藥師咒咒文及注音標識。括號內為注音標識。
南謨薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薛琉璃。(nā mó bó qié fá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。)
缽喇婆。喝囉闍也。怛他揭多也。(bō lá pó。hé là shé yě。dá tuō jiē duō yě。)
阿囉喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。(ā là hē dì。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tuō。)
唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。(ōng。pí shā shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì suō hē。)
發音註解：
南謨：讀作（nā那 mó摩），或讀（ná拿 mó摩）（今人讀此音居多），是「南無」的不同音譯詞。
薄：讀音為（bó伯）。
鞞：有三種讀法：（pí皮）、（bǐ比）、（bǐng丙）。這裡念（pí皮）比較合適。因鞞通毗，「鞞殺社」，也譯成「毗煞社」；「阿鞞跋致」，也譯成「阿毗跋致」；「鞞嚧社那」，也譯成「毗盧舍那」。（見《佛學大辭典》。）
窶：讀作（jù巨）。
薜：讀（bì畢）。
喇：古讀（là辣），見《康熙字典》、《中華大字典》：音辣。今讀（lǎ）（lā）（lá）。
喝囉闍也：此句中的「喝」，應讀成（hé合），古音「合」。
阿囉喝帝：此句中的「喝」，通「訶」，所以應該讀作（hē訶）。
囉：各地多讀成（là辣），此字與喇通假。
闍：讀作（shé蛇）。
怛（dá答）他（tuō拖）揭多也。
怛（dá答）侄（zhí直）他（tuō拖）。
唵：讀（ōng嗡）或讀（ǎn俺）。藏語系佛教讀（ōng嗡）音，漢語系佛教多讀（ǎn俺）音。
三沒（mó古音模）揭帝莎（suō通娑）訶。
《藥師咒》現代漢語拼音、漢文字譯、漢文意譯對照全文
na mo,pa ga wa di,wei sha jia,gu lu,wei duli ya,ra pa ，
南謨，薄伽伐帝，鞞殺社， 窶嚕，薜琉璃， 缽喇婆，
敬禮 世尊 藥 師 琉璃 光
la jia ya ,da ta ga da ya ，a le ha di,san miaok san mu tuo ya，
喝囉闍也，怛他揭多耶， 阿囉喝帝，三藐三勃陀耶，
王 如來 應供 正等覺
da diya ta ,
怛侄他，
即說咒曰:
ong,wei sha jie,wei sha jie,wei sha jia,san mo ge di ,shua ha 。
唵， 鞞殺逝， 鞞殺逝， 鞞殺社， 三沒揭帝， 莎訶。
唵! 藥師佛！藥師佛！藥師佛！生起來 成就！
藥師咒釋義
南謨薄伽伐帝，鞞殺社窶嚕，薜琉璃，缽喇婆，喝囉闍也，怛陀揭多耶，阿囉喝帝，三藐三勃陀耶。怛侄他：唵！鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝，娑訶！
南無 --皈依禮敬，有時簡短說【皈命】。
薄伽伐帝 --即是【世尊】「薄伽梵」另一音譯。
因此念時帝音是輕聲的 t音。
殺社 --「社」字發音現在有人注為「及牙--連音」，
其實社字用臺語發音(西牙連音)就很正
確了。意思是【藥】。
嚕 --【師】現在也用「古魯」。
薜琉璃 --這句也音譯為「排都裡牙」，即是【琉璃】
缽喇婆 --【光】的意思。
喝棉也 --【王】，因為藥師佛為東方七佛之首(這依世尊提及的順序而列)。
怛他揭多也 --【如來】(也譯「打他噶打牙」)
阿棉喝帝 --【應供】
三藐三勃陀耶 --【正等正覺】
怛侄他 --【即是】也譯為「所謂」。
--身語意【三身皈命】，即「真正的咒心」，真言門用來啟動咒語之用。
殺逝、殺逝--【藥、藥】，「逝」(讀音「接」)為多數詞連用時的變音
殺社 --【藥】，單用或連用一字時的結束詞。
三沒揭諦 --【自度度他】。「沒」字音為「墨」字，有譯為「母爾」。
娑訶 --【圓滿達成】。也譯為梭訶，或其它如「娑婆訶」等。
所以整句咒的意思是∶
【皈命世尊藥師琉璃光王如來應供正等正覺，即是三身皈命藥、藥、藥，自度度他，圓滿達成】
所以藥師如來有三種藥，身藥、語藥、意藥，身藥找醫師，語藥靠慈悲，意藥便是清淨心，三藥能去病，三業障難自然消除，是不是很有道理？
