宗喀巴逝世，黃教門徒以拉薩為中心，向東、西兩個方面發展，西至阿里，東抵康區，北至安多，格魯派迅速地傳播開來。至公元16世紀中葉，逐步形成了一個全藏性的政治經濟實力雄厚的黃教寺廟集團，這在中國佛教史上是比較特殊的現象。
黃教集團的獨立性是建立在經濟獨立的基礎上的，一開始黃教依靠封建主的施捨過日子，慢慢情況發生了變化。黃教重視戒律，不允許弟子娶妻生子，這樣，以前施捨給寺院的田產、財富就完全劃歸寺院本身掌管，而不會因為子孫世襲遭到析分，換句話說，黃教的財產越積越多，本身成了一個大封建主。同時，黃教宣稱眾生平等，並不單獨地接受某個封建勢力的支持，凡有施捨來者不拒。在各種封建勢力之迴旋，避免了黃教對於地方勢力過分的依附。
黃教寺院之間關係也十分明確，以宗喀巴及其著名弟子所建四大寺(甘丹、哲蚌、色拉、扎什倫布)為中心，建立了層層管理的隸屬制度即所謂「母子寺」關係。經濟上母寺與子寺相對獨立，各有寺產維持生存。但母寺有權派出僧人擔任子寺堪布等重要職務，或派常駐子寺的代表，控制子寺的重大行為。黃教由此建立了嚴密的組織制度，獨立的寺院經濟因此得到保障，實為雙全之策。黃教能夠成為西藏最大的佔統地位的宗教流派，與此有根本聯繫。
格魯派仿效噶瑪噶舉的做法，建立了自己的活佛轉世制度，大致在二世或三世達賴時確立這個轉世制度。考慮到當時西藏佛教內時常出現的爭權奪利的鬥爭，活佛相承轉世的辦法對於黃教的法統繼承，穩定政治、經濟實力發展都有莫大的好處，一方面避免了內部的權力紛爭，另一方面使得廟產合法傳留，又能名正言順地繼承與上層人物的社會關係，地位得以世世代相傳，不至於教派的影響中途沒落。
由於黃教具備了獨立的寺廟經濟和嚴格的組織制度，勢力日盛一日，自然要與其它教派固有的勢力發生矛盾，一場長達一個半世紀的政教鬥爭終於在15世紀末爆發。其間，以噶瑪噶舉和仁蚌巴、藏巴汗(興廈巴)和漠北蒙古卻圖汗為一方格魯派和帕竹，以及青海蒙古土默特部、和碩特部為另一方，形成了政爭與教爭交錯僧侶與世俗聯合、鬥爭的激烈複雜的局面，此處僅略作介紹。
15世紀末，噶瑪噶舉派開始遏制黃教勢力，在仁蚌巴家族支持下，對黃教進行行政壓制，手段粗暴無禮，比如要黃教僧人向噶舉僧人致敬，禁止黃教僧人參加一年一度的析願法會等等，直到1581年，即16世紀晚期帕竹勢力回升，情況才有所改觀。自此黃教開始尋求蒙古汗王的支持。三世達賴索南嘉措應俺答汗之邀前往青海傳教。俺答汗是成吉思汗十七世孫，明代中期臣伏明朝，被封為順義王。據說他因為殺人太多而起悔過之心，故而希望皈依黃教。兩人在青海湖東面的仰華寺見面，以忽必烈與八思巴的關係，從此建立了土默特部落與黃教的友好關係。達賴在青海的傳教活動很成功，他勸說俺答汗下令禁止諸如夫死妻殉之類的陋習，不少蒙古族人因此對他充滿了敬仰之情。俺答汗與三世達賴又積極與明王朝聯繫，得到明朝的稱許。三世達賴逝後，確定轉生為俺答汗的曾孫雲丹嘉措，這表明，土默特部落這時與黃教勢力已很緊密地聯繫到一起。
公元1618年，藏巴汗噶瑪丹迥旺波推翻了名存實亡的帕竹政權，建立了西藏歷史上又一個較大的地方政權，其首領稱藏巴汗，政權叫做第悉藏巴，因其推崇噶瑪派，故藏史又稱它為「噶瑪王朝」。黃教因此受到極大的壓制。1616年四世達賴雲丹嘉措忽然死於哲蚌寺，氣氛更是神秘緊張，藏巴汗疑心達賴為自己治病故意念錯咒語，竟下令不準達賴轉世，黃教的命運到了生死攸關的地步。此時扎什倫布寺法臺羅桑卻吉堅贊(後被追認為四世班禪)出面調停，因其手腕靈活，且於藏巴汗有恩，黃教才度過了難關。
