在《黑客帝國》的電影中，其實有一些很明確的對白。zion他最初其實沒有存在，而所有人類進入到了一個非常虛擬的世界之中。
然而先前的一些版片之中母體其實是一點都不完美的，那是AI它其實沒有完美的使人類情感的試題解決掉。AI它試圖去摸索研究人類們的情感，然後就放出一些人然後想經過一種所謂的「救世主」模式去探索和研究人們的情感，而「救世主」也會將憑藉救世去回到母體。
最後母體它直接升級，最初幾次時「錫安」一直這樣被不停地去摧殘，然而當Neo他成為「救世主」的那一刻，因Smith的程序先幹掉了Neo，然後將Neo所幹掉，這一切使母體的邏輯出現了漏洞，而Smith也就成為AI也不可能消除掉的另一個存在了。
然而當Neo與之談判通過之後，用幫助AI來清除Smith來成了一個條件，讓AI不能夠再一次的來毀滅錫安，一直到因Smith的同化而弄到了Smith代碼，然後AI將對Smith做到了刪除，一直升到為了母體，而也遵守和Neo的一個約定。
接下來，有些人就要問了，假設Zion他是真實的呢？那麼人類可以自由地去選擇。那人們如果都紛紛的離開了虛擬系統，那是不是系統成了作繭自縛？
一直認為這是編劇在整部電影中，給觀眾出了一個讓人發散思考的命題：假如是可以進行自由的選擇，那麼人類會不會真的想離開母體呢？
還有一個非常重要的細節不能夠被大家忽略，也是因為這一個細節使Neo他最初時認定的目的和使命有了很大的迷惑與懷疑。
在影片的第二部裡面，zion和Neo一起聊天散步，給Neo展現了zion的人們是如何使用一些機械來獲取能源、食物和飲水，使之造出zion，而zion也與機械的系統一起所共生。
那麼Matrix的系統與人類有什麼不一樣的區別？比較之後會不會覺得虛擬系統裡更加的舒適和幸福？人的自由是可以選擇的，可是接不接受就要看人了。而墨菲斯這些傢伙就是天生的懷疑論者，他們的天性那也就是所謂的自由。
而個人是這樣認為的，那些一直想要自由者的人們不管如何也會去Zion那裡，而大多數人應當還是想留在虛擬的世界之中。
而塞弗正他也代表了很多人擁有的人性，可Neo和崔妮蒂他們是完全超然於人性之上的存在，那肯定就沒有普遍性了。
這與那部《肖申克的救贖》裡所給出的人的體制化的問題一樣。大家是真的想接受真正的自由麼？大家會放棄地位金錢和家庭，去荒野和深山過著隱居的生活嗎？相信人們還是不太想去的。Matrix中的人們，如果生活得好將不會再去懷疑了。
接下來是Zion中的人們開始懷疑了，知道了這也只是投影，可是都信仰Zion。如同人類他們去否定世俗的社會一樣，墨菲斯其實就是這類人。
然而Neo他是擁有這一個能力的，墨菲斯也開始懷疑oracle了。可是Neo早就察覺oracle只是一組程序罷了。matirx中人們於AI模塊是沒有什麼價值的。Zion他們不會再去完全的信任matirx，可是新出現的matirx也被洗了腦，AI的價值變得越來越小了。
然而Neo才會懷疑的程度比較深，就像一個棋手，他同時也在為AI輸送了很多素材。其實，影片裡法國人和他妻子，他們二位是真正覺醒的人，是最有可能去引領人類反叛Matrix的人們。
一直到結尾，而在Smith那裡，最初Neo存在於他的身體之中。而二集裡他被「覆蓋」。這等同於數字版的Neo了。
然而它是不存在目的。它不是agent更不是Neo,但卻也並不想去刪除掉它。那麼好的結局就是幹掉Neo。那麼唯一性的NeoZion就可能是真實的存在了，假若還是虛擬的，那麼輸入一個命令就能夠刪除，也不用再去調用機械烏賊來處理了。
在守護被允許的情形下Zion誕生，守護無奈然而也不會那麼的去在乎，Zion他們也不是非常的強大，當那裡的人存在的多了，再去毀掉，影片中也交待了Zion那的人會變得更多。