黑麥威士忌/諸星大/赤井秀一
秀一是FBI搜查官，還是宮野明美的男朋友。他曾化名諸星大接近明美並依靠志保的人際關係打入組織內部，臥底三年，期間得到Boss賞識並獲得代號「Rye」。後身份暴露脫離了組織並致使宮野明美被琴酒殺害。被boss稱為可以射穿組織心臟的「銀色子彈」。為了幫助CIA臥底水無怜奈重回組織騙取琴酒的信任，假裝中彈身亡。之後以衝矢昴的身份出現，暫住工藤家，暗中保護灰原哀 了，知道柯南的真實身份。
波本/安室透/降谷零
日本公安警察派入組織的臥底，本名降谷零，化名為安室透，組織代號為波本。人稱「神秘主義者」。曾在小時候與宮野艾蓮娜有過接觸。表面職業為私家偵探、咖啡廳服務生，在毛利偵探事務所樓下的波洛咖啡廳打工。為了調查毛利小五郎與雪莉是否有關聯而接近毛利並拜毛利小五郎為師。後對柯南的身份產生了興趣。與赤井秀一相互反感，曾偽裝成傷疤赤井來試探FBI，後推斷出赤井未死及赤井假扮為衝矢昴活動。並由赤井秀一揭曉了他的真名和日本公安警察的身份。
基爾/水無怜奈/本堂瑛海
本名為本堂瑛海是伊森本堂的女兒，本堂瑛佑的姐姐。真實身份是CIA派入黑衣組織進行臥底調查的諜報員，組織代號「基爾。表面身份為日賣電視臺主持人，重回組織後已辭職。在一次暗殺政要的行動中遭遇車禍並被當做真正的組織成員被FBI抓獲。一直昏迷在醫院，甦醒後FBI知曉其真實身份。之後在FBI的協助下重新進入黑衣組織繼續臥底，並答應向FBI提供組織情報，條件是FBI對弟弟本堂瑛祐進行保護。
伊森本堂
CIA派入組織的臥底，本堂瑛海的父親，二代日裔美國人。30年前加入CIA成為諜報員。不太愛說話，使用多個假名。曾潛入組織臥底調查。4年前為了保護女兒水無怜奈的臥底身份不暴露親手打傷女兒假裝被女兒咬破了手腕，並造成「審問水無卻反被她所殺」的假象，開槍自殺裝作被女兒殺死的假象，使水無怜奈躲過組織懷疑並得到Boss的垂青。
蘇格蘭威士忌/諸伏景光
日本公安警察派入組織的臥底，本名諸伏景光，長野縣警諸伏高明之弟，安室透的髮小和同事。臥底身份暴露後就奪走赤井手裡的手槍要自殺，而赤井則向他公開了自己FBI搜查官的臥底身份，表示要放走他。此時，突然傳來安室透的腳步聲，諸伏景光以為是組織成員來了，便向自己開槍，同時破壞了存有自己親友聯繫方式的手機。沒想到來的卻是安室透，正好目睹蘇格蘭的死狀，赤井表示對叛徒應予以制裁，謊稱是自己殺了他。而因為這件事安室透對赤井也一直有所不滿。