大地慈愛的神獸之王——女媧為了讓人類的生活更美好，創造了各種能變化成神兵(擁有神奇力量的兵器)的神兵獸。借著各種神兵的不同能力，使獲得幫助的世人日子過得更愉快，比如神農尺能幫人類治百病，十方明亮幫人類指示方向，神舞能為人類帶來歡樂樂章等，人類與神獸是互相依賴，和平共處的。 可是，千百年來與女媧勢不兩立的元始天魔，一心想統治所有人類，遂派出麾下大壞蛋天地盟主，將一隻神獸魔化，成為邪惡神兵虎魄，並囚禁了女媧傳人--元首，打敗東方、南宮、西門、北冥四大地域的城主，更令所有神兵獸變成兇惡的魔兵獸，成為人類的威脅。 南宮城城主南宮逸，在被天地盟主囚禁前，及時把一顆最厲害的神兵獸獸蛋，即天晶獸，讓玉靈龍飛行帶走，送給兒子問天求救。問天跟妹妹問雅正代表父親到民間幫助百姓。問天手上有父親贈送的綠臂護腕，力大無窮；問雅則天生能了解神兵獸的言語，極得動物歡心。玉靈龍找上兩兄妹，二人知道父親遇險，決定前往相救。但奉命追蹤玉靈龍的天地盟壞蛋兇閻王亦帶著魔兵獸趕到，並襲擊問天。 危急關頭，神兵獸獸蛋破殼誕生，化成神兵——天晶，將魔兵打回魔兵獸的樣子；而問雅則配合玉靈龍，把魔兵獸淨化馴服，變回善良的神兵獸。兩兄妹帶著天晶和玉靈龍上路，決意打敗天地盟主，救出父親；將所有魔兵獸淨化馴服為原來的神兵獸。途中，他們遇上了同是四大區域城主子女的西門孝、北冥雪，更結伴上路，從西門、北冥、東方及南宮一路過關斬將，雖危機重重，驚險萬分，但問天與小同伴，結合一路收集的神兵、神獸，成功排除萬難，幫助世人、拯救父親。天地盟方面不斷派出兇閻王、炎神王及各種魔兵獸阻
玉龍國元首 玉龍國元首和玉島國元首玉燕是姊妹，是女媧的傳人之一。 南宮問天 約十二歲，南宮城的少城主，富正義感有鬥心，左臂上的「綠珠護腕」力大無窮。在拯救父親與大地的過程中，他勇敢樂觀、孝順且充分發揮了其不屈不撓，不畏強暴的精神，他的神兵獸兼好友為天晶獸。
東方鐵心 約十一歲，外表漂亮可愛，是東方海閣東方雄的女兒，後被天地盟主捉拿，因惡鬥時腦子受創而失去記憶。天地盟主認她為義女，她在沒有意識下成為天地盟的公主。她性格強蠻，與問天既是死對頭，又是惺惺相惜，後因眾人用愛心喚起了她的記憶，與東方雄母女重逢，非常動人。她的神兵為鳳皇。 西門孝 約十二歲，西門城少主，體格比同齡的小孩高和胖，性格比較直率，動作雖緩慢但絕不笨拙，略缺自信心卻永不氣餒，一心要救出父親，令眾人感動。他因為反應「慢三拍」鬧出不少笑話。他的隨身兵器為水龍炮，神兵獸為小太虛。
天地盟主 從不以真面目示人，故事中的主要反派頭領之一，野心勃勃，一心想收服整個玉龍國，破壞大地祥和及魔化自然界所有動物， 將鐵心認為義女。卻常遭問天屢屢破壞計劃，令他非除去問天不可。 北冥雪 北冥雪莊莊主北冥正的女兒，約十一歲。外表美麗、可愛。性格堅毅不屈，聰明孝順，善解人意。父親傳她神農尺，能醫百病，每在要緊關頭，她與她的神兵神農獸都能發揮奇效。 南宮問雅 約七歲，可愛溫柔有愛心，能說各種動物的語言，擁有安撫動物的超能力，所有動物對她非常喜愛，自小沒看見身為玉島國元首的母親，與哥哥問天及爸爸南宮逸感情非常濃厚。後又靈劍雙子給她綠色手鐲，將馴服之力轉化為淨化之力。
北冥雷 北冥雪的哥哥，北冥雪莊臨時莊主，雖然孝順、有正義感，然而被偽裝成好人的絕天機矇騙，讓絕天機做自己的助手，實際上是被絕天機利用。 玉靈龍 守護南宮家的神獸巨靈龍之子，能噴出熾熱的火焰攻擊敵人，它天真活潑又貪玩，是冒險旅途中大家的開心果。