藥師咒來自（唐三藏法師義淨奉詔譯）的《藥師琉璃光七佛本願功德經》。藥師琉璃光如來，是東方淨土淨琉璃世界的教主。藥師法注重利益現實人間，故特別契合當今時代的眾生。持藥師咒是易行的藥師法門，若能至心修持，不僅有消災（免除疾病、橫逆、貧困等之苦）延壽滿願的利益，還有促使眾生早成佛道的功德。
由於藥師如來的弘深誓願，無盡功德，一方面促使眾生早成佛道，另一方面也能滿足眾生現世的安樂和福報。清朝的玉琳國師一讀《藥師經》，便額手失聲，願人人入如來的願海。國師的《藥師經》題語說：「予見世人順境淪溺者不一，富貴可畏甚於貧賤。今此如來，使人所求如願，遂從此永不退道，直至菩提。則欲於王臣長者，一切人中，作同事攝，不乘如來願航，何從濟乎？」 又說：「若於現前富貴功名，未能志清，男女飲食之欲，未知深厭，則於往生法門，未易生信。即信矣，身修淨土，而心戀娑婆，果何益乎？則求其不離欲鉤，而成佛智，處於順境，不致淪胥者，固無如修持藥師願海者之殊勝難思也。若能信行，久久不懈，知不獨富貴功名，轉女成男，難危迪吉，如如意珠，隨願成就。即得於一切成就處，直至菩提，永不退轉，何幸如之！人間亦有揚州鶴，但泛如來功德船。」
藥師咒的功德利益
此藥師佛灌頂真言是《早晚課誦集》中十小咒之一，出自《藥師琉璃光如來本願功德經》。常常念誦此咒，可以健康長壽，臨終時可以往生淨土琉璃世界，或者由八大菩薩護送到西方極樂世界。
此咒有大威德，若能念誦藥師真言，即可消除病苦，延年益壽。如言：「曼殊師利！若見男子女人有病苦者，應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食，或藥，或無蟲水。咒一百八遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，志心念誦，皆得如是，無病延年。命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提」。此言於此真言若自誦，若教人誦，皆得消災獲福者也。
「藥師灌頂真言」治理眾生，使得消災免難、去病卻苦。修持讀頌能拔一切業障、護持身心安康、得無量福慧。
1、除病離苦，聞說藥師名號即得滅罪往生。
2、修藥師法及持藥師咒，可除病離苦。
3、藥師咒具有強大的威力，不僅限於療愈疾病，也能夠淨化生者和亡者的業障。如果能夠本著菩提心，在臨終者或動物耳邊，持誦藥師佛的聖號和咒語，最好不過了，因為那將使他們不墮惡趣。
4、如果亡者已經聽不見了，可以持藥師佛咒，然後直接在他們身上吹氣或者先在滑石粉、香水上吹氣，然後把粉末、香水塗抹在他們身上。
5、修藥師法甚至能夠淨化亡者，把他們從苦難中救脫出來。
6、持藥師佛的咒語，然後在所吃的肉上面，或死屍、死者的骨頭上面吹氣，都很有利益，可以淨除亡者的業障，使他們得以往生淨土或上界。
7、如果你是肉食者，應當利益你所吃的被宰殺的動物。在吃肉之前，應當持誦這個強力的淨障咒，而且猛力地回向，使那些動物即刻脫離惡趣，往生淨土或上界，永不再墮惡趣。
8、即使動物或人已經死了幾百年甚至上千年之久，心識還在惡趣，如果持誦藥師佛咒之後，在他們的骨頭上吹氣，照樣可以把心識遷移到淨土或上界。
9、持誦藥師佛咒語之後，也可以吹氣在水上、沙上或滑石粉上，再灑在死亡的動物或人的骨頭或皮膚上。這麼做至少可以縮短亡者在惡趣受苦的時間。
10、修藥師法不但對重病的人很有效，還會帶來事業、修行或者其他事行的成功。
藥師咒的修行目的
藥師咒來自《藥師琉璃光如來本願功德經》。藥師琉璃光如來，是東方淨土淨琉璃世界的教主。藥師法注重利益現實人間，故特別契合當今時代的眾生。持藥師咒是易行的藥師法門，若能至心修持，不僅有消災（免除疾病、橫逆、貧困等之苦）延壽滿願的利益，還有促使眾生早成佛道的功德。即早課十小咒之一。
彼藥師琉璃光如來得菩提時。由本願力觀諸有情。遇眾病苦瘦瘧幹消黃熱等病。或被厭魅蠱道所中。或復短命或時橫死。欲令是等病苦消除。所求願滿。時彼世尊入三摩地。
名曰：「滅除一切眾生苦惱」。既入定已。於肉髻中出大光明。光中演說大陀羅尼……
爾時光中說此咒已。大地震動。放大光明。一切眾生病苦皆除。受安隱樂。曼殊室利。若見男子女人有病苦者。應當一心為彼病人清淨澡漱或食或藥或無蟲水。咒一百八遍與彼服食。所有病苦悉皆消滅。若有所求指心念誦。皆得如意無病延年。命終之後生彼(藥師琉璃)世界。得不退轉。乃至菩提。是故曼殊室利。若有男子女人。於彼藥師琉璃光如來。至心殷重恭敬供養者。常持此咒。勿令廢忘！