五世達賴年幼，四世班禪總理黃教事務。當時西藏各種勢力的鬥爭十分複雜，情況隨時變化，但四世班禪憑著自己高深的佛學修養和政治才能，總是能應付自如，在黃教史上堪稱功勳卓著。班禪一方面處理拉薩各方面的關係，另一方面聯繫土默特部入藏，在拉薩擊敗藏巴汗，收回了黃教莊園，情況稍有好轉。但一波未平一波又起，漠北蒙古卻圖汗佔據青海，徵服了土默特部族，藏巴汗與卻圖汗聯合起來反擊黃教。1683年卻圖汗派其子阿爾斯蘭入藏滅除黃教，黃教不得已對阿爾斯蘭大力行賄，阿爾斯蘭反而倒戈對付噶舉派，黃教得到了喘息的機會。
歷史往往出現偶然。正在黃教掙扎求存之時，信奉黃教的厄魯特蒙古和碩特部固始汗因受準噶爾的壓迫，從新疆烏魯木齊遷牧到青海，1636年在青海湖殺死了卻圖汗，吞併了卻圖汗的部眾，更趨強大。1639年，固始汗應班禪和達賴之邀入藏途中徵服白利土司，佔據康區，為黃教在該地的傳播掃清了障礙。同時兩方考慮到明王朝已處於風雨飄搖之境，就共派使者前往盛京朝見清太宗。清太宗對此極為重視，給黃教和固始汗的使者以優異的待遇。
固始汗統一青康後，1641年又率兵入藏，推翻了反黃教的第悉藏巴地方政權，統一了全藏，這樣，西藏兩大僧侶勢力的對抗，就以黃教的全面勝利而宣告結束了。固始汗尊五世達賴為全藏宗教領袖，並把前後藏的稅收都供養給黃教，又尊稱羅桑卻吉堅贊為「班禪博克多」,主持扎什倫布寺，劃後藏地區歸他掌管。固始汗則坐鎮拉薩，任命五世達賴的第巴為自己的第巴，負責自己與達賴之間的聯絡。反黃教的寺廟、莊園被收歸黃教管理。
固始汗統治期間，五世達賴前往漢地朝見已經統治中原的清朝皇帝順治。順治刻意安排在打獵時與達賴巧遇，從而避開了可能遭到誤解的禮儀問題，又專建一座黃寺讓五世達賴居住。達賴歸藏時，順治贈送了大量金銀財寶，並冊封稱號「西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達喇嘛」,其中「所」字意為西藏地區，並不包括漢地。順治又冊封固始汗為「遵行語文義敏慧固始汗」。清延此舉有使雙方互相牽制之意。固始汗接受了冊封，則表明他已承認清朝對藏區的管轄。
固始汗死後，黃教勢力與行政勢力矛盾逐漸激化，17世紀80年代，桑結嘉措任第巴時，勾結新疆準噶爾部的噶爾丹汗，危協固始汗的後人達賴汗的統治。1682年五世達賴逝後，桑結嘉措秘不發喪竟達15年之久，獨攬全藏大權，唆使噶爾丹內犯。直至1696年康熙親徵，消滅了噶爾丹，嚴斥桑結嘉措秘不發喪和唆使噶爾丹之罪，桑結嘉措才被迫退位，以避鋒芒，同時推出一位倉央嘉措為六世達賴喇嘛。達賴汗的兒子拉藏汗繼位後，桑結嘉措又與拉藏汗發生衝突，結果於1705年兵敗身亡。
拉藏汗的統治也不如意，他扶植的六世達賴意西嘉措得不到藏族人民的承認，又引起其它蒙古汗王的反對。1717年準噶爾部乘虛而入，拉藏汗被殺，六世達賴意西嘉措遭囚禁。
1721年清朝派兵護送七世達賴格桑嘉措進藏，驅除侵擾西藏的準噶爾軍隊，平定戰亂後，逐步加強了對西藏的統治。一開始實行由幾個噶倫一起執政的制度，但不久發生紛爭，後於1728年採取讓個人掌權的制度，傳至二代時險些又發生叛亂。最後清政府在1751年下令由七世達賴格桑嘉措接掌西藏地方政權，從此黃教在西藏形成了政教合一的統治制度，西藏地方政府的僧官系統和俗官系統也逐漸發展起來了。