工藤新一是琴酒親自灌下的aptx4869，琴酒本意是是想工藤新一消失在這個世界。不過所幸最後新一變為了江戶川柯南，只是不能以原本的身份示人，但是他可以繼續生活下去。不過在這個過程當中，琴酒後來對柯南還是緊追不放，經常出現在柯南的生活當中。
一、工藤新一為什麼變成柯南
1.工藤新一看到了黑衣組織違法交易，成為對方的絆腳石
工藤新一原本是享有很大讚譽的高中生偵探，後來再有一次與毛利蘭約會當中看到了黑衣組織進行違法交易。從另一個角度來看，他就是黑衣組織犯罪的人證，自然而然組織當中的人不會放過他，因為他已經成了對方的絆腳石，剛好琴酒身上帶了aptx4869這種毒藥，所以索性就給工藤新一服下了毒藥，想剷除自己的障礙物。
2.工藤新一一直在偵破案情，自己太過高調，成為別人的眼中釘
新一依仗著自己得天獨厚的偵探天賦，隨時隨地的出入在警局當中，並且跟隨警察出入各個案件當中，靠著自己的偵探能力去將真兇揭露出來，讓他們接受法律的制裁。由於新一名聲高漲，而且很多人都知道他的盛名，可是黑衣組織本來就是一個犯罪集團，他們自然是不喜歡偵探能力這麼強的人，由於自己太過高調的表現，因此新一成為別人的眼中釘，後來就會被下黑手。
3.工藤新一成為柯南是作者青山特意的設定，為接下來劇情做鋪墊
工藤新一變為了江戶川柯南是作者青山特意的設定，這樣的設定為接下來的劇情做鋪墊，才能夠讓劇情增加更多的豐富性，可以在劇情當中看到柯南雖然不能用真實身份去探案，但是他懂得借力打力，藉助別人的力量去達到最終的目的，而且作者也讓我們看到了在追查真相的這個過程當中，要擁有鍥而不捨的精神才極有可能成功。
二、琴酒為何追查柯南到東京
1.琴酒為了給組織清理障礙，永絕後患
琴酒就是一個疾惡如仇的人，在黑衣組織當中擔當二把手的角色，對於組織當中的背叛者他是絕不手下留情的，但是對於組織當中的障礙物也絕對會清理掉。後來他知道那個戴著眼鏡的小孩兒江戶川柯南就是曾經的工藤新一，他必然是要將這個最大的障礙物清理掉，永絕後患。
2.波本為了在組織中立足，組織想藉助波本力量剷除柯南
波本是黑衣組織當中的代號，其實本來的身份是日本公安，後來是為了辦案才潛伏在組織當中，也是為了揭秘他們的大陰謀，而他現在急於想在組織當中立足擁有的位置更高，所以組織當中也想要藉助波本的力量去剷除掉柯南，所以朗姆給波本的任務就是收集工藤新一的信息。
3.琴酒想成為大領導，想阻止柯南繼續追查真相
琴酒表面看起來比較傻，但是通過他的做事風格，我們看出來他的野心是很大的，他不安於現在的位置，他想擁有更高的地位，想要享有幕後大boss一樣的地位，所來到東京阻止柯南行動，就是想要阻止柯南繼續偵查真相，這樣就可以為自己後續鋪路，自己才可以在組織當中獲得更大的位置提升。
三、琴酒遇到柯南之後的境遇
1.琴酒不能光明正大地出現在大眾視野，成為過街老鼠
由於琴酒對柯南緊追不捨，所以他的身份也暴露出來，導致他不能像之前一樣光明正大、肆無忌憚地出現在大眾的視野當中，結果成為了過街老鼠，大家一旦發現他的蹤跡就會對他採取行動，其實這樣對於他來講，給他的生活也帶來了諸多不便，反而給自己帶來了很大的困擾。
2.琴酒損失慘重，差點被柯南麻醉
琴酒在追蹤柯南的過程當中遇到了灰原哀，知道她就是那個曾經心心念念的雪梨，然後柯南為了拯救雪梨，用自己的手錶型麻醉針麻醉了琴酒，琴酒那一次損失慘重，也是因為自己足夠理智才選擇用刀砍傷自己保持清醒才從柯南手下逃脫掉。
結語
通過分析琴酒的性格以及他在黑組織當中的地位，我們知道他是一個嫉惡如仇的人，容忍不了有人為組織添堵，所以他自然的要清理這個障礙，恰好江戶川柯南對於組織未來的發展都起到了很大的阻礙作用，因此琴酒對他緊追不捨，不過在追查柯南的這個過程當中也給琴酒帶來了諸多不便，相比較而言是弊大於利。