解螺旋公眾號·陪伴你科研的第2415天
lncRNA資料庫中的多面手
由於今天這款lncRNA資料庫實在是重磅，我就直接告訴大家吧，不管你是做基礎研究還是做疾病研究，不管你是研究腫瘤還是非腫瘤，不管你是研究胚胎發育還是病毒感染，不管你是研究外泌體還是周期節律，這款資料庫你都用得上！
10月12日，中國國家生物信息中心的馬利娜教授和章張教授課題組聯合在國際著名雜誌《Nucleic Acids Research》（IF = 11.501）上發表了了這款超重磅資料庫，LncExpDB。
它包含了來自9種生物學環境中，337種生物學條件下1977個樣品的10萬多個高質量人lncRNA基因的表達譜，還鑑定了25191個特徵基因，並進一步獲得了2844萬+條lncRNA-mRNA相互作用。資料庫涵蓋多種生物學環境中lncRNA基因的表達譜，預測其潛在的功能性lncRNA及其相互作用的partners，從而為實驗研究和設計提供指導。
該資料庫的網址為：https://bigd.big.ac.cn/lncexpdb/
下面本工來給大家介紹下這款超重磅資料庫。進入主頁後，主頁長這樣，大家可以直接在紅色的長方框裡搜索lncRNA，可適用多種不同的lncRNA格式。在Resource裡面也可以看到這款資料庫所包含的數據囊括了很多研究的方向，任意點擊進去就可以查看這個方向內的數據信息。
我們先以搜索lncRNA為例來看看這個資料庫的能耐。在搜索框輸入lncRNA名字後會跳出如下界面，界面的左邊是展示了這個lncRNA在不同的生物學環境下（正常組織、正常/腫瘤細胞系、亞細胞定位、外泌體、病毒感染等）的數據信息，對哪部分感興趣就點擊直達。右邊就是具體的信息了，在Summary裡展示了lncRNA的染色體定位，還有功能分類（Classification，主要有Intergenic、Intronic、Sense、Antisense），下面還有更多外部連結可以查看更多信息。
然後在分別展示了在不同組織中的表達量
不同正常細胞系中的表達量
不同腫瘤細胞系中的表達量
後面還有在不同亞細胞定位、不同腫瘤的外泌體中的表達量、不同病毒（COVID、HIV、HBV、HCV）感染組織中的表達量、胚胎不同發育時期的表達量、不同年齡不同器官中的表達量、不同細胞細胞分化時間的表達量、還有隨節律周期變化而波動表達的圖表展示，本工就不一一展示了，大家可以自行查看。
在「Featured Genes」模塊，大家可以根據自己的研究方向，篩選自己研究領域內的特徵lncRNA，在網頁下面的表格裡展示了lncRNA的功能分類，並在哪些生物環境下屬於特徵性的lncRNA。
我們再在「Context」模塊以「Cancer Cell Line」為例學習這個資料庫。在頁面上方，紅色方框裡的字體會告訴你這部分數據展示和分析的邏輯。在這部分是識別和表徵癌細胞系的細胞特異性基因和一致表達的基因，並基於共表達網絡進一步預測lncRNA-mRNA相互作用。而「Cell Differentiation」裡則是從iPSC分化為心肌細胞的過程中識別並表徵不同模式的基因，並基於共表達網絡進一步預測lncRNA-mRNA相互作用。
這部分可以根據特徵基因來篩選lncRNA，這個特徵基因可以通過3種模式定義：1. 根據組織特異表達性（組織特異指數>=0.9）或者表達具有一致性（組織特異指數
在網頁下面會展示過濾的結果，Gene ID展示的是lncRNA的資料庫ID，Gene Symbol展示的是標準的基因名，還有其他的表達特徵參數，點擊Chart可以繪製在不同腫瘤細胞系中表達量的提琴+box圖。
而在上面用橙色標記的Interactions小模塊裡，則展示了lncRNA和蛋白編碼基因（PCG）之間的共表達網絡進行篩選共表達網絡。一方面大家可以根據順式Cis或者反式Trans作用進行篩選，也可以根據皮爾森相關係數(R)、P-Value、還有lncRNA與mRNA在染色體之間的距離（位於同一染色體時distance為數字，位於不同染色體時Distance為Trans）進行篩選。
在Expression Capacity模塊裡，網頁展示了不同lncRNA在不同生物環境中的表達能力，並分為高（HC）、中（MC）、低（LC）、不表達（NE）四種不同的類型，以此可以大概判斷該lncRNA發揮生物學功能的環境和條件。
在Interaction模塊，可以直接搜索lncRNA和蛋白表達基因之間的interaction（數據的篩選標準為adjusted p-value=0.5），
在Download模塊，大家可以自己下載數據結果自行篩選過濾來輔助自己的研究。
和解螺旋之前介紹過的starbase資料庫主要通過整合數據和軟體預測來分析RNA之間的相互作用不同，LncExpDB主要通過整合不同環境和條件下的數據，來看lncRNA主要在哪些生物過程中起作用，可以幫助大家更加準確地篩選和預測其功能。資料庫就介紹到這裡，祝大家都有收穫！
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撰文丨農民工
排版丨葉子
主編丨尤蘭達