自古以來崇左為壯族先民駱越民族聚居之地。秦始皇三十三年(公元前214年)，秦統一嶺南地區後,設桂林、象、南海三郡，象郡治所臨塵(今崇左市區)。今崇左、寧明、龍州、大新、靖西 、德保等地都屬象郡。公元前207年，秦亡，趙佗擊並桂林、象郡，自立為南越武王，建南越國。漢元鼎六年(公元前111年)冬，漢滅南越。公元前106年，漢朝又分全國為13州刺史部，象郡屬交趾刺史部(治所龍編縣,今越南北江)。漢元鳳五年(公元前76年)廢象郡，屬地歸鬱(鬱)林郡(治所布山縣，今廣西桂平)。三國時，鬱林屬吳。永安七年(魏鹹熙元年,公元264年)孫吳析交州分置廣州(治所南海,今廣州市)，鬱林郡為廣州管轄。東晉大興元年(公元318年)，從鬱林郡分出晉興郡(治所晉興縣，今南寧市)，崇左屬晉興郡晉城縣(治所在今崇左與扶綏之間)地，歷經南朝宋、齊、梁、陳4個朝代。隋屬西原地。
唐貞觀元年(627年)，置左江鎮，分領思同、萬形、萬承、波州、上下恩城州。唐末設邕管羈縻太平州、左州。宋初沿襲唐制。仁宗年間，儂智高「大南國」起義，後被朝廷派狄青鎮壓。太宗太平興國年間設左江道置太平寨(治今崇左)、永平寨(治今寧明縣城)、古萬寨(治今扶綏縣西北)、永樂寨、橫山寨等5寨。太平寨轄太平、萬承、思同、上下思城、思明、結安等土州峒，永平寨轄寧明縣大部地區，古萬寨轄江州、左州，茗盈、全茗、鎮遠屬邕州。皇祐五年(公元1053年)，置崇善縣，隸邕州都督府轄太平寨，縣治在今新和鎮岜關山東南1公裡處的鰲石村(今舊址已廢)。元世祖至元二十九年(公元1292年)閏六月改太平寨置太平路。太平路治所今城區太平鎮，元末徙治馱盧，轄崇善、陀陵、羅陽、永糠4縣和太平、左、養利、思同、思誠、安平、萬承、全茗、鎮遠、茗盈、龍英、結安、結倫、都結等14個土州，轄境相當於今江州區大部、龍州縣、大新縣中部東部、天等縣東部和隆安縣西部。
明朝朱元璋的朝臣提出，對廣西少數民族，「宜如宋元制，錄其酋長，以統其民」。洪武二年(公元1369年)七月改太平路為廣西布政司左江道太平府，太平府治所初置馱盧團，洪武三年復還麗江(今太平鎮)，轄太平等16個土州和崇善等4個縣。憑祥、江州直隸於廣西布政司。嘉靖十九年(公元1540年)崇善縣治由新和遷到太平府治太平鎮附廊(縣治設在太平鎮南街當時的積慶寺內)。清初，思明府降為土府來屬，龍州、下石西、江、憑祥、思陵5土州和羅白土縣來屬。雍正十年(公元1732年)析思明土府置土思州，十一年改思明州為寧明州，改思明土府為明江廳，省思誠土州入崇善縣。
民國元年(公元1911年)土左州、憑祥改為縣。民國二年(公元1912年)撤銷太平府府制，由省直接統轄各縣。1917年,全省劃分為6道，崇左地區屬鎮南道(治今龍州)。1921年8月，廢除道制，各縣行政由省直轄。1928年，撤銷土江州、羅白縣，併入崇善縣。對實行土州制的地方繼續「改土歸流」,土司制度逐漸瓦解。1930年2月1日，在鄧小平等領導下，舉行了龍州起義，建立左江革命委員會,下轄龍州、崇善、憑祥、上金、養利、龍茗等縣革命委員會。解放前夕，大部分屬第七行政督察區，小部分屬第四、第六行政督察區。第七區，治龍津 (今龍州) 。轄龍津、崇善、左縣、憑祥、寧明、明江、上金、雷平、萬承、養利、思樂等11個縣。扶南、綏淥、同正3個縣(今扶綏縣)在第四區。鎮結、龍茗、向都3個縣(今天等縣)在第六區。
1949年12月19日，崇善縣城解放；1950年1月14日，左縣解放。中華人民共和國成立之初，左江地區屬龍州專區。1951年4月，崇善縣與左縣合併為崇左縣(1952年8月11日政務院批准),「崇左」因此得名。1951年5月，寧明、明江、憑祥三縣合併為鎮南縣，龍津縣和上金縣合併為龍津上金聯合縣(後改麗江縣)；6月，鎮結縣與向都縣合併為鎮向縣；7月扶南、綏淥、同正3個縣合併置扶綏縣；9月鎮向又與龍茗合併為鎮都縣(1957年4月更名天等縣)，雷平、萬承、養利3個縣合併置大新縣。1951年10月19日,龍州專區更名為崇左專區。崇左專區下轄崇左、扶綏、鎮南、思樂、麗江、大新、鎮都、隆安、上思等9縣。1952年8月崇左、賓陽兩專區合併置邕寧專區(1953年4月23日政務院批准)。麗江縣因與雲南省麗江縣同名,改稱龍津縣(1962年復名龍州縣)。撤銷鎮南、思樂兩縣，合併置寧明縣。1956年10月寧明縣析憑祥市。1958年11月14日邕寧專區更名為南寧專區，1971年11月更名為南寧地區。2002年12月23日，國務院批准撤
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