這是一間秘密實驗室，教會暗中抓來許多小孩將他們圈養在此，等到時機成熟，就會抓住孩子還有他們的靈寵，接著將孩子和靈寵放進實驗箱，開始靈寵分割實驗。教會為何要拿孩子做實驗？
這還要從一項驚人的發現說起，這個發現來自於邦德，他是一位大學教授，專門研究禁書的那種，教會不讓碰啥他就專門研究啥。
最近他在北方雪原發現了一種神秘的物質，這種物質名叫「奧術之塵」。根據邦德的觀察
，奧術之塵很可能來自於其他的平行宇宙。新發現動搖了教會權威，為了阻止邦德傳播異端學說，教會派出暗黑主教悄悄在他酒中下毒，好在邦德侄女萊拉躲在櫃中，目睹了下毒過程，邦德這才逃過一劫。
教會的暗殺沒能嚇倒邦德，為了徹底粉碎教會的壓迫，邦德決定親自前往平行世界調查真相，學校對此也表示支持。教會見無法阻攔邦德，於是又開始另一項計劃，他們秘密興建了一所實驗室，開始暗中抓捕小孩進行實驗，實驗內容和靈寵有關。
在這個世界，靈魂與身體是分離的。每個人的靈魂都會變成一隻靈寵，守護在身體旁邊。小孩子的靈寵有些特殊，可以變成不同的動物，大人的靈寵則會定型，教會的實驗就是要改造小孩靈寵，讓他們不會受奧術之塵的影響。簡單了來說，就是給孩子洗腦。
萊拉本想和邦德一起去探險，邦德卻沒有答應。因為女巫們說過，萊拉就是傳說中的天選之女，所以要確保她的安全。教會那邊也得知了這個消息，於是派出外援妮可夫人，引誘萊拉前往北方。教會的權勢很大，校長無法拒絕妮可，只好讓她帶走萊拉。
校長送給萊拉一塊黃金羅盤，據說這個羅盤比度娘還好使，可以拔到被封禁的真相，一切準備就緒後，妮可帶著萊拉，坐上了前往北方的飛艇。表面上妮可對萊拉很客氣，幫她打造形象，帶她吃高檔西餐；實際上，卻早已盯上她的羅盤。
這天晚上，萊拉偷偷溜進書房，意外發現了妮可的大秘密，原來她就是洗腦實驗的負責人！自己的朋友羅傑，已經被她抓了過去。趁著萊拉不在的時候，妮可還派出靈寵，去萊拉房間盜取羅盤。好在萊拉回來得及時，讓靈寵搶回羅盤，逃離了房間。
萊拉一路奔跑，來到一間工廠，沒想到妮可的人馬很快追到，用網子抓住了她！就在萊拉絕望之時，一對人馬卻突然出現救下了她。救人的是吉普賽人，他們和邦德很熟，而且深受教會迫害，被抓走了很多小孩。恰巧碰到萊拉遇險，所以將她救了下來。
吉普賽人中有一位博學的先知，他教會萊拉使用羅盤的方法，找到了孩子們被關押的地點。
一行人坐船前去救人，沒想到妮可又派出2隻間諜蜂，前來搗亂。先知眼疾手快，抓住了其中一隻，另一隻則逃了回去。
漫長的旅程之後，船隻終於靠岸。萊拉在港口遇到一位白髮叔，白髮叔一眼就相中了羅盤，毛遂自薦要當她的助手，還建議她去城裡找一個打手。這位打手是一隻強壯的白熊，名叫熊大。熊大原本戰力強大，但是因為戰鬥盔甲被盜，淪落到給人類打工，成為一隻打工熊。萊拉聽說之後，用羅盤找到盔甲的藏身地，並告訴了熊大。熊大衝進藏盔甲的教會，重新武裝之後，瞬間戰力報表。
為了報答萊拉，熊大答應做她的打手。萊拉騎著熊大，渡過茫茫雪原，來到一間小木屋。根據羅盤的指示，那裡似乎有小孩的蹤影。萊拉走進屋內，在那裡發現了一個吉普賽小孩，小孩的靈寵已經被取走，成了一具沒有靈魂的軀殼。萊拉將小孩帶回營地，孩子媽看了很傷心。就在此時，一隊雪原人突然出現，朝營地發起了進攻，吉普賽人急忙組織抵抗，和雪原人展開了混戰。
萊拉在營地四處逃竄，不料被一位雪原人盯上，朝她射出飛矛，還好熊大及時殺出，擋下了飛矛。熊大已經很久沒有打架，面對突然到來的敵人有些上頭，雪原人抓住時機，將萊拉給綁了回去。
抓住萊拉後，雪原人將她送到了熊王的宮殿，熊王塊頭很大，可惜是個腦癱。它很想有個人類寵物，於是萊拉便騙它，自己已經和熊大立下契約，成了它的寵物，只要熊王打敗熊大，她就能解除契約，成為熊王的寵物。
沒多久，熊大便跟著萊拉的氣味，找來了宮殿。萊拉將欺騙熊王的事告知熊大，熊大卻連聲叫好，原來熊大原本是熊族的王子，在爭奪王位時，不幸被對方擊敗，最後慘遭流放，現在正好是一雪前恥的機會。
2隻白熊來到競技場，開始了精彩的單挑。熊王不愧是熊王，幾個回合下來，便抓住時機，咬傷了熊大前腿。熊王本以為勝券在握，沒想到熊大卻上演了一出絕地反攻，打敗熊王后，熊大帶著萊拉，來到了教會實驗室。實驗室和雪原之間隔著一條峽谷，只有一座窄小的冰橋可以通過，萊拉剛剛爬過去，冰橋就隨之斷裂。
熊大無法再前行，只好跑回去搬救兵。萊拉則獨自一人來到了實驗室，她假裝迷路，騙過了那裡的看門人。實驗室裡到處都是教士，被抓走的小孩果然在這，好朋友羅傑也在其中。萊拉偷偷溜進一間會議室，躲在桌子底下探聽教會陰謀，沒想到卻碰到椅子，被教士發現。教士抓住萊拉和靈寵，將他們關進實驗箱開始切割她的靈寵，就在靈寵將被剝奪之時，妮可突然趕到，中斷了實驗。
等到萊拉醒來之時，已經躺在床上。妮可坐在床邊安撫她，還說自己是萊拉她媽，說完又哄騙萊拉，將羅盤交給她。萊拉拿出裝有間諜蜂的盒子，假裝裡面裝著羅盤。等到妮可打開盒子，卻被間諜蜂迷暈過去。萊拉趁機溜進實驗室，破壞了那裡的實驗設備。
教士全都跑去滅火，孩子們則趁機逃了出來。然而剛出門，就遇上阻攔的雪原人。眼看逃跑無望，熊大卻帶領援兵趕了過來，兩方人馬在雪原上展開了大戰，女巫一族也趕來幫助萊拉。一番激烈的戰鬥後，雪原人被打敗，孩子們也就此迎來了解放。
萊拉帶著羅傑，踏上了新的旅程，前方還有著更大的使命在等著她！
這部電影改編自黑暗物質三部曲中的《黃金羅盤》，原著是一套暢銷書，有著很大的影響力，電影團隊很有野心，請來眾多大牌，想將其打造成第二個《魔戒》系列。只可惜改編得實在拉胯，拍完第一部後，製片方就直接破產，所以影片中的很多疑團，也就沒有了下文。不知道有生之年，還能不能看到續集~
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