黑水晶屬於三方晶系，但很多人誤認為黑水晶是六方晶系，因為黑水晶常呈六稜柱狀，柱體為一頭尖或兩頭尖。黑水晶的晶體通常較大，從數毫米到數米不等，若干黑水晶晶體生長在一起，就是所謂的黑水晶簇了，美麗而壯觀？
在透明的黑水晶中，隱裂紋呈亮晶晶的片狀，有時還會有暈彩效應。這些裂紋是黑水晶在生長過程中，遇到外力擠壓而在內部產生的一些隱形裂紋，隱裂紋在芙蓉石、紫黑水晶、白黑水晶球及白黑水晶柱中都很常見。有的裂紋後來被物質填充，形成癒合的裂紋，也就是原來的裂紋又長住了。這種裂紋對黑水晶的影響相對要小一些。
雲霧或渣狀包裹體、雜質在透明黑水晶內部有霧蒙蒙的現象或是感覺裡面像有棉絮狀、渣狀物質一樣的包裹體，這些包裹體的存在，影響黑水晶的整體美觀。還有的黑水晶內局部含有黑斑或其他顏色的斑狀物質，與黑水晶整體不協調，被視為黑水晶的雜質，有這種雜質的黑水晶是次品。
黑水晶形成後由於外力作用或某種人為原因使黑水晶產生大的裂隙或裂紋，這種裂紋有大有小，對黑水晶的影響也有大小之分。
黑水晶表面坑窪的地方，有的深，有的淺，這是黑水晶在成長過程中自然形成的，並非是人為造成的損傷。缺陷位置本來包有其他礦物晶體，由於包裹體和黑水晶結合部位的結合力不強，當表面拋光時，礦體脫落，留下空位。這種缺陷在綠幽靈、鈦晶、金髮晶上都比較常見。
損傷是指黑水晶由於加工或不小心摔掉、碰撞等原因，人為造成的損壞。它可以是破口，也可以是凹坑等。