一
供養（香）
願此香花雲 遍滿十方界
一一諸佛土 無量香莊嚴
具足菩薩道 成就如來香
二
禮敬
南無三世一切佛法僧三寶（一拜）
南無本師釋迦牟尼佛（一拜）
南無東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來（三拜）
南無日光遍照菩薩摩訶薩（一拜）
南無月光遍照菩薩摩訶薩（一拜）
南無文殊師利菩薩摩訶薩（一拜）
南無執金剛菩薩摩訶薩（一拜）
南無藥師會上十二藥叉大將八萬四千藥叉護法諸天菩薩（一拜）
三
讚嘆
歸命滿月界 淨妙琉璃尊
法藥救人天因中十二願
慈悲弘誓廣願度諸含生
七佛藥師王我今皈命禮
四
懺悔
我昔所造諸惡業皆由無始貪嗔痴
從身語意之所生一切我今皆懺悔
五
發願
眾生無邊誓願度煩惱無量誓願斷
法門無量誓願學佛道無上誓願成
願一切眾生現世得無上安樂乃至菩提
六
誦經
巴利語皈敬頌（三遍）
巴利語三皈依頌（三遍）
南無藥師會上佛菩薩（三稱）
誦義淨法師譯《藥師琉璃光七佛本願功德經》（一遍）
或誦玄奘法師譯《藥師琉璃光如來本願功德經》（一遍）
七
持名
善住寶海妙寶同法幢光音無勝融
無憂自在淨琉璃圓滿香積七佛通
南無善名稱吉祥王如來
南無寶月智嚴光音自在王如來
南無金色寶光妙行成就如來
南無無憂最勝吉祥如來
南無法海雷音如來
南無法海勝慧遊戲神通如來
南無藥師琉璃光如來
（上至下順序持誦七佛名號為一遍，至少七遍）
藥師如來琉璃光焰網莊嚴無等倫
無邊行願利有情各遂所求皆不退
南無東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來
南無藥師琉璃光如來（至少一百零八遍）
南無日光遍照菩薩（三稱）
南無月光遍照菩薩（三稱）
八
持咒
藥師灌頂真言（至少一百零八遍）
我今念誦秘密咒普通三界得清淨
願我生中除業障福德圓滿利有情
生生世世恆受持四恩眾生共成佛
九
回向偈
普願一切眾生現世安隱、後生善處
至心發願命終往生阿彌陀佛極樂淨土者可再作如下回向
願以此功德莊嚴佛淨土
上報四重恩下濟三塗苦
若有見聞者悉發菩提心
盡此一報身同生極樂國
或
願消三障諸煩惱願得智慧真明了
普願罪障悉消除世世常行菩薩道