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新中國與印尼建交以來，兩國關係走過了不平凡的曲折複雜歷程。1950年至1965年蘇加諾總統執政時期，兩國的友好合作關係在有團結有鬥爭的過程中不斷發展。儘管印尼排華問題始終未獲根本解決，但印尼一度成為與我國關係最密切的民族主義國家之一。1965年10月，印尼軍人集團發動政變並掀起反華排華浪潮，致使中印尼關係急劇惡化。不久，我國爆發了「文化大革命」，外交工作受到極「左」思潮的幹擾和破壞，雙方在處理兩國關係問題上都採取了不同程度的過激行動。1967年10月，終於導致兩國外交關係中斷。此後，兩國關係長期處於僵持狀態，直至20世紀80年代才開始出現鬆動，直接貿易逐步恢復。1989年2月，開始了關係正常化的進程。1990年8月，兩國正式恢復外交關係，重新揭開兩國友好關係的新篇章。
友好合作 不斷發展
印尼原屬荷蘭殖民地，國民黨政府在印尼的總領事館和6個領事館是通過同其宗主國荷蘭的外交關係設立的。1945年印尼獨立後未予承認。因此，中國與印尼建交時不存在印尼與臺灣當局的外交關係問題，無需通過談判，而是由兩國總理兼外長函電往來實現建交的。新中國成立不久，1949年12月27日，荷蘭移交政權，印尼聯邦共和國宣告成立。1950年1月11日，印尼總理兼外長哈達致函周恩來總理兼外長，通知印尼聯邦共和國成立。同年3月28日，周恩來復函，宣布我國承認印尼聯邦共和國，並表示願意在平等、互利和互相尊重領土主權的基礎上建立外交關係。4月13日，印尼總理哈達復電，接受我國承認，並建議兩國互派使節。5月31日，周恩來復電，同意兩國互派大使，並通知我國任命王任叔為首任駐印尼大使。至此，兩國就建立了外交關係。
印尼同我國建交後，由於在華僑和共產黨問題上心存疑慮，對華關係一直搖擺不定。建交初期，印尼奉行親美反共的外交政策，建交半年後才派臨時代辦赴華，兩國關係相對冷淡。但隨著印尼和東南亞形勢的發展，兩國在反帝反殖鬥爭中的合作不斷加強。1953年3月，印尼派出曾任內閣宣傳部長的莫諾努圖為首任駐華大使。同年11月，兩國在北京籤訂了貿易協定，印尼開始秘密向我國出口被列為「禁運」戰略物資的橡膠。1955年4月，周恩來應邀率團出席在印尼萬隆舉行的亞非會議(亦稱萬隆會議)，對兩國關係產生了深遠影響。會後，周恩來對印尼進行正式訪問，同印尼領導人舉行會談，並以外長身份同印尼外長籤署了《中華人民共和國和印度尼西亞共和國關於雙重國籍問題的條約》。訪問結束後，兩國總理發表了聯合聲明，其中提到雙方「對於兩國在互相尊重主權和領土完整，互不侵犯，互不幹涉內政，平等互利的原則的基礎上作為良好的鄰邦和平相處表示滿意」，並「希望在互相尊重和平等互利的基礎上，廣泛地開展兩國的經濟、文化等方面的互助合作」。周恩來訪問印尼後不到一個月，印尼總理阿里·沙斯特羅阿米佐約於5月對我國進行回訪。1956年9月，蘇加諾總統應邀首次訪問中國，他在講話中公開表示「中華人民共和國和印尼共同為反對帝國主義、反對殖民主義，建立新的世界和爭取世界和平而並肩前進」。
1958年，印尼發生地方武裝叛亂，叛亂者奪取蘇門答臘中部和蘇拉威西北部等地方政權，甚至另立「印尼共和國革命政府」，並得到荷蘭、美國的支持，導致政局動蕩並威脅到以蘇加諾總統為代表的中央政府。對此，中國政府發表聲明，嚴厲譴責美國企圖通過扶植和支持印尼叛亂，顛覆印尼合法政府的行徑。中國還在力所能及的情況下，向印尼提供了一些經濟援助和武器裝備，幫助其克服由於國內外鬥爭造成的困難。1962年9月，印尼在雅加達主辦第四屆亞運會，由於臺灣參加問題同國際奧委會發生矛盾，受到奧委會的無理制裁。1963年2月，印尼退出國際奧委會。為了同國際奧委會抗衡，印尼倡導並於1963年11月在雅加達主辦「新興力量運動會」。中國給予大力支援並派出龐大的體育代表團參加。
20世紀60年代初，印尼因對抗馬來西亞，同英、美矛盾加劇。隨著對抗馬來西亞形勢的發展，印尼反帝的調子越來越高，軍事對抗的氣氛越來越濃，各方面面臨的困難也越來越大，對我國的要求日益增加，兩國關係進一步密切。1964年3月，蘇加諾號召印尼人民參加志願軍，加強印尼人民的防禦力量和反對馬來西亞鬥爭，進而發展到派遣武裝人員進入馬來半島、新加坡和北加裡曼丹等地。印尼共產黨積極支持和配合蘇加諾這一決策，並提出組建武裝民兵作為第五軍種編入武裝部隊建制的建議。美國為了支持馬來西亞，迅即將其第七艦隊駛入印度洋遊弋，對印尼進行軍事恫嚇，接著宣布停止對印尼的經濟援助。印尼同美國的關係頓時趨於緊張。1965年1月，馬來西亞被選為聯合國安全理事會非常任理事國，激起印尼的強烈反應。蘇加諾宣布印尼退出聯合國，提出另立新的聯合國的倡議。
為了協調和推動亞非各國團結反帝事業，支持印尼的反帝鬥爭，1965年4月，周恩來和陳毅訪問印尼，參加亞非會議10周年慶祝活動。同年5月，彭真率領中共代表團應邀參加印尼共產黨成立45周年慶祝活動，同時又以全國人大副委員長身份應印尼國會的邀請率領人大代表團對印尼進行友好訪問。同年8月，陳毅率領中國政府代表團應邀訪問印尼，參加印尼國慶。與此同時，印尼的各類訪華團組亦日益頻繁。僅1965年國慶期間集聚北京的印尼大小團組就有28個共500多人，創歷年中印尼人員往來之最，在當時我國的對外關係中也少見。但誰也沒想到這繁華背後，竟暗藏著外交危機。