輕鬆活，這樣無需帶大腦的電影老少鹹宜，輕鬆幽默的劇情依然會帶給觀眾美好的90分鐘。