天晶獸 南宮家女媧殿的神兵獸，外表像麒麟，可變身成神兵天晶。它與問天互相感應，隨著問天對正義的領悟而變得更強大，一路上與問天一起擊退天地盟主和玄天邪帝的壞蛋，是小將們戰鬥的主力神兵！能變身成為冰霜正義天晶，火焰勇氣天晶，閃爍光明天晶，紫電友情天晶，旋風自信天晶和七神兵團結天晶，六色天晶六種形態。 虎魄 天地盟主的坐騎，可變身成為魔兵虎魄。全使它噴出來的怪煙把善良的神獸變成邪惡的魔獸，也可令人失去善良本性，隨服天地盟主，是天地盟主徵服玉龍國的左右手，後被問雅給馴服。 小太虛 守護西門家的神兵獸太虛獸之子，與父親太虛獸外形相似的小烏龜，性格善良而沒心機。可變身成有趣好玩的神兵溜溜球，深得阿孝喜愛，在戰鬥時是小將們的得力幫手。
鳳皇 守護東方家的神兵獸，華麗威武而體型龐大。它可變身成神兵鳳皇，在故事之初受虎魄的影響成為魔兵，與問天等人為敵，後來在神舞的歌聲下恢復記憶，與鐵心一起協助問天打倒天地盟主和玄天邪帝。 神農獸 是守護北冥家的神兵獸，雪橇犬形態上有神農尺的花紋，可變身為神兵神農尺，各種病症和傷患必能被它治癒，是小將們中不可缺少的醫生。 驚邪 野生神兵獸，外型是只寄居蟹，擁有鋒利的鉗子，居住在東方海。可變身為神兵驚邪。後和問天一行人成為朋友，並幫助他們打敗了喜無常。 神舞 野生神兵獸，很像金絲雀，擁有世上最優美的嗓子，能唱出最動人的歌曲，使人想起美好的回憶。為躲避天地盟而居住在仙音林。被阿孝的歌聲引出，可變身為神兵神舞。全靠她拯救了鐵心、鳳凰、南宮逸、巨靈龍。 十方明亮 同是守護北冥家的神兵獸，其外表像一個長了翅膀的白馬，可變身為神兵十方明亮，給人們指路。
巨靈龍 是守護南宮家的神獸，玉靈龍之父，曾被天地盟主的虎魄影響失去本性。後因神舞而恢復本性，同南宮逸一起討伐天地盟主。 太虛獸 是守護西門家的神兵獸，管理著西門域的水，變身後為神兵太虛，其力量如同颱風，但保存實力刮龍捲風。是小太虛的爸爸。玉龍國四大區域城主.域主.莊主.閣主 南宮城城主--南宮逸 西門域域主--西門豪 北冥雪莊莊主--北冥正 東方海閣閣主--東方雄
天地盟主被問天打敗後，想去元始天魔那裡要更多的能量。可元始天魔已經有了新的傀儡——玄天邪地和無比厲害的魔獸蜘蛛王。於是元始天魔讓玄天邪地和蜘蛛王消滅天地盟主。元始天魔讓玄天邪地去打玉龍國的子妹國——玉島國。 玉島國元首玉燕——問天的媽媽打不玄天邪地，只好讓靈劍雙子駕駛著女媧星船向南宮逸求救，並四處逃散。 正好南宮逸那天去見玉龍國元首了，而星船又被問天他們發現了，並上了飛船。靈劍雙子知道問天他們的本事，所以先帶問天他們上飛船去玉島國幫玉燕。 第二天南宮逸準備回南宮城時接到玉靈龍的信：問天他們失蹤了。南宮逸連忙叫玉龍國元首用水晶球查看問天他們在哪裡，當他們看到問天他們在玉島國並受到危險時，連忙叫神兵小將和南宮逸去玉島國支援問天他們。 問天他們也正受危險：他們第一場戰爭開始了。可玄天邪地的超級魔獸可比天地盟主的魔獸厲害得多。關鍵時刻，靈劍雙子和子劍獸出場，並把子劍獸變身成天晶子劍給問天。問天用天晶子劍和天晶劍一起用時，果然力量大增打勝了第一場戰爭。 問天擔任了營救玉島國的重任。與此同時，神兵小將和南宮逸也在接進問天他們…… 那我再說仔細一點吧。玄天邪地原來是好的，後來因動了邪念，被魔獸蜘蛛王魔化了，對了，玄天邪地原名玄天聖帝，後來他的姐姐也魔化了，只有他唯一的兒子逃過一劫。玉島國有五個島（比第一部多啊），問天他們一個一個打過來，其間還見了一次他媽，有了一個新兄弟，影子問天。後來攻打到大本營，玄天邪地比天地盟主聰明，為了不讓他們用團結力量，他把他們用機關分開，問天該怎麼辦？