─《藥師琉璃光七佛本願功德經卷下》。《大正藏》第十四冊頁414中─下。若有受持此真言，能拔身中過去生死一切重罪，不復經歷三塗，免離九橫，超越眾苦。─《藥師如來念誦儀軌》。《大正藏》第十九冊頁30中。
修行目的非常重要的定律——唯心淨土，萬法唯心造。若要國土淨，必先淨其國人心。地藏經說：「起心動念，無非是業，無非是罪。」你們看我們修行，很多蚊子過來騷擾，它們專咬那些人呢？不專心修行的人，為什麼？因為不專心修行，腦海裡面就妄想紛飛，心淨不下來，動來動去的，很燥熱，心火就起來了，汗也就不知不覺地流出來了，有了汗味當然蚊子就聞訊趕來，發動攻擊了。相反如果我們心地清淨，專注於修行，心靜自然涼，《藥師經》說到：「或有水火，刀毒懸險惡象，獅子、虎狼、熊羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜒、蚊虻等怖，若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏皆得解脫。」
我們修行要發利益眾生的大菩提心，不要滿足於利己的人天福報，做什麼大富長者、國王、大臣，要做大導師，像阿彌陀佛一樣，做眾生的接引導師，這個就像大學裡的碩士生導師、博士生導師一樣，帶領指導眾生學習藥師法門。我們修行發願往生東方，就是去那裡做藥師佛的學生，在那裡成就果位，得不退地菩薩位次，乃至成就無上正等正覺。
修藥師法門大家會得到藥師佛護佑，肯定一個受戒的人總比不受戒的人更上一層法意。放心持戒，多種善因，當來必受善果，而不必怕犯戒而不受戒！
能夠信仰此咒，算是難能可貴，因為修行此咒受益良！你們今天種下一顆金剛種子，終有一天會開花結果，而圓滿修成正果。
藥師咒回向
南無藥師琉璃光如來
南無消災延壽藥師佛
藥師咒：
那謨薄伽筏帝，裨殺社窶嚕，薛琉璃缽剌婆喝囉闍也，怛陀揭多耶，阿羅訶帝，三藐三勃陀耶。怛侄阤：唵，鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝娑訶
念藥師咒的三大利益：
一、為他人
親人好友生病難過，可為他持咒，每次持咒108遍，加持在病人的藥物、食物或煮開的水裡給病人服用，可以幫助病人脫離病苦恢復健康。為病人持咒治病，最好能夠先洗澡漱口，保持身口的清淨。
二、為自己
自己生病依前面方法為自己解除疾病。多念藥師咒可以無病延年，常保健康。
三、往生藥師佛淨土
念藥師咒命終可以往生美麗的藥師如來淨土，不會有墮落三惡道的恐怖，也不必再來人間受冷暖之苦。
回向：
念「藥師咒」請作如下回向：
願以此功德供養十方三世諸佛，再以此功德回向十方三世一切眾生，願眾生離苦得樂，往生佛國淨土證得菩提。再以此功德回向○○○（自己的名字或患病者的名字）的冤親債主，願他們能離苦得樂，往生佛國淨土，證得菩提。再以此功德回向○○○（自己或患者），願○○○（自己或患者）業障消除，病症痊癒，身心恢復健康。
藥師佛的大願
藥師佛發了十二個大願幫助一切眾生：
一、藥師佛要幫助所有眾生如祂一般，威相光明、功德巍巍，個個都能修學有成，成就人中至尊─佛陀。
二、藥師佛身相通徹透明，如琉璃一般無瑕清淨，在祂大光明照耀之下，一切眾生皆解脫煩惱痛苦，隨自己意願無事不成。
三、要讓所有的人，需要什麼就得什麼，沒有貧乏，一切稱心如意。
四、走邪路，懷邪心的人，藥師佛轉變其心，讓他心生柔和，能夠利益別人。或只求個人了生死，藥師佛轉化其狹隘心量為大眾發心，由小我而走向大我。
五、聽到藥師佛號一心受持，可得戒行清淨，不墮三惡道。
六、外貌不揚、身體或四肢有缺陷、精神失常、被種種病苦折磨的人，聽了藥師佛號後專心修持，可得其威神力加持，一切都得以救治。
七、貧窮及病痛纏身，稱念藥師如來聖號，一切病痛都可消除，生活物資也能圓滿無缺。
八、女人身心多苦多病，若要捨棄女人身，專心念藥師佛名，來生可轉女相為男相。
九、思想偏激、行為偏差，藥師佛將用種種方法導邪歸正，令其覺悟而起正行修持。
十、犯罪坐牢或遭種種災難身心受苦，稱藥師佛名，以藥師佛的福德威神力可以解脫一切憂苦。
十一、生活困難、為了謀生而造惡，專念藥師如來名號能夠獲得改善，衣食無缺，過著良好的生活。
十二、貧苦的人修藥師法門，一心念藥師佛號，所要求的都能圓滿如願。
藥師佛特別重視生病的、痛苦的、貧窮的人，致力救濟這些人，讓他們身心及環境能轉惡劣為良善！！！
我本求心心自持，求心不得待心知；
佛性不向心外求，心生便是罪生時。
我本求心不求佛，了知三界空無物；
若欲求佛但求心，只這心心心是佛。
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